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万見
- PDB-4ivh: Crystal structure of QKLVFFAED nonapeptide segment from amyloid b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ivh
タイトルCrystal structure of QKLVFFAED nonapeptide segment from amyloid beta incorporated into a macrocyclic beta-sheet template
要素cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]
キーワードDE NOVO PROTEIN / amyloid oligomer
機能・相同性TERTIARY-BUTYL ALCOHOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Pham, J.D. / Chim, N. / Goulding, C.W. / Nowick, J.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structures of beta-Amyloid Peptide Oligomers
著者: Pham, J.D. / Chim, N. / Goulding, C.W. / Nowick, J.S.
履歴
登録2013年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3493
ポリマ－2,2521
非ポリマー972
水362
1
A: cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]
ヘテロ分子

A: cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]
ヘテロ分子

A: cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]
ヘテロ分子

A: cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,39812
ポリマ－9,0094
非ポリマー3888
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area1000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area3910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.085, 45.085, 29.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

NA

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cyclo[Gln-Lys-Leu-Val-Phe-Phe-Ala-Glu-Asp-(delta-linked-Orn)-Hao-Lys-Hao-(p-bromoPhe)-Thr-(delta-linked-Orn)]


分子量: 2252.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.5M Sodium citrate tribasic dihydrate, 35% tert-butanol, 1% PEG 3350 98K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 38242 / Num. obs: 1909 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.77-1.8317.80.4561781100
1.83-1.9120.50.331851100
1.91-1.9921.30.2111851100
1.99-2.121.40.1541881100
2.1-2.2321.60.1371881100
2.23-2.421.20.1411811100
2.4-2.6421.10.1311951100
2.64-3.0320.70.141931100
3.03-3.8119.20.113210198.5
3.81-5016.10.117216193.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→29.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.737 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27056 130 6.8 %RANDOM
Rwork0.22422 ---
obs0.22759 1779 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.21 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数155 0 6 2 163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.02174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0240.02162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.962.221236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.963.027348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.893510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.748256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.3491520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0270.021193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.647
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it6.268
LS精密化 シェル解像度: 1.772→1.818 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 5 -
Rwork0.226 127 -
obs--95.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.678 Å / Origin y: 13.7252 Å / Origin z: 11.8313 Å
111213212223313233
T0.213 Å2-0.0904 Å2-0.0118 Å2-0.1475 Å2-0.0106 Å2--0.1331 Å2
L4.9613 °24.1642 °2-3.32 °2-6.3782 °2-3.824 °2--2.6304 °2
S-0.0334 Å °0.1235 Å °-0.1415 Å °-0.2291 Å °0.0286 Å °0.0697 Å °0.0297 Å °0.0069 Å °0.0047 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1A15 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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