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- PDB-4j1q: Crystal structure of a ketoreductase domain from the bacillaene a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j1q
タイトルCrystal structure of a ketoreductase domain from the bacillaene assembly line
要素Polyketide synthase PksJ
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / ketoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / ligase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : ...: / RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / : / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Polyketide synthase PksJ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zheng, J. / Keatinge-Clay, A.T.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural and functional studies of a trans-acyltransferase polyketide assembly line enzyme that catalyzes stereoselective alpha- and beta-ketoreduction.
著者: Piasecki, S.K. / Zheng, J. / Axelrod, A.J. / E Detelich, M. / Keatinge-Clay, A.T.
履歴
登録2013年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32014年9月3日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase PksJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2612
ポリマ－52,5161
非ポリマー7451
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.529, 59.529, 220.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase PksJ / PKS


分子量: 52515.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168
遺伝子: BSU17180, pksJ, pksJ (amino acids 2669-3111), pksK
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P40806, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 25% PEG550 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979468 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979468 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→51.55 Å / Num. all: 18396 / Num. obs: 18286 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 922 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→51.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 18.637 / SU ML: 0.234 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25307 925 5.1 %RANDOM
Rwork0.23204 ---
obs0.23313 17260 99.14 %-
all-18286 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.611 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20.54 Å2-0 Å2
2--1.08 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→51.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 48 0 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.9784637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2585414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70324.074162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.35215636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4181524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212554
LS精密化 シェル解像度: 2.351→2.412 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 72 -
Rwork0.318 1244 -
obs-1244 99.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.8642 Å / Origin y: 9.1642 Å / Origin z: 107.2771 Å
111213212223313233
T0.3129 Å20.1534 Å20.0651 Å2-0.1784 Å20.0039 Å2--0.2699 Å2
L0.2192 °2-0.6564 °2-0.5109 °2-2.6511 °2-0.0578 °2--5.4313 °2
S-0.0293 Å °-0.1279 Å °0.0282 Å °0.1927 Å °0.5301 Å °-0.0591 Å °-0.4025 Å °-0.0844 Å °-0.5008 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 424
2X-RAY DIFFRACTION1A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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