PDB-4iuh: Crystal structure of NreA of Staphylococcus carnosus with bound iodide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iuh

タイトル

Crystal structure of NreA of Staphylococcus carnosus with bound iodide

要素

NreA protein

キーワード

Nitrate-binding protein / GAF domain / Nitrate sensor / Staphylococcus / Nitrate binding / Iodide / Cytosolic

機能・相同性

GAF domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / IODIDE ION / NreA protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus carnosus subsp. carnosus TM300 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1971 Å

データ登録者

Stehle, T. / Niemann, V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The NreA Protein Functions as a Nitrate Receptor in the Staphylococcal Nitrate Regulation System.
著者: Niemann, V. / Koch-Singenstreu, M. / Neu, A. / Nilkens, S. / Gotz, F. / Unden, G. / Stehle, T.

履歴

登録	2013年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iuh.cif.gz	124.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iuh.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iuh_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iuh_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	4iuh_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	4iuh_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iukC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iuk-1 4iuk-2 6sym-2 1qn0-d 6y16-2 6k2h-d 4lmd-2 4wj7-3 5lnm-d 7ber-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NreA protein

B: NreA protein

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NreA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NreA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.490, 85.490, 91.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NreA protein 分子量: 18854.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus carnosus subsp. carnosus TM300 (バクテリア) 株: TM300 / 遺伝子: nreA, Sca_1890, SCA_1890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9DL91
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12.5 % (w/v) PEG 1.000, 12.5 % (w/v) PEG 3350, 12.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, ...詳細: 12.5 % (w/v) PEG 1.000, 12.5 % (w/v) PEG 3350, 12.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5 % (w/v) PEG 1.000, 12.5 % (w/v) PEG 3350, 12.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.92
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	0.92
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	3	0.92

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2011年3月12日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2011年3月12日
ADSC QUANTUM 315r	3	CCD	2011年3月12日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Single crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Single crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	Single crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.197→40.351 Å / Num. obs: 22412 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度: 2.197→2.56 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BsxCuBE		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1971→40.351 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	1633	4.99 %
R_work	0.2025	-	-
obs	0.2049	32750	99.2 %
all	-	32751	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1971→40.351 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2196	0	2	117	2315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2242
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	3036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.918	834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	393

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1971-2.2617	0.3717	137	0.3259	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2617-2.3347	0.3205	136	0.2948	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3347-2.4182	0.2951	135	0.2708	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4182-2.515	0.3171	139	0.2361	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.515-2.6294	0.2715	139	0.2302	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6294-2.768	0.2532	142	0.2432	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.768-2.9414	0.3284	135	0.2209	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9414-3.1684	0.2291	129	0.2104	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1684-3.4871	0.2042	138	0.1852	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4871-3.9913	0.1998	131	0.169	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9913-5.0271	0.2226	138	0.1506	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0271-40.3577	0.2459	134	0.1809	2549	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6117	0.9691	0.3336	4.5713	-0.3071	4.9603	0.0622	0.074	0.106	0.1163	-0.0155	-0.4259	-0.1696	0.1658	-0.0539	0.083	-0.0989	-0.0277	0.1676	0.0459	0.0964	-28.2219	13.348	-10.3726
2	3.6893	0.6486	-0.2599	3.5831	-0.1548	3.6673	0.0214	-0.1138	-0.4813	-0.0544	-0.0904	-0.2617	0.3804	-0.2704	-0.037	0.1454	0.0501	0.0186	0.1045	0.0188	0.1622	-38.4637	-19.1435	-32.092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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