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- PDB-4afl: The crystal structure of the ING4 dimerization domain reveals the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afl
タイトルThe crystal structure of the ING4 dimerization domain reveals the functional organization of the ING family of chromatin binding proteins.
要素INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
キーワードCELL CYCLE / TUMOUR SUPPRESSOR / CHROMATIN REMODELLING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / intermediate filament cytoskeleton / regulation of cell cycle G2/M phase transition / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / protein acetylation / histone acetyltransferase complex / : / regulation of cell growth ...DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / intermediate filament cytoskeleton / regulation of cell cycle G2/M phase transition / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / protein acetylation / histone acetyltransferase complex / : / regulation of cell growth / HATs acetylate histones / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1740 / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Helix Hairpins / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Helix non-globular / Zinc finger PHD-type profile. ...Helix Hairpins - #1740 / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Helix Hairpins / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Helix non-globular / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Special / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of growth protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.275 Å
データ登録者Culurgioni, S. / Munoz, I.G. / Moreno, A. / Palacios, A. / Villate, M. / Palmero, I. / Montoya, G. / Blanco, F.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Inhibitor of Growth 4 (Ing4) Dimerization Domain Reveals Functional Organization of Ing Family of Chromatin-Binding Proteins.
著者: Culurgioni, S. / Munoz, I.G. / Moreno, A. / Palacios, A. / Villate, M. / Palmero, I. / Montoya, G. / Blanco, F.J.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Other
改定 1.22012年7月11日Group: Other
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
B: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
C: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
D: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
E: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
F: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4076
ポリマ－74,4076
非ポリマー00
水3,351186
1
A: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
C: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8022
ポリマ－24,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-37.6 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
2
B: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
F: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8022
ポリマ－24,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-37.7 kcal/mol
Surface area10910 Å2
手法PISA
3
D: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4
E: INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8022
ポリマ－24,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-39.1 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.450, 186.600, 62.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.4458, -0.4793, 0.756), (0.1531, 0.7913, 0.5919), (-0.8819, 0.3796, -0.2794)14.5357, 8.4528, 79.7095
3given(1), (1), (1)
4given(-0.4458, -0.4793, 0.756), (0.1531, 0.7913, 0.5919), (-0.8819, 0.3796, -0.2794)14.5357, 8.4528, 79.7095
5given(0.9585, 0.2826, 0.0377), (0.2827, -0.9592, 0.0042), (0.0374, 0.0067, -0.9993)-14.009, 81.9654, 99.6181
6given(0.9585, 0.2826, 0.0377), (0.2827, -0.9592, 0.0042), (0.0374, 0.0067, -0.9993)-14.009, 81.9654, 99.6181
7given(0.4699, 0.0345, -0.882), (0.4679, -0.857, 0.2157), (-0.7485, -0.5141, -0.4189)53.9293, 28.0401, 116.5614
8given(0.4699, 0.0345, -0.882), (0.4679, -0.857, 0.2157), (-0.7485, -0.5141, -0.4189)53.9293, 28.0401, 116.5614
9given(0.5465, -0.3045, -0.7801), (-0.2634, 0.8217, -0.5053), (0.7949, 0.4817, 0.3689)50.5162, 72.0595, -14.2413
10given(0.5465, -0.3045, -0.7801), (-0.2634, 0.8217, -0.5053), (0.7949, 0.4817, 0.3689)50.5162, 72.0595, -14.2413
11given(-0.4323, -0.1721, 0.8852), (-0.3114, -0.8928, -0.3256), (0.8463, -0.4164, 0.3323)5.1225, 78.7597, 20.86
12given(-0.4323, -0.1721, 0.8852), (-0.3114, -0.8928, -0.3256), (0.8463, -0.4164, 0.3323)5.1225, 78.7597, 20.86

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要素

#1: タンパク質
INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4 / P29ING4


分子量: 12401.243 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL DIMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 2-105 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UNL4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 24% PEG 3350, 0.1 M BISTRIS- PROPANE PH:7.5, 0.4 M SODIUM NITRATE, 10% OPTISALT SOLUTION 6, SILVER BULLET ADDITIVE 3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→47.09 Å / Num. obs: 34302 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 35.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.4 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.275→44.688 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1735 5.1 %
Rwork0.2046 --
obs0.2073 34302 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.912 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1314 Å20 Å20 Å2
2---2.6657 Å20 Å2
3----2.8637 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.275→44.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4692 0 0 186 4878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9956384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5971816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.275-2.35630.37161460.26972815X-RAY DIFFRACTION87
2.3563-2.45070.30791700.24933260X-RAY DIFFRACTION100
2.4507-2.56220.31811940.22773242X-RAY DIFFRACTION100
2.5622-2.69720.3171530.21453327X-RAY DIFFRACTION100
2.6972-2.86620.29081710.21333254X-RAY DIFFRACTION100
2.8662-3.08750.26031740.2193281X-RAY DIFFRACTION100
3.0875-3.39810.24551690.20843303X-RAY DIFFRACTION100
3.3981-3.88950.23311740.18383338X-RAY DIFFRACTION100
3.8895-4.89940.2021850.16043322X-RAY DIFFRACTION100
4.8994-44.69680.26141990.22263425X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8882-0.2254-1.00370.01221.17697.218-0.1218-0.017-0.01720.1245-0.0275-0.12410.2601-0.46560.09830.2883-0.04290.01850.11020.02250.190115.054638.214646.7171
2-0.26410.4027-0.54621.1164-3.43395.31-0.1135-0.1625-0.1467-0.0478-0.4235-0.18380.33110.62460.27940.39480.0126-0.02030.30590.02130.24320.784942.846647.9912
34.46280.9272.1455.81634.4613.9047-0.4559-1.3605-0.7851.4099-0.05510.0203-0.9105-0.26750.18820.3739-0.0533-0.11150.57710.1330.231143.0109-3.473341.712
49.3615-5.43964.22564.0826-3.34882.8509-0.287-0.05930.730.1855-0.0085-0.3244-0.1481-0.07310.23840.2469-0.0487-0.05250.20290.00170.235133.44213.165224.3535
53.4987-1.10143.87440.8062-1.30354.22930.2482-0.3863-0.1841-0.17880.12590.14350.3858-0.3481-0.28040.2346-0.0469-0.02420.38950.06880.30526.924913.672930.8926
63.63564.4461-3.15229.33281.28479.53880.1739-0.6793-0.91030.41470.6445-1.74440.82550.94590.12620.40690.0757-0.0120.38510.16530.506125.53755.699972.15
7-0.0938-0.03670.13210.1971.06132.27930.02790.1125-0.1786-0.0034-0.1150.03190.3203-0.11340.13790.27170.02480.00580.3405-0.04580.250610.644148.659847.8582
80.1335-0.62251.80380.5083-2.65975.2799-0.46970.03120.24860.1639-0.419-0.4106-0.50930.05740.460.35860.05790.0380.37040.05910.271320.3647.103853.0369
96.51084.3775-5.28665.5163-1.9895.3025-0.6564-0.1704-1.2935-0.56080.4125-0.0393-0.1231-0.85770.29760.1768-0.0263-0.02460.45480.0790.396958.619337.357462.7752
106.40695.99442.57595.04412.33612.80920.3347-0.08570.26110.4006-0.43620.42360.2644-0.19810.16480.22550.02180.04830.2207-0.03090.405534.640923.990366.9366
118.8285.00837.01263.08992.83165.0788-0.04450.80820.7062-0.1394-0.07180.1718-0.07010.44780.25190.28840.0280.01280.30080.02990.316743.581722.107161.495
125.175-2.64581.76616.7352-3.60143.15750.02270.4771-0.4051-0.9051-0.3471-0.6742-0.0256-0.37390.0458-0.21721.1964-0.4737-0.70870.59990.129229.686-2.849751.0429
138.14195.52574.58535.24113.63525.02330.2625-0.41440.34390.4634-0.28470.24350.06730.01670.04780.3204-0.02340.03820.28340.04890.251939.459415.587971.3571
145.92822.93626.6630.82452.37736.14190.14580.5906-0.1316-0.01980.0542-0.11180.3130.5277-0.16020.23180.0087-0.04040.37790.01140.290241.070915.217660.9021
157.6622-4.78282.60342.8692-1.36422.02920.50350.1940.1553-0.1025-0.2825-0.07470.0814-0.0069-0.12430.3706-0.0895-0.08260.20080.07880.349329.407125.01428.2621
165.0171-4.110.79357.7577-2.96986.2676-0.12930.7705-0.2108-0.9284-0.18920.98231.2912-0.65740.42090.45980.13960.01750.63670.03040.716956.993810.802434.2323
173.4751-1.07832.48321.5334-0.05172.35670.0938-0.240.86690.1153-0.02450.0608-0.0073-0.1264-0.02960.3074-0.0321-0.12760.23130.06840.269328.820818.348435.0345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 3:57)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 58:104)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 4:13)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 14:51)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 52:101)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESSEQ 4:13)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESSEQ 14:57)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESSEQ 58:105)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESSEQ 5:13)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESSEQ 14:59)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESSEQ 60:103)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN E AND (RESSEQ 4:13)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND (RESSEQ 14:57)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESSEQ 58:104)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN F AND (RESSEQ 10:48)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND (RESSEQ 49:57)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND (RESSEQ 58:103)

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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