PDB-4j10: The crystal structure of a secreted protein ESXB (SeMet-labeled) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j10

タイトル

The crystal structure of a secreted protein ESXB (SeMet-labeled) from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

SECRETED PROTEIN ESXB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Secreted Protein Esxb (Semet-Labeled) from Bacillus Anthracis Str. Sterne
著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年2月13日	ID: 4IOE
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j10.cif.gz	84.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j10.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j11
類似構造データ	3d0t-2 5v16-d 4afl-2 2i38-d 4j7k-2 3c1d-2 1cdh-d 2zfc-d 6toc-1 7jh6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SECRETED PROTEIN ESXB

B: SECRETED PROTEIN ESXB

ヘテロ分子

21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.080, 38.394, 130.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SECRETED PROTEIN ESXB 分子量: 10466.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: STERNE / 遺伝子: BACILLUS ANTHRACIS, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M PHOSPHATE-CITRATE, 40% PEG300, PH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→28.9 Å / Num. all: 30476 / Num. obs: 30476 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 46.1
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1285 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.44→28.81 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	1542	5.08 %	random
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.18	30371	97.8 %	-
all	-	30371	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→28.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1339	0	9	149	1497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.039	572
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4401-1.4866	0.2525	111	0.2119	2306	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4866-1.5397	0.1998	145	0.187	2580	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5397-1.6014	0.2026	141	0.1629	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6014-1.6742	0.169	144	0.1638	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6742-1.7625	0.2264	148	0.1692	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7625-1.8729	0.2024	141	0.164	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8729-2.0175	0.2149	144	0.1727	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0175-2.2204	0.1988	118	0.1666	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2204-2.5416	0.2009	154	0.1699	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5416-3.2014	0.2147	143	0.1839	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2014-28.8168	0.198	153	0.1908	2673	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9255	-0.2259	1.6957	1.863	0.5214	4.7942	-0.0864	-0.0909	0.6697	0.2746	-0.039	-0.1908	-0.2138	0.2481	0.1019	0.2913	0.0104	-0.029	0.1747	-0.0089	0.2596	4.4665	29.6457	43.9583
2	1.6553	-2.1337	-0.6175	2.8571	0.3367	2.1647	0.0212	0.0323	-0.0701	0.265	-0.0298	0.1967	0.1017	-0.378	-0.0129	0.1939	-0.0139	-0.0022	0.1203	-0.0054	0.1592	-0.8157	22.0997	33.7534
3	2.1388	0.3881	1.0395	1.0438	-1.1299	2.2299	0.0505	0.2534	-0.0799	-0.1449	0.1644	0.0885	0.4078	-0.2875	-0.1769	0.1652	-0.0278	-0.0073	0.1736	0.0013	0.1671	-3.7783	18.3915	10.9291
4	1.7294	0.4322	1.3633	1.9038	-0.8453	2.3351	0.0346	0.3254	-0.2133	-0.4662	0.0188	-0.0559	0.6226	0.0575	-0.0216	0.3714	0.0247	0.0386	0.2562	-0.0324	0.2089	2.7577	13.7054	1.3897
5	1.1292	-0.06	-1.2689	0.9423	1.0443	2.3951	-0.0151	-0.0031	-0.084	0.1081	-0.0586	-0.0356	0.5728	-0.0916	0.0483	0.2178	0.0048	-0.016	0.1138	0.0121	0.1663	2.8468	14.0354	30.5982
6	4.6622	2.2186	1.8174	3.4133	-1.5353	3.1622	0.3064	-1.0517	1.5085	1.1609	-0.2848	0.1988	-1.435	0.103	0.1488	0.5843	-0.1091	-0.0214	0.3374	-0.081	0.3187	-1.1971	17.0602	51.1677
7	0.9235	-0.4155	0.0678	1.2454	-1.4615	2.925	-0.0808	0.0579	0.1315	0.0626	-0.0649	-0.1011	-0.2469	0.1	0.1261	0.0975	0.0036	0.0042	0.146	0.0127	0.1686	3.9532	26.1035	16.0982
8	1.3377	-0.3189	1.6079	1.1406	-1.0994	8.0643	-0.0349	0.1972	-0.0031	0.0064	-0.1044	-0.1869	0.1288	0.6869	0.1568	0.0755	0.0117	0.0006	0.2133	0.0206	0.1982	9.7139	21.2584	13.5048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 20 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 21 through 40 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 60 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 61 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 83 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 85 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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