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万見
- PDB-5gx6: Crystal structure of solute-binding protein complexed with unsatu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gx6
タイトルCrystal structure of solute-binding protein complexed with unsaturated chondroitin disaccharide with a sulfate group at C-4 position of GalNAc
要素Extracellular solute-binding protein family 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glycosaminoglycan / ABC transporter / solute-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular solute-binding protein family 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptobacillus moniliformis DSM 12112 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Grants-in-Aid for Scientific Research from the Japanese Society for the Promotion of Science 日本
Mizutani Foundation for Glycoscience 日本
Danone Institute of Japan Foundation 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A bacterial ABC transporter enables import of mammalian host glycosaminoglycans
著者: Oiki, S. / Mikami, B. / Maruyama, Y. / Murata, K. / Hashimoto, W.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein family 1
B: Extracellular solute-binding protein family 1
C: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,16524
ポリマ－165,7363
非ポリマー2,42921
水17,366964
1
A: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0558
ポリマ－55,2451
非ポリマー8107
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,17910
ポリマ－55,2451
非ポリマー9349
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9316
ポリマ－55,2451
非ポリマー6865
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.983, 112.590, 165.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein family 1


分子量: 55245.367 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 19-500 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptobacillus moniliformis DSM 12112 (バクテリア)
株: DSM 12112 / 遺伝子: Smon_0123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AWE0
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 459.380 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.0), 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 136919 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 37.5
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.519

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000data processing
MOLREPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GUB

5gub


解像度: 1.81→39.453 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 6848 5.03 %
Rwork0.191 --
obs0.1921 136214 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→39.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11499 0 153 964 12616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12516348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5647234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8098-1.83040.27962080.23114159X-RAY DIFFRACTION97
1.8304-1.85190.27552210.22844284X-RAY DIFFRACTION100
1.8519-1.87450.23272220.21154264X-RAY DIFFRACTION100
1.8745-1.89820.24952200.20554283X-RAY DIFFRACTION100
1.8982-1.92320.24162270.20044236X-RAY DIFFRACTION99
1.9232-1.94960.24452300.19994278X-RAY DIFFRACTION99
1.9496-1.97740.24812150.1984291X-RAY DIFFRACTION99
1.9774-2.00690.21872180.19824285X-RAY DIFFRACTION100
2.0069-2.03830.23662080.19854256X-RAY DIFFRACTION99
2.0383-2.07170.23612430.19614256X-RAY DIFFRACTION99
2.0717-2.10740.22112280.19674272X-RAY DIFFRACTION99
2.1074-2.14580.24842400.20274231X-RAY DIFFRACTION99
2.1458-2.1870.23672270.20334278X-RAY DIFFRACTION99
2.187-2.23170.23172430.19194279X-RAY DIFFRACTION99
2.2317-2.28020.21982370.19174274X-RAY DIFFRACTION100
2.2802-2.33320.22512230.18994296X-RAY DIFFRACTION100
2.3332-2.39160.23392450.20244271X-RAY DIFFRACTION99
2.3916-2.45620.2052430.1954278X-RAY DIFFRACTION100
2.4562-2.52850.2612270.24308X-RAY DIFFRACTION100
2.5285-2.61010.21422340.19784316X-RAY DIFFRACTION100
2.6101-2.70330.22191780.20224370X-RAY DIFFRACTION100
2.7033-2.81150.22912310.19954333X-RAY DIFFRACTION100
2.8115-2.93950.21282470.20134322X-RAY DIFFRACTION100
2.9395-3.09440.22062320.24352X-RAY DIFFRACTION100
3.0944-3.28820.17572110.20214388X-RAY DIFFRACTION100
3.2882-3.54190.21042290.19674371X-RAY DIFFRACTION100
3.5419-3.8980.17552140.1794381X-RAY DIFFRACTION100
3.898-4.46140.17832380.16464427X-RAY DIFFRACTION100
4.4614-5.61840.16832620.15994414X-RAY DIFFRACTION100
5.6184-39.46280.17942470.17224613X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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