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- PDB-6gfk: delta-N METTL16 MTase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfk
タイトルdelta-N METTL16 MTase domain
要素U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SAM methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / RNA stem-loop binding / mRNA processing / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, K.M. / Mendel, M. / Homolka, D. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationGermMethylation and Origin-of-pi スイス
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Methylation of Structured RNA by the m6A Writer METTL16 Is Essential for Mouse Embryonic Development.
著者: Mendel, M. / Chen, K.M. / Homolka, D. / Gos, P. / Pandey, R.R. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
B: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
C: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,65311
ポリマ－86,0203
非ポリマー1,6348
水1,802100
1
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2504
ポリマ－28,6731
非ポリマー5773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2504
ポリマ－28,6731
非ポリマー5773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1543
ポリマ－28,6731
非ポリマー4802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
C: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子

A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
C: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子

B: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子

B: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,30622
ポリマ－172,0396
非ポリマー3,26716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
crystal symmetry operation3_564-x+y,-x+1,z-1/31
crystal symmetry operation5_564x-y,-y+1,-z-1/31
Buried area20470 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area48630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.768, 133.768, 78.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase / Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine- ...Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine-methyltransferase METTL16


分子量: 28673.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL16, METT10D / プラスミド: pETM-11-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q86W50, U6 snRNA m6A methyltransferase, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: Nice blocks
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.7M Ammonium Sulfate, 0.2M K/Na Tartrate, 0.1M Na Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月24日 / 詳細: Be CRL and elliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46 Å / Num. obs: 36074 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3538 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.55 / Rrim(I) all: 1.03 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEv2.1データ収集
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h00

2h00


解像度: 2.3→31.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.205
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1820 5.05 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.196 36037 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3015 Å20 Å20 Å2
2---4.3015 Å20 Å2
3---8.603 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→31.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5281 0 103 100 5484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095528HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.047500HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1908SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes944HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5528HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion725SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6202SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 153 5.24 %
Rwork0.2177 2765 -
all0.2186 2918 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83790.1394-0.56631.52250.36562.44250.1272-0.142-0.00080.2641-0.02630.15930.0952-0.0146-0.1009-0.0836-0.0567-0.01140.03490.0005-0.1551-25.995240.9468-8.5379
24.9535-0.0851-0.66231.3479-0.14011.6157-0.15950.0457-0.2406-0.27360.05060.01440.1838-0.21380.1089-0.0859-0.0602-0.044-0.0881-0.013-0.161817.540438.6714-14.6
34.45-1.8348-0.14062.58360.17291.6953-0.20990.0570.16470.0524-0.0864-0.4768-0.08080.25560.2962-0.1724-0.0391-0.0406-0.07520.1587-0.1235-16.221269.0567-9.5795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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