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- PDB-4j0l: Crystal Structure of a Family GH19 Chitinase (W72A/E67Q mutant) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j0l
タイトルCrystal Structure of a Family GH19 Chitinase (W72A/E67Q mutant) from rye seeds in complex with two (GlcNAc)4 molecules
要素Basic endochitinase C
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / defense response to fungus / cell wall macromolecule catabolic process / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic endochitinase C
類似検索 - 構成要素
生物種Secale cereale (クロムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Umemoto, N. / Numata, T. / Ohnuma, T. / Fukamizo, T.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Complete subsite mapping of a "loopful" GH19 chitinase from rye seeds based on its crystal structure
著者: Ohnuma, T. / Umemoto, N. / Kondo, K. / Numata, T. / Fukamizo, T.
履歴
登録2013年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic endochitinase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3439
ポリマ－26,1391
非ポリマー2,2048
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.783, 78.783, 95.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Basic endochitinase C / Rye seed chitinase-c / RSC-c


分子量: 26139.176 Da / 分子数: 1 / 変異: W72A/E67Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Secale cereale (クロムギ) / 遺伝子: rscc / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q9FRV0, chitinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Sodium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.5), 1.6M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si (111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 44.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique all: 17096 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DWX

4dwx


解像度: 1.9→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.308 / SU ML: 0.071 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20737 1237 5.1 %RANDOM
Rwork0.18208 ---
obs0.18333 22984 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 143 187 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0791.9992790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0655244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40922.588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4415256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5961515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4151.51205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77821905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2373836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0314.5885
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 93 -
Rwork0.195 1645 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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