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- PDB-3dao: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHATE (EUBREC_1417) FROM EUBA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dao
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHATE (EUBREC_1417) FROM EUBACTERIUM RECTALE AT 1.80 A RESOLUTION
要素Putative Phosphate
キーワードHYDROLASE / PUTATIVE PHOSPHATE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / HAD family hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium rectale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Putative Phosphatase (RER070207001050) from Eubacterium rectale at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Phosphate
B: Putative Phosphate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4754
ポリマ－65,0442
非ポリマー4302
水12,250680
1
A: Putative Phosphate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7602
ポリマ－32,5221
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative Phosphate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7142
ポリマ－32,5221
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.855, 101.855, 110.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細AUTHORS STATE THAT CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Putative Phosphate


分子量: 32522.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium rectale (バクテリア)
遺伝子: RER070207001050 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: D0VWU2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2000M NH4OAc, 30.0000% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5., NANODROP, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915,0.97929,0.91162
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月2日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979151
20.979291
30.911621
反射解像度: 1.8→29.934 Å / Num. obs: 54677 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.486 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.857.30.5581.42911839690.558100
1.85-1.97.30.4531.72848938800.453100
1.9-1.957.30.37422778637840.374100
1.95-2.017.40.3012.52698536620.301100
2.01-2.087.30.25232623935700.252100
2.08-2.157.40.2143.52547234490.214100
2.15-2.237.40.18842446033210.188100
2.23-2.327.40.1734.22394532570.173100
2.32-2.437.40.1544.82267630770.154100
2.43-2.557.40.1325.42168629440.132100
2.55-2.687.30.11962077928290.119100
2.68-2.857.30.1076.31963826770.107100
2.85-3.047.30.0966.91833725070.096100
3.04-3.297.30.0857.61726023800.085100
3.29-3.67.20.0738.61571821700.073100
3.6-4.027.20.0689.11433719910.068100
4.02-4.657.10.0678.81261717800.067100
4.65-5.6970.0718.41051015110.071100
5.69-8.056.70.0797.4807812090.079100
8.05-29.9360.077.242827100.0798

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.934 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.34 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CITRATE (CIT) AND PEG-4000 (1PE) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO SOLUTIONS ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2772 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 54610 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.944 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4254 0 29 680 4963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.9656231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.51937581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6055591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39624.36211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43715779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.37522784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.29621117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43944535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.08961782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.89881671
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 167 -
Rwork0.192 3800 -
all-3967 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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