PDB-4iut: crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iut

タイトル

crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide

要素

Histone H3.2, H3(1-15)K9me3
SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

キーワード

GENE REGULATION / tandem tudor / zinc finger / H3K9me2 / mediate interaction / histone / methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

chromocenter / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / plastid / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1.
著者: Law, J.A. / Du, J. / Hale, C.J. / Feng, S. / Krajewski, K. / Palanca, A.M. / Strahl, B.D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2013年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月15日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iut.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iut.ent.gz	103.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iut.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iut	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iupSC 4iuqC 4iurC 4iuuC 4iuvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iur-2 4iuq-1 4iuv-1 4iur-1 4iuu-2 3bwz-d 4iuq-2 4txq-1 5qrz-d 1qzn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

C: Histone H3.2, H3(1-15)K9me3

ヘテロ分子

34.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

C: Histone H3.2, H3(1-15)K9me3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.391, 56.706, 59.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1 / Uncharacterized protein 分子量: 15780.645 Da / 分子数: 2 / 断片: SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g15215, F9L1.16 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9XI47
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3.2, H3(1-15)K9me3 分子量: 1592.843 Da / 分子数: 1 / 断片: H3(1-15) K9me2 peptide (unp residues 2-16) / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P59226
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CVM / CYMAL-4 / 4-CYCLOHEXYLBUTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-シクロヘキシルブチルβ-マルトシド分子量: 480.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₄₀O₁₁
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月15日
放射	モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 9812 / Num. obs: 9744 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.149 / R_sym value: 0.149 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 964 / R_sym value: 0.56 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IUP

4iup

解像度: 2.7→40.872 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2483	469	4.83 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.2043	9716	98.97 %	-
all	-	10185	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 18.091 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1718 Å²	0 Å²	-5.067 Å²
2-	-	7.4669 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2952 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2255	0	46	78	2379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.538	3157
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.88	901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	343
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7005-3.0911	0.3271	161	0.2656	3020	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0911-3.894	0.2441	147	0.2037	3096	X-RAY DIFFRACTION	99
3.894-40.8768	0.214	161	0.1731	3131	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5352	2.0802	1.6845	3.0295	1.3854	7.2826	0.034	0.0645	-0.3355	0.038	-0.1304	0.0181	0.476	0.3179	0.0268	0.1236	0.0445	0.0239	0.1165	0.0532	0.2258	5.6478	-8.4234	22.8444
2	8.5212	1.086	-5.112	2.1994	-0.3713	9.0126	0.2926	0.929	0.5085	-0.4382	0.2913	0.3941	-0.1989	-0.2298	-0.3799	0.1779	-0.0298	-0.0573	0.2055	0.0076	0.2401	21.8774	-3.0508	21.6402
3	2.0413	2.7632	-3.5125	5.2522	-2.8527	7.2871	0.0827	0.253	-0.7283	0.0671	0.0715	0.1748	0.1522	-0.1089	-0.0107	0.2256	0.0157	-0.0502	0.1506	-0.039	0.3066	13.9111	-8.7478	25.4814
4	0.405	1.1236	-0.0591	3.1393	-0.133	-0.0055	-0.069	-0.1345	-2.4713	0.7244	0.1437	0.4087	2.0585	-0.208	0.0763	0.6309	0.0211	-0.048	0.5478	0.0136	0.8347	9.4309	-18.6612	27.8146
5	2.0707	-2.5628	2.5291	3.2735	-0.984	3.6017	0.0969	0.2649	0.4368	0.0709	-0.357	0.1682	0.2181	0.3352	0.1628	0.1555	0.0057	-0.0203	0.1337	-0.0434	0.1506	10.5286	-4.3045	20.387
6	5.4291	0.1888	1.5778	1.9174	-1.1711	3.5934	-0.1884	0.2227	-0.0363	-0.1844	0.1051	0.033	0.3384	-0.2025	0.0171	0.1649	-0.0759	0.0206	0.1504	-0.003	0.0837	-8.3792	-8.0522	16.1374
7	4.8239	-2.2474	0.1951	3.455	-1.5985	4.0316	0.2688	0.4778	-0.029	-0.6463	-0.1346	0.1611	0.3595	0.4004	-0.1924	0.2657	-0.0482	-0.0451	0.0912	-0.0237	0.1972	-7.0651	-8.1533	10.2441
8	3.9771	0.126	-1.326	3.7951	-1.6345	6.4934	0.6328	0.2963	-0.2264	-0.4483	0.181	0.5707	0.472	-1.118	-0.2367	-0.3124	-0.1992	-0.0607	0.5191	0.1589	0.4029	-23.3003	-7.8738	16.8247
9	2.0013	-4.1526	0.7871	6.4818	2.739	5.9009	0.3563	0.8478	0.3148	-0.6738	0.1955	-0.2213	0.0566	-0.0638	-0.2951	0.3306	-0.0383	-0.0835	0.2298	-0.0024	0.1813	-9.0159	-8.5392	7.0304
10	4.4103	-0.8051	-0.1448	2.3086	-0.0352	3.9025	0.0586	0.444	0.1209	-0.3084	0.0983	-0.0647	0.3078	-0.0637	-0.1186	0.2741	-0.0051	-0.0287	0.158	0.0483	0.2172	-6.443	-8.0263	12.4414
11	5.7723	-0.9626	-1.8032	0.1117	0.2853	0.5721	0.0794	-0.5914	-0.3625	0.3595	0.1654	-0.4653	0.4088	0.0183	0.0908	-0.4047	-0.3012	0.5398	0.4216	-0.0556	-0.055	27.0115	-32.3398	23.3703
12	3.2167	-0.9798	3.8473	7.5454	-5.1118	8.9485	-0.0235	0.281	0.1795	-0.2696	-0.0283	0.231	-0.0999	0.6169	0.1618	0.1781	-0.1044	0.0382	0.2451	-0.0622	0.309	33.263	-29.1919	13.5849
13	0.9676	1.2838	0.4369	1.7807	0.483	0.0131	-0.1162	0.3024	-0.0121	-0.1289	0.0608	-0.0566	0.118	0.0111	0.1026	0.1802	-0.0673	0.0373	0.1792	0.0183	0.2017	42.1743	-23.5798	22.3051
14	6.9716	1.3822	1.866	4.5812	-1.2409	2.8097	-0.1473	0.6377	0.2253	0.1329	0.0709	-0.1456	-0.0357	0.2765	0.0118	0.1678	-0.0513	0.0368	0.2264	-0.003	0.1224	36.8146	-29.2037	16.9437
15	3.9856	0.7514	1.6463	0.083	0.3122	1.2625	0.1956	-1.105	-0.1789	0.1132	-0.2275	0.4904	0.1429	-0.6177	0.0528	0.2333	-0.0427	0.017	0.3588	-0.0958	0.3703	12.4533	-31.7991	15.898
16	7.1294	-1.3512	0.3524	3.953	0.3511	0.9471	-0.0153	0.8797	0.0986	-0.1556	-0.1747	-0.0449	-0.2416	-0.0006	0.0367	0.4035	0.0537	-0.072	0.3185	-0.0738	0.2274	20.3631	-27.3838	5.4937
17	8.7578	-1.072	4.8701	2.007	-3.1867	3.3256	0.0831	0.2073	-0.9961	0.1658	-0.297	0.3679	0.5693	-0.0944	0.075	0.2903	-0.0956	0.0296	0.5556	-0.2161	0.4357	3.9323	-37.2889	8.2537
18	3.8548	0.5616	0.839	2.6722	-2.4682	4.1323	-0.2562	0.1032	0.1222	-0.1068	0.3483	0.2641	-0.2012	-0.0773	0.0543	0.3418	-0.0183	-0.0863	0.3505	-0.1291	0.2271	17.0019	-26.0696	7.8734
19	4.2987	0.4696	-0.986	0.7939	0.5585	1.6419	-0.6321	0.9945	-0.8003	-0.812	0.1341	-0.0284	0.6566	0.0734	0.3868	0.4582	0.047	0.088	0.5126	-0.1216	0.2843	28.1224	-36.2705	6.415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 125:145)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 146:155)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 156:162)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 163:170)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 171:181)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 182:209)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 210:221)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 222:232)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 233:238)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 239:257)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 124:132)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 133:145)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 146:162)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 163:181)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 182:198)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 199:221)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 222:232)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 233:257)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C'

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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