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- PDB-4iuq: crystal structure of SHH1 SAWADEE domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iuq
タイトルcrystal structure of SHH1 SAWADEE domain
要素SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
キーワードGENE REGULATION / tandem tudor / zinc finger / mediate interaction / histone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory ncRNA-mediated gene silencing / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / chromatin binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYMAL-4 / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.809 Å
データ登録者Du, J. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / : 2013
タイトル: Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1.
著者: Law, J.A. / Du, J. / Hale, C.J. / Feng, S. / Krajewski, K. / Palanca, A.M. / Strahl, B.D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.
履歴
登録2013年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6536
ポリマ-31,5612
非ポリマー1,0924
00
1
B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3273
ポリマ-15,7811
非ポリマー5462
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3273
ポリマ-15,7811
非ポリマー5462
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.708, 117.691, 53.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1 / Uncharacterized protein


分子量: 15780.645 Da / 分子数: 2 / 断片: SHH1 SAWADEE domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F9L1.16, At1g15215, AT1G15215 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9XI47
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-CVM / CYMAL-4 / 4-CYCLOHEXYLBUTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-シクロヘキシルブチルβ-マルトシド


分子量: 480.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C22H40O11

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2819 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
放射モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 16108 / Num. obs: 16076 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1593 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IUP
解像度: 2.809→40.067 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 420 4.87 %RANDOM
Rwork0.2008 ---
obs0.2038 16030 98.74 %-
all-16810 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.237 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1694 Å20 Å20 Å2
2---0.7714 Å20 Å2
3----5.398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.809→40.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2152 0 68 0 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6923055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.566876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8093-2.98530.35921320.29332393X-RAY DIFFRACTION94
2.9853-3.21570.33271480.23482562X-RAY DIFFRACTION100
3.2157-3.53910.221350.21522555X-RAY DIFFRACTION100
3.5391-4.05080.26591110.18732600X-RAY DIFFRACTION100
4.0508-5.10190.24611260.15692570X-RAY DIFFRACTION100
5.1019-40.07140.2341280.20592570X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30910.0381-0.00450.609-0.01470.0083-0.12810.19390.0573-0.02410.14010.072-0.02580.0881-0.19830.2351-0.12630.02220.32670.12470.129612.352426.33784.5629
20.6109-0.14630.72920.0987-0.34691.3341-0.1143-0.1430.05830.12980.03810.1656-0.0799-0.2914-0.13380.1316-0.03110.06180.1897-0.03310.32134.494720.13068.7257
30.4733-0.0823-0.3650.05110.00440.3353-0.3593-0.1393-0.04110.2814-0.1796-0.05320.16290.28020.00830.27920.0347-0.0080.2366-0.02350.217612.983321.420823.6851
40.30.06650.20510.12180.01840.1595-0.0011-0.02390.00680.121-0.27570.15950.0359-0.34780.03490.0167-0.0141-0.03510.5202-0.0860.20714.906325.70814.1108
50.2520.2375-0.04221.3722-0.170.92150.1170.10530.23810.2368-0.2466-0.28860.07050.11210.03420.1673-0.03430.05160.2911-0.00620.253810.691520.60512.5467
60.5972-0.2577-0.84040.13220.14243.11870.10930.0476-0.0314-0.2634-0.17250.0829-0.2499-0.0668-0.12670.21360.019-0.02050.0790.0810.317710.879623.3377-6.4245
70.64680.4853-0.10080.4069-0.27671.1163-0.22540.2027-0.3015-0.01850.2375-0.20190.42640.33870.13560.34330.1103-0.0110.2526-0.00970.274115.906515.5167-12.6615
80.0029-0.0209-0.03890.24460.3820.5978-0.2209-0.0666-0.06680.3921-0.37050.69430.0968-0.4982-0.56160.0396-0.2922-0.0114-0.165-0.19510.5567-0.114412.4557-2.0338
90.42790.2117-0.30690.8786-0.27691.3911-0.15990.2063-0.3954-0.2665-0.07680.02620.65280.05370.02790.38870.0429-0.01310.17880.00690.2938.238411.5448-11.9841
100.39510.2947-0.17140.216-0.12750.07540.08090.0815-0.4587-0.15190.15410.02460.0612-0.0011-0.08010.6261-0.39590.078-0.0898-0.01790.35885.27575.3369-2.7775
110.1161-0.22010.28910.9141-0.0091.32090.1134-0.08490.0174-0.09550.14240.0204-0.02740.16390.08730.1010.04680.04080.3269-0.00660.196210.990318.1613-6.6562
120.2418-0.1730.21450.67790.10370.46670.0486-0.0713-0.1663-0.06660.1620.0818-0.1436-0.0407-0.01930.20.0204-0.02180.15110.00120.1894-11.139919.361336.8662
130.38740.3211-0.08070.62850.22980.73040.13630.0919-0.06470.5290.1735-0.06440.5753-0.0874-0.00870.2617-0.0362-0.07050.20250.01120.1797-16.739816.338742.3093
140.5643-0.08620.02310.45250.57251.3836-0.13220.26940.2441-0.0504-0.08490.1922-0.40420.0278-0.02260.16210.0221-0.01310.22180.00990.1618-12.624217.449923.0494
150.26830.12670.05770.4656-0.25970.5886-0.2033-0.0324-0.16780.21280.1213-0.2560.85680.33160.10010.55580.0524-0.00150.1801-0.04540.2617-14.69422.985425.657
160.9641-0.0623-0.22770.2257-0.02590.13810.09020.1694-0.0637-0.4197-0.0831-0.00160.4916-0.13080.06640.39620.0201-0.06650.2746-0.02480.2619-15.81717.665812.4101
171.27430.2836-0.07580.7363-0.82571.3105-0.1928-0.1379-0.3218-0.1387-0.3119-0.45920.20310.1547-0.09110.32420.05590.00240.1657-0.09550.2945-7.89353.182819.2829
180.3859-0.29150.06390.4328-0.00220.4550.08620.53710.1503-0.07020.04790.026-0.0833-0.4706-0.00730.2632-0.0243-0.00830.3524-0.0380.2915-15.554514.132818.4283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 125:132)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 133:145)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 146:155)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 156:169)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 170:181)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 182:187)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 188:198)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 199:209)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 210:238)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 239:248)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 249:257)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 124:155)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resseq 156:170)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resseq 171:198)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resseq 199:209)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resseq 210:232)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resseq 233:248)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resseq 249:257)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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