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- PDB-4j5s: TARG1 (C6orf130), Terminal ADP-ribose Glycohydrolase 1 ADP-ribose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j5s
タイトルTARG1 (C6orf130), Terminal ADP-ribose Glycohydrolase 1 ADP-ribose complex
要素O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
キーワードHYDROLASE / DNA repair / Cellular signaling / macro domain / glycohydrolase / poly-ADP ribose / PARP / ADP-ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside binding / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / purine nucleoside metabolic process / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...purine nucleoside binding / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / purine nucleoside metabolic process / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BORATE ION / 1,3,2-DIOXABOROLAN-2-OL / Chem-ZZC / ADP-ribose glycohydrolase OARD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Appel, C.D. / Krahn, J. / Williams, R.S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Deficiency of terminal ADP-ribose protein glycohydrolase TARG1/C6orf130 in neurodegenerative disease.
著者: Sharifi, R. / Morra, R. / Appel, C.D. / Tallis, M. / Chioza, B. / Jankevicius, G. / Simpson, M.A. / Matic, I. / Ozkan, E. / Golia, B. / Schellenberg, M.J. / Weston, R. / Williams, J.G. / ...著者: Sharifi, R. / Morra, R. / Appel, C.D. / Tallis, M. / Chioza, B. / Jankevicius, G. / Simpson, M.A. / Matic, I. / Ozkan, E. / Golia, B. / Schellenberg, M.J. / Weston, R. / Williams, J.G. / Rossi, M.N. / Galehdari, H. / Krahn, J. / Wan, A. / Trembath, R.C. / Crosby, A.H. / Ahel, D. / Hay, R. / Ladurner, A.G. / Timinszky, G. / Williams, R.S. / Ahel, I.
履歴
登録2013年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
C: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
D: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,20933
ポリマ－65,5564
非ポリマー3,65329
水11,782654
1
A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,41710
ポリマ－16,3891
非ポリマー1,0289
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,48811
ポリマ－16,3891
非ポリマー1,09910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0905
ポリマ－16,3891
非ポリマー7014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2147
ポリマ－16,3891
非ポリマー8256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.375, 56.221, 73.788
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and ((resid 400 and name *A) or (resid 87 and (name CD or name CE or name NZ)))
21chain C and ((resid 400 and name *A) or (resid 87 and (name CD or name CE or name NZ)))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain B and ((resid 400 and name *'A) or (resid 87 and (name CD or name CE or name NZ)))B0
211chain C and ((resid 400 and name *'A) or (resid 87 and (name CD or name CE or name NZ)))C0

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1


分子量: 16389.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OARD1, C6orf130 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9Y530, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 6種, 683分子

#2: 化合物
ChemComp-ZZC / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [[(2R,3R)-2,3-DIHYDROXY-4-OXO-PENTOXY]-OXIDO-PHOSPHORYL] PHOSPHATE


分子量: 541.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N5O13P2
#3: 化合物 ChemComp-BO4 / BORATE ION


分子量: 78.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH4O4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SBE / 1,3,2-DIOXABOROLAN-2-OL


分子量: 87.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5BO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LYS 87 REACTS WITH THE C1 POSITION OF ADP-RIBOSE. FOLLOWING DEHYDRATION, AN IMINE INTERMEDIATE ...LYS 87 REACTS WITH THE C1 POSITION OF ADP-RIBOSE. FOLLOWING DEHYDRATION, AN IMINE INTERMEDIATE CONVERTS TO FORM A 2CC- KETOAMINE, VIA AN AMADORI REARRANGEMENT (CERVANTES-LAUREAN ET AL, 1993), AND SIMILAR TO THAT OBSERVED IN THE X-RAY STRUCTURE OF DRAG-ADP-RIBOSE COMPLEX (BERTHOLD ET AL, 2009).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Imidazole, 20% PEG3350, 200 mM NaCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 86974 / Num. obs: 85148 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.583.80.53441641.032196.2
1.58-1.613.80.46841601.035196
1.61-1.643.90.40442181.03197.2
1.64-1.673.90.33141670.992196.6
1.67-1.713.90.2942081.026196.8
1.71-1.753.90.24942071.02197.1
1.75-1.793.90.21442071.042197.3
1.79-1.843.90.17242091.085197.6
1.84-1.893.90.14642221.125197.6
1.89-1.953.80.12142191.323197.6
1.95-2.023.90.09642341.217198
2.02-2.13.80.07642811.24198.1
2.1-2.23.90.06342661.217198.5
2.2-2.323.80.05742981.208198.5
2.32-2.463.90.05142541.19198.3
2.46-2.653.80.04643321.11199.3
2.65-2.923.90.03843251.007199
2.92-3.343.80.02943440.987199.1
3.34-4.213.80.02343790.487199.6
4.21-503.70.02444540.439199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→38.953 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8995 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 4291 5.04 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.139 85113 97.69 %-
all-86974 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.59 Å2 / Biso mean: 25.2064 Å2 / Biso min: 8.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4457 0 226 654 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1857044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3112062
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
12C22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5499-1.56750.25491470.17472520266791
1.5675-1.5860.2231560.16722589274597
1.586-1.60530.22591290.15672630275996
1.6053-1.62560.2021390.14912653279297
1.6256-1.6470.22281440.142646279097
1.647-1.66960.19951420.13862661280397
1.6696-1.69340.18841530.13622652280597
1.6934-1.71870.22641400.1342678281897
1.7187-1.74560.21390.12592651279097
1.7456-1.77420.2061540.12072635278997
1.7742-1.80480.15221410.12022663280497
1.8048-1.83760.17641270.11742719284698
1.8376-1.87290.18631380.11992660279897
1.8729-1.91120.17221490.11852668281798
1.9112-1.95270.18141290.12622714284398
1.9527-1.99820.20581400.12892713285398
1.9982-2.04810.18461420.12312704284699
2.0481-2.10350.15911410.11772700284198
2.1035-2.16540.17041550.12362697285298
2.1654-2.23530.14751590.11932685284499
2.2353-2.31520.17361600.1232720288099
2.3152-2.40780.17031400.13122684282499
2.4078-2.51740.19051220.13452774289699
2.5174-2.65010.18341420.13542748289099
2.6501-2.81610.15761420.14492731287399
2.8161-3.03350.17391270.146827612888100
3.0335-3.33860.18761490.14042770291999
3.3386-3.82130.16431540.13842760291499
3.8213-4.8130.14151460.130627892935100
4.813-38.96490.18681450.17172847299299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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