PDB-4iuq: crystal structure of SHH1 SAWADEE domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iuq

タイトル

crystal structure of SHH1 SAWADEE domain

要素

SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

キーワード

GENE REGULATION / tandem tudor / zinc finger / mediate interaction / histone

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / chromatin binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.809 Å

データ登録者

Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1.
著者: Law, J.A. / Du, J. / Hale, C.J. / Feng, S. / Krajewski, K. / Palanca, A.M. / Strahl, B.D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2013年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月15日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iuq.cif.gz	124.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iuq.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iuq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iuq_validation.pdf.gz	838.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iuq_full_validation.pdf.gz	848.1 KB	表示
XML形式データ	4iuq_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	4iuq_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iupSC 4iurC 4iutC 4iuuC 4iuvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iuv-1 4iur-2 4iur-1 4iut-1 4iup-1 4iuu-2 4iuu-1 4iut-2 3bwz-d 1fse-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

ヘテロ分子

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.708, 117.691, 53.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1 / Uncharacterized protein 分子量: 15780.645 Da / 分子数: 2 / 断片: SHH1 SAWADEE domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: F9L1.16, At1g15215, AT1G15215 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9XI47
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CVM / CYMAL-4 / 4-CYCLOHEXYLBUTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-シクロヘキシルブチルβ-マルトシド分子量: 480.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₄₀O₁₁

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2819 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
放射	モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 16108 / Num. obs: 16076 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1593 / R_sym value: 0.412 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IUP

4iup

解像度: 2.809→40.067 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2611	420	4.87 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.2038	16030	98.74 %	-
all	-	16810	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 12.237 Å² / k_sol: 0.304 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1694 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7714 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.398 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.809→40.067 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2152	0	68	0	2220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.692	3055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.566	876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8093-2.9853	0.3592	132	0.2933	2393	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9853-3.2157	0.3327	148	0.2348	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2157-3.5391	0.22	135	0.2152	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5391-4.0508	0.2659	111	0.1873	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0508-5.1019	0.2461	126	0.1569	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1019-40.0714	0.234	128	0.2059	2570	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3091	0.0381	-0.0045	0.609	-0.0147	0.0083	-0.1281	0.1939	0.0573	-0.0241	0.1401	0.072	-0.0258	0.0881	-0.1983	0.2351	-0.1263	0.0222	0.3267	0.1247	0.1296	12.3524	26.3378	4.5629
2	0.6109	-0.1463	0.7292	0.0987	-0.3469	1.3341	-0.1143	-0.143	0.0583	0.1298	0.0381	0.1656	-0.0799	-0.2914	-0.1338	0.1316	-0.0311	0.0618	0.1897	-0.0331	0.3213	4.4947	20.1306	8.7257
3	0.4733	-0.0823	-0.365	0.0511	0.0044	0.3353	-0.3593	-0.1393	-0.0411	0.2814	-0.1796	-0.0532	0.1629	0.2802	0.0083	0.2792	0.0347	-0.008	0.2366	-0.0235	0.2176	12.9833	21.4208	23.6851
4	0.3	0.0665	0.2051	0.1218	0.0184	0.1595	-0.0011	-0.0239	0.0068	0.121	-0.2757	0.1595	0.0359	-0.3478	0.0349	0.0167	-0.0141	-0.0351	0.5202	-0.086	0.2071	4.9063	25.708	14.1108
5	0.252	0.2375	-0.0422	1.3722	-0.17	0.9215	0.117	0.1053	0.2381	0.2368	-0.2466	-0.2886	0.0705	0.1121	0.0342	0.1673	-0.0343	0.0516	0.2911	-0.0062	0.2538	10.6915	20.605	12.5467
6	0.5972	-0.2577	-0.8404	0.1322	0.1424	3.1187	0.1093	0.0476	-0.0314	-0.2634	-0.1725	0.0829	-0.2499	-0.0668	-0.1267	0.2136	0.019	-0.0205	0.079	0.081	0.3177	10.8796	23.3377	-6.4245
7	0.6468	0.4853	-0.1008	0.4069	-0.2767	1.1163	-0.2254	0.2027	-0.3015	-0.0185	0.2375	-0.2019	0.4264	0.3387	0.1356	0.3433	0.1103	-0.011	0.2526	-0.0097	0.2741	15.9065	15.5167	-12.6615
8	0.0029	-0.0209	-0.0389	0.2446	0.382	0.5978	-0.2209	-0.0666	-0.0668	0.3921	-0.3705	0.6943	0.0968	-0.4982	-0.5616	0.0396	-0.2922	-0.0114	-0.165	-0.1951	0.5567	-0.1144	12.4557	-2.0338
9	0.4279	0.2117	-0.3069	0.8786	-0.2769	1.3911	-0.1599	0.2063	-0.3954	-0.2665	-0.0768	0.0262	0.6528	0.0537	0.0279	0.3887	0.0429	-0.0131	0.1788	0.0069	0.293	8.2384	11.5448	-11.9841
10	0.3951	0.2947	-0.1714	0.216	-0.1275	0.0754	0.0809	0.0815	-0.4587	-0.1519	0.1541	0.0246	0.0612	-0.0011	-0.0801	0.6261	-0.3959	0.078	-0.0898	-0.0179	0.3588	5.2757	5.3369	-2.7775
11	0.1161	-0.2201	0.2891	0.9141	-0.009	1.3209	0.1134	-0.0849	0.0174	-0.0955	0.1424	0.0204	-0.0274	0.1639	0.0873	0.101	0.0468	0.0408	0.3269	-0.0066	0.1962	10.9903	18.1613	-6.6562
12	0.2418	-0.173	0.2145	0.6779	0.1037	0.4667	0.0486	-0.0713	-0.1663	-0.0666	0.162	0.0818	-0.1436	-0.0407	-0.0193	0.2	0.0204	-0.0218	0.1511	0.0012	0.1894	-11.1399	19.3613	36.8662
13	0.3874	0.3211	-0.0807	0.6285	0.2298	0.7304	0.1363	0.0919	-0.0647	0.529	0.1735	-0.0644	0.5753	-0.0874	-0.0087	0.2617	-0.0362	-0.0705	0.2025	0.0112	0.1797	-16.7398	16.3387	42.3093
14	0.5643	-0.0862	0.0231	0.4525	0.5725	1.3836	-0.1322	0.2694	0.2441	-0.0504	-0.0849	0.1922	-0.4042	0.0278	-0.0226	0.1621	0.0221	-0.0131	0.2218	0.0099	0.1618	-12.6242	17.4499	23.0494
15	0.2683	0.1267	0.0577	0.4656	-0.2597	0.5886	-0.2033	-0.0324	-0.1678	0.2128	0.1213	-0.256	0.8568	0.3316	0.1001	0.5558	0.0524	-0.0015	0.1801	-0.0454	0.2617	-14.6942	2.9854	25.657
16	0.9641	-0.0623	-0.2277	0.2257	-0.0259	0.1381	0.0902	0.1694	-0.0637	-0.4197	-0.0831	-0.0016	0.4916	-0.1308	0.0664	0.3962	0.0201	-0.0665	0.2746	-0.0248	0.2619	-15.8171	7.6658	12.4101
17	1.2743	0.2836	-0.0758	0.7363	-0.8257	1.3105	-0.1928	-0.1379	-0.3218	-0.1387	-0.3119	-0.4592	0.2031	0.1547	-0.0911	0.3242	0.0559	0.0024	0.1657	-0.0955	0.2945	-7.8935	3.1828	19.2829
18	0.3859	-0.2915	0.0639	0.4328	-0.0022	0.455	0.0862	0.5371	0.1503	-0.0702	0.0479	0.026	-0.0833	-0.4706	-0.0073	0.2632	-0.0243	-0.0083	0.3524	-0.038	0.2915	-15.5545	14.1328	18.4283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resseq 125:132)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 133:145)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 146:155)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 156:169)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 170:181)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 182:187)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 188:198)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 199:209)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 210:238)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 239:248)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 249:257)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 124:155)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 156:170)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 171:198)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resseq 199:209)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resseq 210:232)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resseq 233:248)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resseq 249:257)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)