PDB-4j0h: Tannin acyl hydrolase in complex with gallic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j0h

タイトル

Tannin acyl hydrolase in complex with gallic acid

要素

Tannase

キーワード

HYDROLASE / tannin / hydrolysis / gallic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum.
著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q.

履歴

登録	2013年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j0h.cif.gz	389.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j0h.ent.gz	315.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j0cC 4j0dC 4j0gC 4j0iC 4j0jC 4j0kC 4juiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j0d-2 4j0k-2 3wa7-d 4j0i-2 3pt1-d 4uhn-d 4jui-1 2i7x-d 5gx6-2 2cjh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tannase

B: Tannase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tannase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tannase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.551, 62.960, 84.474
Angle α, β, γ (deg.)	70.74, 85.18, 79.55
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tannase 分子量: 53294.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018
#2: 化合物	ChemComp-GDE / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Gallate / (-)-没食子酸分子量: 170.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 82235 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 11.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→19.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.9083 / SU ML: 0.4 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 16.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	4103	4.99 %
R_work	0.1491	-	-
obs	0.1508	82229	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.667 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.38 Å² / B_iso mean: 15.9204 Å² / B_iso min: 3.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.284 Å²	0.6113 Å²	0.4789 Å²
2-	-	-2.774 Å²	-1.2173 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7170	0	99	1214	8483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	10255
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.52	2704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1342

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8212	0.297	142	0.2362	2658	2800	97
1.8212-1.8434	0.2655	138	0.2121	2663	2801	97
1.8434-1.8667	0.2391	143	0.1907	2642	2785	97
1.8667-1.8912	0.2161	144	0.1932	2697	2841	97
1.8912-1.9171	0.2092	125	0.1731	2659	2784	97
1.9171-1.9445	0.2141	151	0.1677	2694	2845	97
1.9445-1.9735	0.2058	132	0.1634	2713	2845	97
1.9735-2.0043	0.2077	139	0.162	2630	2769	97
2.0043-2.0371	0.175	120	0.1548	2731	2851	97
2.0371-2.0722	0.2004	129	0.1485	2718	2847	97
2.0722-2.1098	0.2034	149	0.1505	2618	2767	97
2.1098-2.1504	0.1912	125	0.1466	2718	2843	98
2.1504-2.1942	0.1815	147	0.1474	2669	2816	97
2.1942-2.2418	0.1886	139	0.1497	2722	2861	98
2.2418-2.2939	0.1829	157	0.1424	2664	2821	98
2.2939-2.3512	0.1932	130	0.1406	2695	2825	98
2.3512-2.4147	0.1746	164	0.1361	2699	2863	98
2.4147-2.4856	0.1758	150	0.1431	2678	2828	98
2.4856-2.5656	0.2048	156	0.1397	2692	2848	98
2.5656-2.6571	0.1993	141	0.1494	2699	2840	98
2.6571-2.7632	0.1778	122	0.1481	2740	2862	98
2.7632-2.8886	0.2075	159	0.1469	2679	2838	98
2.8886-3.0404	0.1494	147	0.155	2707	2854	98
3.0404-3.2301	0.1769	131	0.1463	2740	2871	98
3.2301-3.4783	0.1698	138	0.1429	2735	2873	98
3.4783-3.826	0.152	140	0.1298	2698	2838	98
3.826-4.3743	0.1515	151	0.1214	2714	2865	98
4.3743-5.4912	0.1391	143	0.1252	2731	2874	99
5.4912-19.6809	0.1791	151	0.167	2723	2874	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0615	-0.0583	0.0912	0.7043	0.5742	0.9859	0.0065	0.0052	0.0203	-0.0654	-0.0068	-0.0212	-0.1562	0.0353	-0.0002	0.06	-0.0141	0.0024	0.0629	0.0068	0.0442	27.4226	104.8445	80.6352
2	0.4234	0.2343	0.1042	0.432	0.1002	1.2074	0.0631	-0.0723	0.0075	0.104	-0.0673	0.0431	0.1535	-0.0819	-0.0029	0.1342	-0.0087	0.0017	0.0572	-0.0097	0.0564	18.7963	77.8564	72.064
3	0.3261	0.041	0.1653	0.6475	0.2963	1.0836	0.0384	0.0331	0.0099	-0.0457	0.002	-0.0364	0.0905	0.0743	-0.0216	0.0802	0.0217	-0.0093	0.0594	-0.0093	0.0587	25.9833	91.3055	70.2607
4	0.4066	-0.1277	-0.082	0.9845	0.351	0.4293	-0.0272	0.0316	-0.0373	-0.03	0.0195	-0.0762	0.0617	-0.0001	0.0133	0.0443	-0.0043	0.0148	0.0443	0.0075	0.0622	39.6117	41.9111	33.4411
5	1.0366	-0.0379	-0.044	0.5097	-0.1623	0.4283	-0.0042	-0.0288	0.0211	-0.0304	0.0204	-0.0224	-0.0292	-0.0715	-0.0339	0.0273	0.004	-0.001	0.0321	-0.0125	0.0418	30.3171	71.623	39.4316
6	0.4339	0.1218	-0.0886	0.6137	-0.0551	0.2064	-0.0065	-0.0297	0.0278	-0.0189	0.0138	0.0004	0.003	-0.0072	0.0019	0.0264	0.003	-0.0129	0.0483	-0.0037	0.0525	34.6005	63.6958	39.6389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:232)	A	1 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 233:340)	A	233 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 341:469)	A	341 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:209)	B	1 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 210:311)	B	210 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 312:469)	B	312 - 469

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