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- PDB-3ti2: 1.90 Angstrom resolution crystal structure of N-terminal domain 3... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ti2 | ||||||
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Title | 1.90 Angstrom resolution crystal structure of N-terminal domain 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase from Vibrio cholerae | ||||||
![]() | 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / EPSP SYNTHASE | ||||||
Function / homology | ![]() 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Light, S.H. / Minasov, G. / Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.90 Angstrom resolution crystal structure of N-terminal domain 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase from Vibrio cholerae Authors: Light, S.H. / Minasov, G. / Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 362.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 297 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3nvsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24542.020 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: N-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: N16961 / Gene: aroA, VC_1732 / Plasmid: MCSG7 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9KRB0, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHOR STATES THAT CRYSTALLIZATION WAS SETUP WITH N-TERMINAL EXPRESSION TAG ...AUTHOR STATES THAT CRYSTALLIZ | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein: 4.0 mGr/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3) Crystallization: Classics II (Qiagen) condition D10 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 20% (w/v) PEG 5000 MME, VAPOR DIFFUSION, ...Details: Protein: 4.0 mGr/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3) Crystallization: Classics II (Qiagen) condition D10 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 20% (w/v) PEG 5000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2011 / Details: BERYLLIUM LENS |
Radiation | Monochromator: DIAMOND / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 65572 / Num. obs: 65572 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3198 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3NVS Resolution: 1.9→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.994 / SU ML: 0.089 Isotropic thermal model: thermal factors individually refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.134 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.036 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→29.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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