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- PDB-4iz6: Structure of EntE and EntB, an NRPS adenylation-PCP fusion protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iz6
タイトルStructure of EntE and EntB, an NRPS adenylation-PCP fusion protein with pseudo translational symmetry
要素Enterobactin synthase component E, Isochorismatase
キーワードLIGASE / Pseudo-translational symmetry / Adenylate-forming enzymes / ANL Superfamily / Non-ribosomal peptide synthetase / acyl carrier protein / NRPS adenylation domains and acyl carrier protein domain / 4'phosphopantetheinylation cofactor 4'PP / Chimera protein / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase / enterobactin synthase / isochorismatase activity / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / acyltransferase activity / phosphopantetheine binding ...isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase / enterobactin synthase / isochorismatase activity / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / acyltransferase activity / phosphopantetheine binding / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / : / ACP-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain ...Isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / : / ACP-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1HZ / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Enterobactin synthase component B / Enterobactin synthase component E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Sundlov, J.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure determination of the functional domain interaction of a chimeric nonribosomal peptide synthetase from a challenging crystal with noncrystallographic translational symmetry.
著者: Sundlov, J.A. / Gulick, A.M.
履歴
登録2013年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enterobactin synthase component E, Isochorismatase
B: Enterobactin synthase component E, Isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4676
ポリマ－140,8172
非ポリマー1,6504
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area46030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.990, 119.110, 99.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Enterobactin synthase component E, Isochorismatase / Enterochelin synthase E / 2 / 3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / Dihydroxybenzoic acid-activating ...Enterochelin synthase E / 2 / 3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / Dihydroxybenzoic acid-activating enzyme / S-dihydroxybenzoyltransferase / 3 dihydro-2 / 3 dihydroxybenzoate synthase / Enterobactin synthase component B / Enterochelin synthase B / Isochorismate lyase


分子量: 70408.641 Da / 分子数: 2 / 断片: Fusion between EntE(1-536) and EntB(211-285) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: insert contains a fusion between the entE gene, a 12 bp linker encoding Gly-Arg -Ala-Ser, and the fragment of the entB gene encoding residues 211 through 285.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109
遺伝子: b0594, entE, entE and entB, JW0586, b0595, entB, entG, JW0587
プラスミド: pSP55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10378, UniProt: P0ADI4, (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-1HZ / 5'-deoxy-5'-({[2-(2,3-dihydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine


分子量: 466.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N6O7S
#3: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE 1HZ LIGAND IS ATTACHED TO PHOSPHOPANTETHEINE (PNS) THIOL (S44) TO FORM A COVALENT LINKAGE. THE ...THE 1HZ LIGAND IS ATTACHED TO PHOSPHOPANTETHEINE (PNS) THIOL (S44) TO FORM A COVALENT LINKAGE. THE LIGAND 1HZ REPRESENTS THE FINAL BOUND PRODUCT. THE STARTING MATERIAL FOR 1HZ LIGAND ((E)-5'-AMINO-5'-DEOXY-5'-N-{[2-(2,3-HYDROXYPHENYL)ETHENYL]SULFONYL}ADENOSINE) HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C21 AND C22 ATOM GROUPS.
配列の詳細THE STRUCTURE IS A CHIMERIC PROTEIN OF ENTEROBACTIN SYNTHETASE COMPONENT E (ENTE) AND THE CARRIER ...THE STRUCTURE IS A CHIMERIC PROTEIN OF ENTEROBACTIN SYNTHETASE COMPONENT E (ENTE) AND THE CARRIER PROTEIN DOMAIN OF 2,3-DIHYDRO-2,3-DIHYDROXYBENZOATE SYNTHETASE, ISOCHROISMATASE (ENTB) JOINED BY GLY-ARG-ALA-SER LINKER RESIDUES BETWEEN THESE TWO PROTEINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: The EntE-B protein crystallized via a modified vapor diffusion setup. A mother liquor of 20 % monomethyl ether PEG 2000 and 0.1 M bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane (BIS-TRIS) ...詳細: The EntE-B protein crystallized via a modified vapor diffusion setup. A mother liquor of 20 % monomethyl ether PEG 2000 and 0.1 M bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane (BIS-TRIS) was made. The mother liquor was diluted 1:1 with the protein buffer for the crystallization reservoir and diluted 1:1 with protein solution for the hanging drop., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日
放射モノクロメーター: SSRL 11-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→76.5 Å / Num. all: 52307 / Num. obs: 51261 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6837 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_837)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RG2 chain C residues 2-536

3rg2


解像度: 2.4→48.497 Å / SU ML: 0.88 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3133 2655 5.19 %random
Rwork0.2497 ---
all0.2532 52407 --
obs0.2532 51170 97.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.376 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4223 Å20 Å2-0 Å2
2--0.7556 Å20 Å2
3----1.1778 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9245 0 106 205 9556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25513074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0463409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061703
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44360.38831050.32812244X-RAY DIFFRACTION87
2.4436-2.49060.3911460.30572339X-RAY DIFFRACTION91
2.4906-2.54140.36431380.29322444X-RAY DIFFRACTION95
2.5414-2.59670.38261350.29092481X-RAY DIFFRACTION97
2.5967-2.65710.37991360.28812571X-RAY DIFFRACTION99
2.6571-2.72350.38741370.28242578X-RAY DIFFRACTION100
2.7235-2.79710.3491370.27622579X-RAY DIFFRACTION100
2.7971-2.87940.33351360.26092590X-RAY DIFFRACTION100
2.8794-2.97240.38171420.27462588X-RAY DIFFRACTION100
2.9724-3.07860.37651480.27842598X-RAY DIFFRACTION100
3.0786-3.20180.3361220.27112581X-RAY DIFFRACTION100
3.2018-3.34750.29311430.24972602X-RAY DIFFRACTION100
3.3475-3.52390.32951300.24952608X-RAY DIFFRACTION99
3.5239-3.74460.3361580.23812582X-RAY DIFFRACTION99
3.7446-4.03360.25281530.22932580X-RAY DIFFRACTION99
4.0336-4.43930.26241520.20332611X-RAY DIFFRACTION99
4.4393-5.08110.24171510.20572598X-RAY DIFFRACTION98
5.0811-6.39930.28771330.23212638X-RAY DIFFRACTION98
6.3993-48.50740.25641530.22722703X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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