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- PDB-4j25: Crystal structure of a Pseudomonas putida prolyl-4-hydroxylase (P4H) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j25
タイトルCrystal structure of a Pseudomonas putida prolyl-4-hydroxylase (P4H)
要素Putative uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate oxygenase / oxygen sensing / double-stranded beta helix / jellyroll fold / prolyl-4-hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / cellular response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Fe2OG dioxygenase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Scotti, J.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Human oxygen sensing may have origins in prokaryotic elongation factor Tu prolyl-hydroxylation
著者: Scotti, J.S. / Leung, I.K.H. / Ge, W. / Bentley, M.A. / Paps, J. / Kramer, H.B. / Lee, J. / Aik, W. / Choi, H. / Paulsen, S.M. / Bowman, L.A.H. / Loik, N.D. / Horita, S. / Ho, C.H. / Kershaw, ...著者: Scotti, J.S. / Leung, I.K.H. / Ge, W. / Bentley, M.A. / Paps, J. / Kramer, H.B. / Lee, J. / Aik, W. / Choi, H. / Paulsen, S.M. / Bowman, L.A.H. / Loik, N.D. / Horita, S. / Ho, C.H. / Kershaw, N.J. / Tang, C.M. / Claridge, T.D.W. / Preston, G.M. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein
G: Putative uncharacterized protein
H: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,74224
ポリマ－205,1268
非ポリマー1,61616
水10,142563
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8433
ポリマ－25,6411
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.330, 62.160, 132.830
Angle α, β, γ (deg.)91.840, 94.700, 90.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein / Prolyl-4-hydroxylase


分子量: 25640.732 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: PP_5159 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88CM1
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE


分子量: 147.086 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.33 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M MIB buffer pH 5.0, 25% PEG 1500, 2mM MnCl2, 5mM OGA, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→62.13 Å / Num. obs: 99718 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7268 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.97 Å62.13 Å
Translation1.97 Å62.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.16データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G1M

2g1m


解像度: 1.97→62.127 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7938 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 1689 2.01 %Random
Rwork0.2118 ---
obs0.2127 99718 94.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.03 Å2 / Biso mean: 34.106 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→62.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11194 0 88 563 11845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04915821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2694098
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.97-1.9940.36721370.314567086845684595
1.994-2.01930.32841280.307468356963696395
2.0193-2.04580.35851570.30967856942694295
2.0458-2.07390.33851320.293970017133713395
2.0739-2.10350.31711540.285165936747674795
2.1035-2.13490.30671310.280169607091709195
2.1349-2.16830.32921350.273467956930693095
2.1683-2.20380.34041400.265867366876687695
2.2038-2.24180.28011390.26267756914691495
2.2418-2.28260.27631450.254967646909690994
2.2826-2.32650.3621520.257967086860686094
2.3265-2.3740.27341320.257967516883688394
2.374-2.42560.31181330.259967266859685995
2.4256-2.4820.33191380.242268326970697094
2.482-2.54410.26811420.243466956837683794
2.5441-2.61290.25311280.22766906818681894
2.6129-2.68980.26541440.23267486892689294
2.6898-2.77660.27281420.222566556797679794
2.7766-2.87580.24741240.218168436967696794
2.8758-2.9910.24481370.218567876924692494
2.991-3.12710.29081440.200666556799679994
3.1271-3.29190.23161420.19767996941694195
3.2919-3.49820.21431290.185768486977697795
3.4982-3.76820.251340.17667756909690995
3.7682-4.14740.19111390.166667986937693795
4.1474-4.74730.21741380.159867466884688495
4.7473-5.98040.23071410.180568496990699096
5.9804-62.15830.22741440.193666346778677893
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9124-0.24180.0721.468-0.11980.7157-0.0814-0.1188-0.40810.0687-0.04730.2780.0349-0.24610.0860.2048-0.00410.06090.18710.020.30987.7689-26.74018.7024
24.21840.0138-1.12851.7458-0.05572.7345-0.0447-0.0197-0.1602-0.0717-0.0871-0.21770.24290.30070.06170.26860.08320.05740.0788-0.02830.40122.3252-38.48013.0412
30.7047-0.48990.12051.0616-0.02930.67540.01380.1179-0.2286-0.33180.00430.12820.08270.074-0.00370.1542-0.02090.03160.1228-0.03190.26813.2744-26.754-2.5862
41.6157-1.16830.21242.6405-0.29660.7281-0.11130.07140.1654-0.06170.0025-0.0463-0.07730.11630.06910.20410.0372-0.01380.3575-0.01330.369332.4656-21.63129.5838
51.35650.70161.71020.37720.82262.4229-0.1140.36160.4737-0.388-0.0057-0.0687-0.40010.28130.07910.2687-0.03190.05890.2371-0.0510.289821.0034-11.4422-0.9998
61.36190.10830.10881.08430.34961.1091-0.1643-0.0176-0.16320.24050.1679-0.0297-0.06680.0939-0.00770.19390.0248-0.0060.1371-0.01080.193720.9818-22.07719.5944
70.99511.03681.46252.98461.52942.15680.04980.036-0.1591-0.06370.06730.23850.1923-0.161-0.04760.2768-0.0352-0.00330.22480.03980.4219-16.0924-33.9194-59.2005
81.023-0.26020.00621.4851-0.02290.72890.068-0.1678-0.02160.0141-0.03520.21010.03280.0094-0.01120.1854-0.02380.01710.0963-0.00560.2381-7.9193-27.6424-54.1115
92.2252-2.19330.86962.1617-0.85780.3409-0.02430.2209-0.0191-0.0492-0.1134-0.16560.19940.14370.09910.36490.07030.00070.3082-0.04320.2345.231-33.7158-68.5041
100.9585-0.61890.13942.4898-0.05610.7223-0.03290.18460.1163-0.34360.04430.2191-0.0293-0.0010.00830.2579-0.0228-0.03840.13680.01810.2295-12.7139-25.9923-65.5895
111.50150.03460.42451.09580.18231.74450.03390.05020.233-0.11090.006-0.0546-0.08480.283-0.06250.147-0.07050.02790.1119-0.00620.17562.5069-21.8853-55.8892
122.81180.2590.75743.497-2.30031.89150.0930.19150.3421-0.3181-0.018-0.1095-0.28830.012-0.04520.6417-0.1981-0.13850.32610.05930.4444-8.7832-14.3987-71.5225
133.8426-2.94675.12736.5415-6.80278.7653-0.1271-0.13420.05530.42030.0738-0.1224-0.31760.18790.09380.4280.083-0.130.2846-0.08510.57358.1158-68.68343.3478
140.81560.2468-0.09511.5703-0.25370.5725-0.01240.1155-0.020.15610.0942-0.3372-0.0373-0.0593-0.04750.1589-0.0052-0.02090.1251-0.00970.25631.1461-59.0459-5.4262
153.30782.29540.75432.13950.26150.29640.0144-0.22830.13070.2161-0.2714-0.053-0.16920.0810.11560.5038-0.03670.02740.30080.01570.3186-13.7837-66.63029.0322
160.47150.21030.31562.16080.42020.25910.0123-0.14780.19510.33840.0757-0.17420.1783-0.00950.0070.42910.011-0.2036-0.1641-0.09990.36395.3833-57.7365.1572
170.921-0.51110.12630.9402-0.57720.76130.0274-0.21080.23130.4791-0.0946-0.0151-0.2134-0.14770.06680.3474-0.00580.00690.2066-0.00170.2206-11.0931-52.12433.1879
181.7294-0.09350.23451.4302-0.19391.25130.0030.00830.22290.22860.0095-0.0665-0.1148-0.1886-0.01430.18590.05420.02150.13610.01170.1694-8.7087-52.5192-4.0592
190.9627-0.57410.23352.3772-0.78120.79860.0666-0.1019-0.3475-0.10590.0191-0.27510.06020.0873-0.01440.246-0.05910.01010.15250.05170.292930.6725-56.0561-66.8837
201.21380.5284-0.35141.6509-0.54011.3730.0966-0.1048-0.2368-0.0976-0.2190.02850.4883-0.17320.05630.3601-0.04990.05390.1513-0.02340.268719.1165-66.8812-65.5617
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300.8997-0.0289-0.13291.1261-0.24691.22650.08060.0287-0.06490.1329-0.1025-0.15580.15460.06670.02040.27830.0376-0.0270.21930.0230.2245-10.5645-15.5086-97.2533
313.34162.1126-0.45862.7707-1.67994.6528-0.1688-0.1351-0.1910.16160.0691-0.01980.16380.09360.09570.3584-0.07650.15290.38620.01020.56947.5724-65.3492-96.1214
321.1422-0.2331-0.27710.61470.00190.6378-0.2454-0.06390.1159-0.1095-0.0835-0.008-0.1673-0.00640.29770.51380.09110.00110.3296-0.00490.396818.6352-47.2016-101.0131
330.8973-0.8504-0.37591.1731-0.12490.7924-0.064-0.03070.190.03920.0328-0.1354-0.16750.21250.01740.64090.1672-0.04580.4589-0.07170.74686.3858-32.7246-94.3432
340.8104-0.3137-0.38241.41570.84031.1260.04430.09140.03030.0366-0.01530.0517-0.0875-0.05050.0010.67240.095-0.09590.4059-0.10320.453713.4511-41.6914-106.607
351.63250.8373-0.49531.5372-0.51251.0468-0.14240.0356-0.1206-0.105-0.13510.10640.3604-0.39860.18260.6236-0.08450.09150.3945-0.04860.326610.4773-58.3661-108.1617
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380.32760.06210.33050.34480.16520.9153-0.12310.0786-0.0733-0.07970.0538-0.13520.17310.6773-0.0330.56640.4066-0.05151.1112-0.00140.1195-16.954-54.5851-43.445
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402.3964-0.77480.98542.261-0.51811.0248-0.0011-0.16920.13810.12310.23410.26720.10270.1682-0.08120.22640.10020.02540.70160.00850.229-25.6973-48.4383-35.4504
410.3606-0.0486-0.14960.28140.06270.84830.06280.1854-0.0507-0.1616-0.0764-0.2121-0.06631.10060.11010.06180.17350.02971.12710.0520.2318-12.4102-48.7985-23.9828
420.87430.7355-0.06782.45770.8533.7657-0.09070.1954-0.0121-0.1546-0.19050.13810.0464-0.05930.07680.27980.1415-0.01910.7532-0.01370.132-23.12-50.0281-40.2008
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460.4965-0.11520.01280.6633-0.1690.86670.1659-0.0899-0.0312-0.2423-0.33310.18210.2167-1.1291-0.07350.441-0.11920.00520.9516-0.13310.06237.5279-16.3883-20.5
470.71410.311-0.07070.7009-0.38582.767-0.2021-0.02920.06440.1574-0.2148-0.3412-0.1460.25680.26480.1807-0.02610.00110.3964-0.05670.270118.5118-13.4371-27.7099
480.28610.1152-0.0580.06440.08220.8454-0.0123-0.0816-0.0408-0.0156-0.11460.1376-0.0452-1.1650.0125-0.3103-0.17910.1670.8271-0.10810.15836.19-17.3147-32.5404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:31)A1 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 32:45)A32 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 46:114)A46 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 115:123)A115 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 124:134)A124 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 135:206)A135 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 1:10)B1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 11:41)B11 - 41
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 42:75)B42 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 76:107)B76 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 108:199)B108 - 199
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 200:203)B200 - 203
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 1:6)C1 - 6
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 7:41)C7 - 41
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 42:75)C42 - 75
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 76:105)C76 - 105
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID 106:128)C106 - 128
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN C AND RESID 129:202)C129 - 202
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 0:23)D0 - 23
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 24:45)D24 - 45
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN D AND RESID 72:113)D72 - 113
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D AND RESID 114:127)D114 - 127
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN D AND RESID 128:200)D128 - 200
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN D AND RESID 201:207)D201 - 207
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN E AND RESID 9:31)E9 - 31
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN E AND RESID 32:53)E32 - 53
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN E AND RESID 65:75)E65 - 75
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN E AND RESID 76:106)E76 - 106
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN E AND RESID 107:127)E107 - 127
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN E AND RESID 128:203)E128 - 203
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN F AND RESID 8:20)F8 - 20
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN F AND RESID 21:62)F21 - 62
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN F AND RESID 63:68)F63 - 68
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN F AND RESID 69:78)F69 - 78
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN F AND RESID 79:105)F79 - 105
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN F AND RESID 106:201)F106 - 201
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN G AND RESID 9:73)G9 - 73
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN G AND RESID 74:109)G74 - 109
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN G AND RESID 110:126)G110 - 126
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN G AND RESID 127:140)G127 - 140
41X-RAY DIFFRACTION41(CHAIN G AND RESID 141:194)G141 - 194
42X-RAY DIFFRACTION42(CHAIN G AND RESID 195:203)G195 - 203
43X-RAY DIFFRACTION43(CHAIN H AND RESID 8:28)H8 - 28
44X-RAY DIFFRACTION44(CHAIN H AND RESID 29:44)H29 - 44
45X-RAY DIFFRACTION45(CHAIN H AND RESID 45:53)H45 - 53
46X-RAY DIFFRACTION46(CHAIN H AND RESID 63:120)H63 - 120
47X-RAY DIFFRACTION47(CHAIN H AND RESID 121:135)H121 - 135
48X-RAY DIFFRACTION48(CHAIN H AND RESID 136:202)H136 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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