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- PDB-3rg2: Structure of a two-domain NRPS fusion protein containing the EntE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rg2
タイトルStructure of a two-domain NRPS fusion protein containing the EntE adenylation domain and EntB aryl-carrier protein from enterobactin biosynthesis
要素Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
キーワードLIGASE / Adenylate-forming enzymes / ANL Superfamily / Non-ribosomal peptide synthetase carrier protein Function / NRPS adenylation domain acyl carrier protein / 4'phosphopantetheinylation 4'PP cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase / enterobactin synthase / isochorismatase activity / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin biosynthetic process / acyltransferase activity / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / : / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ACP-like ...Isochorismatase / 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / : / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ACP-like / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Chem-SVS / Enterobactin synthase component E / isochorismatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sundlov, J.A. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Intermolecular Interaction between NRPS Adenylation and Carrier Protein Domains.
著者: Sundlov, J.A. / Shi, C. / Wilson, D.J. / Aldrich, C.C. / Gulick, A.M.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
B: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
C: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
D: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
E: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
F: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
G: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
H: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
I: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
J: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)694,55555
ポリマ－683,29410
非ポリマー11,26145
水00
1
A: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
B: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,41915
ポリマ－136,6592
非ポリマー2,76013
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area45950 Å2
手法PISA
2
C: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
H: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,5308
ポリマ－136,6592
非ポリマー1,8716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area45780 Å2
手法PISA
3
D: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
E: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,16513
ポリマ－136,6592
非ポリマー2,50611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area45850 Å2
手法PISA
4
F: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
I: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,78410
ポリマ－136,6592
非ポリマー2,1258
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area45970 Å2
手法PISA
5
G: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
J: Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6579
ポリマ－136,6592
非ポリマー1,9987
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area48320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.575, 101.771, 240.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
12
22
32
42
52
62
72
82
92
102
13
23
33
43
53
63
73
83
93
103

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
211chain B and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
311chain C and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
411chain D and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
511chain E and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
611chain F and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
711chain G and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
811chain H and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
911chain I and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
1011chain J and (resseq 3:133 or resseq 140:144 or resseq...
112chain A and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
212chain B and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
312chain C and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
412chain D and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
512chain E and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
612chain F and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
712chain G and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
812chain H and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
912chain I and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
1012chain J and (resseq 434:482 or resseq 484:510 or resseq 512:515 )
113chain A and (resseq 545:610 )
213chain B and (resseq 545:610 )
313chain C and (resseq 545:610 )
413chain D and (resseq 545:610 )
513chain E and (resseq 545:610 )
613chain F and (resseq 545:610 )
713chain G and (resseq 545:610 )
813chain H and (resseq 545:610 )
913chain I and (resseq 545:610 )
1013chain J and (resseq 545:610 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The asymmetric unit contains five domain-swapped dimers that each represent two functional interactions between the EntE adenylation and EntB carrier protein domains.

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要素

#1: タンパク質
Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb) / Enterochelin synthase E / 2 / 3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / Dihydroxybenzoic acid-activating ...Enterochelin synthase E / 2 / 3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / Dihydroxybenzoic acid-activating enzyme / S-dihydroxybenzoyltransferase


分子量: 68329.438 Da / 分子数: 10
断片: Fusion between EntE (unp residues 1-536) and EntB (unp residues 211-285)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: b0594, entE, entE and entB, JW0586 / プラスミド: pET15bTEV, pSP55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10378, UniProt: Q1REW7, (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SVS / 5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine


分子量: 450.469 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N6O6S
#3: 化合物
ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#4: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
非ポリマーの詳細THE SVS LIGAND IS ATTACHED TO PHOSPHOPANTETHEINE (PNS) THIOL (S44) TO FORM A COVALENT LINKAGE. THE ...THE SVS LIGAND IS ATTACHED TO PHOSPHOPANTETHEINE (PNS) THIOL (S44) TO FORM A COVALENT LINKAGE. THE LIGAND SVS REPRESENTS THE FINAL BOUND PRODUCT. THE STARTING MATERIAL FOR SVS LIGAND ((E)-5'-AMINO-5'-DEOXY-5'-N-{[2-(2-HYDROXYPHENYL)ETHENYL]SULFONYL}ADENOSINE) HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C21 AND C22 ATOM GROUPS.
配列の詳細THE STRUCTURE IS REPRESENTATIVE OF A CHIMERIC PROTEIN BETWEEN ENTEROBACTIN SYNTHETASE COMPONENT E ...THE STRUCTURE IS REPRESENTATIVE OF A CHIMERIC PROTEIN BETWEEN ENTEROBACTIN SYNTHETASE COMPONENT E (ENTE) AND THE CARRIER PROTEIN DOMAIN OF 2,3-DIHYDRO-2,3-DIHYDROXYBENZOATE SYNTHETASE, ISOCHROISMATASE (ENTB)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: 1:1 mixture of protein and 20-30% PEG 3350, 100 mM NH4I, 50 mM MES , pH 6.0, microbatch under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月11日 / 詳細: SSRL 11-1
放射モノクロメーター: SSRL 11-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 135141 / Num. obs: 134330 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 12070 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7_637)精密化
PHASER位相決定
BALBES位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Mutated DhbE (pdb code 1MD9) with C-terminal domain rotated and pdb entry code 2FQ1

1md9

2fq1


解像度: 3.1→39.269 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS Refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 6385 4.75 %Rfree chosen in thin shells with SHELX
Rwork0.2179 ---
obs0.2203 134306 98.96 %-
all-135717 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.433 Å2 / ksol: 0.254 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4217 Å20 Å2-0.6087 Å2
2--3.9582 Å20 Å2
3----5.3798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44567 0 545 0 45112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35663201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.75315854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0847265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068299
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.08
13C2803X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
14D2821X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
15E2746X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
16F2810X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
17G2691X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.075
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19I2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
110J2555X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
21A597X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B597X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.083
23C594X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
24D599X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.092
25E587X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
26F593X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.079
27G591X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
28H578X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.079
29I572X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
210J544X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
31A494X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B494X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
33C486X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
34D478X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
35E502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
36F492X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
37G426X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
38H502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
39I499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
310J502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12210.0702-0.01380.123-0.03430.6186-0.02790.04830.1482-0.14620.05880.02330.28570.54260.04740.04930.2057-0.02450.06760.02250.1824-100.4054-105.345190.4707
20.08050.0423-0.03540.0284-0.03050.0587-0.0441-0.00640.0033-0.0154-0.0854-0.08940.03340.0697-0.00490.06980.1197-0.03410.1442-0.04440.2059-69.7125-67.3217112.2809
30.34450.0029-0.27030.12060.02050.35760.4157-0.00980.49970.06310.0804-0.1775-0.32630.24650.782-0.5056-0.52590.2775-0.26490.10920.188-90.6393-46.4229116.0287
40.0103-0.0151-0.02330.13040.02440.070.0996-0.10280.0224-0.0688-0.0264-0.2111-0.03470.1553-0.04520.4052-0.21810.09290.81440.20080.6823-81.2456-84.319781.4982
50.1987-0.0605-0.15930.15260.04850.1789-0.09570.3480.147-0.01740.0950.1792-0.0036-0.3351-0.03310.04360.0752-0.00970.41280.10240.5499-31.6603-60.4002101.0681
60.0714-0.00730.02460.021-0.0110.0152-0.0315-0.03620.03010.03170.01810.0072-0.00260.01330.00620.71760.248-0.09260.7785-0.12310.675612.4592-37.479287.5255
70.131-0.0471-0.01720.05040.04570.13070.030.26170.2107-0.0659-0.0752-0.0144-0.3489-0.1945-0.02910.31150.1145-0.11760.3706-0.0785-0.2159-69.2337-36.575345.8618
80.063-0.0215-0.02120.09830.04950.02880.0976-0.0225-0.0086-0.0665-0.05380.0173-0.0467-0.0154-0.03781.2678-0.0017-0.09720.560.06460.5725-109.7804-63.978669.7173
90.0282-0.05780.03460.3074-0.16720.1443-0.04590.18490.0972-0.289-0.0486-0.2257-0.08760.069-0.01380.75720.2902-0.00370.29030.20590.2423-108.061-80.882845.3822
100.03650.02170.03310.05140.00150.2089-0.055-0.00790.0463-0.0295-0.08440.07090.01340.0210.03810.49420.2386-0.08480.778-0.13920.428-98.1488-31.347750.2902
110.150.02520.03440.07980.05290.23850.20380.21230.1335-0.1474-0.002-0.1687-0.06080.27410.07150.76450.10490.02930.54510.07540.2116-93.9112-9.74456.6627
120.04950.0348-0.03630.20760.0630.1118-0.04530.0286-0.0205-0.0278-0.0314-0.03510.0634-0.01780.04251.1070.00930.00030.66890.04210.6443-135.2294-38.27821.8237
130.1424-0.07990.13480.661-0.00780.20770.43230.1257-0.2732-0.2143-0.42190.15350.1945-0.175-0.01710.3530.0463-0.11280.5977-0.02350.4661-43.3866-86.878257.8916
140.04220.03860.01550.10090.01980.05420.0750.005-0.0484-0.02120.0270.07230.02280.0703-0.041.084-0.0701-0.29991.22390.07721.2736-18.2274-61.631520.8721
150.0638-0.00020.08480.37980.16910.4006-0.081-0.01460.065-0.05540.30710.1616-0.37240.0463-0.08350.5760.05330.14780.38010.08210.4237-4.3536-19.14771.528
160.0155-0.00190.01530.10820.02270.0253-0.04460.04080.0112-0.0418-0.02640.01960.01990.0053-0.03710.1711-0.02390.09710.50870.00590.4153-9.4246-69.419783.0552
170.57230.1989-0.25360.3686-0.05470.12680.4473-0.3070.25650.0543-0.20360.3643-0.350.0862-0.02360.7392-0.126-0.00330.304-0.02950.441-146.9601-23.082823.8272
180.0301-0.02-0.00840.04230.00090.0052-0.03390.0353-0.0027-0.0113-0.02860.01550.01140.00320.00080.8423-0.061-0.29310.41960.08470.3904-99.6363-38.68911.8022
190.2013-0.0468-0.04740.1899-0.00360.06090.178-0.3238-0.5203-0.0378-0.06460.03950.029-0.0467-0.01260.6549-0.308-0.26670.48950.20070.73115.9551-76.977926.7328
200.1025-0.0233-0.16450.15230.07790.27490.02570.10720.0149-0.071-0.1514-0.0631-0.0415-0.12620.01010.42190.03010.00420.67920.16020.4068-34.3893-58.713155.1626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A resid 1:510
2X-RAY DIFFRACTION2chain A resid 541:613
3X-RAY DIFFRACTION3chain B resid 1:510
4X-RAY DIFFRACTION4chain B resid 541:613
5X-RAY DIFFRACTION5chain C resid 1:510
6X-RAY DIFFRACTION6chain C resid 541:613
7X-RAY DIFFRACTION7chain D resid 1:510
8X-RAY DIFFRACTION8chain D resid 541:613
9X-RAY DIFFRACTION9chain E resid 1:510
10X-RAY DIFFRACTION10chain E resid 541:613
11X-RAY DIFFRACTION11chain F resid 1:510
12X-RAY DIFFRACTION12chain F resid 541:613
13X-RAY DIFFRACTION13chain G resid 1:510
14X-RAY DIFFRACTION14chain G resid 541:613
15X-RAY DIFFRACTION15chain H resid 1:510
16X-RAY DIFFRACTION16chain H resid 541:613
17X-RAY DIFFRACTION17chain I resid 1:510
18X-RAY DIFFRACTION18chain I resid 541:613
19X-RAY DIFFRACTION19chain J resid 1:510
20X-RAY DIFFRACTION20chain J resid 541:613

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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