PDB-4j18: Crystal structure of H191L mutant of UDP-glucose pyrophosphorylas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j18

タイトル

Crystal structure of H191L mutant of UDP-glucose pyrophosphorylase from Leishmania major

要素

UDP-glucose pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold of catalytic domain / nucleotidyltransferase / UTP / Glc-1-P

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / ciliary plasm / nuclear lumen / glycogen metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Fuehring, J.I. / Routier, F.H. / Lamerz, A.-C. / Baruch, P. / Gerardy-Schahn, R. / Fedorov, R.

引用

ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2013
タイトル: Catalytic Mechanism and Allosteric Regulation of UDP-Glucose Pyrophosphorylase from Leishmania major
著者: Fuehring, J.I. / Routier, F.H. / Lamerz, A.-C. / Baruch, P. / Gerardy-Schahn, R. / Fedorov, R.

履歴

登録	2013年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j18.cif.gz	113.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j18.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oefS 2oeg 4euj PDB 未公開エントリ 4evk PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nzh-2 6eob-d 4mlp-1 6eof-d 1h6p-d 5nzm-d 3wy7-2 7kzu-d 5o95-1 5brp-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose pyrophosphorylase

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.310, 101.310, 71.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	UDP-glucose pyrophosphorylase 分子量: 56029.781 Da / 分子数: 1 / 変異: H191L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: UGP, LMJF_18_0990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QDU3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.58 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 10% v/v glycerol, 0.05 M citrate buffer, 1.1 M sodium citrate , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91985 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月30日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.5 Å / Num. all: 30457 / Num. obs: 30206 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 38.1 Å² / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.4 Å / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OEF

2oef

解像度: 2.35→19.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.23221	1511	RANDOM
R_work	0.17805	-	-
all	0.18075	30206	-
obs	0.18075	30206	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3744	0	0	309	4053

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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