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万見
- PDB-4j1j: Leanyer orthobunyavirus nucleoprotein-ssDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j1j
タイトルLeanyer orthobunyavirus nucleoprotein-ssDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')
  • Nucleocapsid
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / nucleic acids binding protein / nucleocapsid protein / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 - #20 / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Bunyavirus nucleocapsid (N) , C-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) , N-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Cyclin A; domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Leanyer virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Niu, F. / Shaw, N. / Wang, Y. / Jiao, L. / Ding, W. / Li, X. / Zhu, P. / Upur, H. / Ouyang, S. / Cheng, G. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of the Leanyer orthobunyavirus nucleoprotein-RNA complex reveals unique architecture for RNA encapsidation.
著者: Niu, F. / Shaw, N. / Wang, Y.E. / Jiao, L. / Ding, W. / Li, X. / Zhu, P. / Upur, H. / Ouyang, S. / Cheng, G. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22014年11月5日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Nucleocapsid
A: Nucleocapsid
B: Nucleocapsid
C: Nucleocapsid
H: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')
I: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3086
ポリマ－115,3086
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.403, 73.199, 77.905
Angle α, β, γ (deg.)70.89, 82.54, 73.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nucleocapsid


分子量: 26295.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leanyer virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WAD7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 5063.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence has been designed and the ssDNA was synthesised.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5) and 20% w/v PEG5000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→43.33 Å / Num. all: 28964 / Num. obs: 27429 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J1G

4j1g


解像度: 2.65→43.33 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1996 7.28 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
all0.2241 28964 --
obs0.2236 27429 93.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7329 678 0 68 8075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28211297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3523071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6483-2.71450.36331030.32291314X-RAY DIFFRACTION68
2.7145-2.78790.31371310.29581667X-RAY DIFFRACTION87
2.7879-2.86990.34851370.28641744X-RAY DIFFRACTION91
2.8699-2.96250.29581440.28381830X-RAY DIFFRACTION93
2.9625-3.06840.32551450.29141863X-RAY DIFFRACTION96
3.0684-3.19120.28351490.25491902X-RAY DIFFRACTION98
3.1912-3.33640.31271500.24751913X-RAY DIFFRACTION98
3.3364-3.51220.25211490.23241886X-RAY DIFFRACTION98
3.5122-3.73210.21771470.21831876X-RAY DIFFRACTION97
3.7321-4.02010.22471500.19151907X-RAY DIFFRACTION98
4.0201-4.42430.18421480.19881885X-RAY DIFFRACTION97
4.4243-5.06370.18361490.19971896X-RAY DIFFRACTION97
5.0637-6.37640.28841450.21871838X-RAY DIFFRACTION95
6.3764-43.33950.21461490.19491912X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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