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万見
- PDB-4j3g: Crystal structure of Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j3g
タイトルCrystal structure of Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase from Brucella melitensis
要素GCN5-related N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / GCN5-related N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase from Brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Fairman, J.W. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN5-related N-acetyltransferase
B: GCN5-related N-acetyltransferase
C: GCN5-related N-acetyltransferase
D: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,50917
ポリマ－82,5694
非ポリマー94013
水9,926551
1
A: GCN5-related N-acetyltransferase
B: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7208
ポリマ－41,2852
非ポリマー4356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
2
C: GCN5-related N-acetyltransferase
D: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7899
ポリマ－41,2852
非ポリマー5047
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.110, 57.000, 73.420
Angle α, β, γ (deg.)86.550, 88.150, 88.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GCN5-related N-acetyltransferase


分子量: 20642.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1664 / プラスミド: BrabA.17352.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2YRK4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytics MCSG1, 200mM ammoinum sulfate, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5, 25% PEG 3350, BrabA.17352.a.A1.PS01094 at 20mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 63809 / Num. obs: 62171 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.624 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.27
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.80.4572.81180754563196
1.8-1.840.3793.46174914428196
1.84-1.90.2874.56169394289196.4
1.9-1.960.2275.72167834251196.6
1.96-2.020.1787.21158214009196.7
2.02-2.090.1468.73156093962197
2.09-2.170.11610.74151763851197.2
2.17-2.260.09612.88141803610197.1
2.26-2.360.08314.82140883581197.8
2.36-2.470.07416.34133193394197.7
2.47-2.610.06618.04126923234197.9
2.61-2.770.05521.7118613030198.2
2.77-2.960.04824.46113032897198.5
2.96-3.20.03929.07104342705198.4
3.2-3.50.03434.3494882477198.7
3.5-3.910.0338.1884712240198.6
3.91-4.520.02840.2972431963198.9
4.52-5.530.02741.9866231679199.5
5.53-7.830.02940.851031302199.6
7.83-500.02746.022717706199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å19.61 Å
Translation3.5 Å19.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2J8M

2j8m


解像度: 1.75→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2033 / WRfactor Rwork: 0.1648 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8664 / SU B: 5.011 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1223 / SU Rfree: 0.1187 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2119 3139 5 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
all0.1727 63809 --
obs0.1727 62171 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.97 Å2 / Biso mean: 21.7738 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å2-0.63 Å20.66 Å2
2--0.39 Å2-0.79 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5043 0 53 551 5647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.9577207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.711311533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2535681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46623.591259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30615856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8751546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1771.3712643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1761.3712642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8382.0513306
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 230 -
Rwork0.228 4322 -
all-4552 -
obs-4322 95.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8274-0.3362-0.04031.02090.45420.36640.06290.0916-0.0897-0.1354-0.07010.0508-0.1096-0.02270.00720.06930.01090.0040.0321-0.00660.01467.00228.46728.85
20.5542-0.0627-0.03850.7841-0.05120.49090.0020.02040.0219-0.0930.0755-0.0340.00420.0713-0.07760.0377-0.03150.01730.0548-0.02160.0223-7.69756.05761.392
30.6257-0.12540.10071.1027-0.33580.66470.0539-0.03-0.03310.1535-0.0132-0.0204-0.11020.0267-0.04070.0716-0.02890.00260.0183-0.00420.007310.85429.25757.885
40.9030.0375-0.43720.79710.55140.8594-0.0436-0.11690.06950.0970.07850.00450.09280.1163-0.03490.02680.0185-0.00910.0636-0.00850.0082-12.03256.4290.297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 203
3X-RAY DIFFRACTION2C3 - 164
4X-RAY DIFFRACTION2C201 - 203
5X-RAY DIFFRACTION3B1 - 164
6X-RAY DIFFRACTION3B201 - 203
7X-RAY DIFFRACTION4D2 - 164
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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