登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iur |
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タイトル | crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide |
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要素 | - Histone H3.2, H3(1-15)K9me3
- SHH1 SAWADEE
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キーワード | GENE REGULATION / tandem tudor / zinc finger / H3K9me3 / mediate interaction / histone / methylation |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
chromocenter / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region ...chromocenter / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol類似検索 - 分子機能 SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 ...SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / SH3 type barrels. / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta類似検索 - ドメイン・相同性 CYMAL-4 / Histone H3.1 / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_plant.gif) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å |
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データ登録者 | Patel, D.J. / Du, J. |
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1. 著者: Law, J.A. / Du, J. / Hale, C.J. / Feng, S. / Krajewski, K. / Palanca, A.M. / Strahl, B.D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E. |
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履歴 | 登録 | 2013年1月21日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2013年5月1日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2013年5月15日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2013年7月10日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2023年9月20日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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