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万見
- PDB-6gfn: METTL16 MTase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfn
タイトルMETTL16 MTase domain
要素U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / RNA SAM methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / RNA stem-loop binding / mRNA processing / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Chen, K.M. / Mendel, M. / Homolka, D. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationGermMethylation and Origin-of-pi スイス
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Methylation of Structured RNA by the m6A Writer METTL16 Is Essential for Mouse Embryonic Development.
著者: Mendel, M. / Chen, K.M. / Homolka, D. / Gos, P. / Pandey, R.R. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7302
ポリマ－33,3461
非ポリマー3841
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.360, 92.360, 180.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase / Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine- ...Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine-methyltransferase METTL16


分子量: 33345.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL16, METT10D / プラスミド: pETM-11-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q86W50, U6 snRNA m6A methyltransferase, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 % / 解説: Rod shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium tartrate and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日 / 詳細: Be CRL and multilayer mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→82.24 Å / Num. obs: 5724 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 95.61 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.85→3.2 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 286 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.5 / Rrim(I) all: 1.42 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MxCuBEv2.1データ収集
XDSNov 11, 2017 (BUILT 20171111)データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
autoPROCデータスケーリング
STARANISO1.10.9 (20171213)データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GFK

6gfk


解像度: 2.86→82.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.446
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 295 5.15 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 5724 60.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 93.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0127 Å20 Å20 Å2
2--1.0127 Å20 Å2
3----2.0253 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.86→82.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 26 11 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012099HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.112848HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d723SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes359HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2099HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion273SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2443SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.86→3.31 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3502 -3.91 %
Rwork0.2105 393 -
all0.2151 409 -
obs--12.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3006 Å / Origin y: -21.606 Å / Origin z: -14.6035 Å
111213212223313233
T-0.2172 Å2-0.1999 Å2-0.0856 Å2--0.1632 Å20.0134 Å2---0.1606 Å2
L1.8387 °2-0.5008 °2-0.6072 °2-2.5435 °2-2.2046 °2--8.6447 °2
S0.0939 Å °0.1721 Å °-0.0963 Å °0.0138 Å °-0.1446 Å °0.0283 Å °0.7668 Å °-0.4718 Å °0.0507 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|1 - A|300 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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