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- PDB-4itq: Crystal structure of hypothetical protein SCO1480 bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4itq
タイトルCrystal structure of hypothetical protein SCO1480 bound to DNA
要素
  • 5'-D(P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*G)-3'
  • Putative uncharacterized protein SCO1480
キーワードGENE REGULATION / STRUCTURAL PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / H2TH motif / nucleoid-associated protein / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / chromosome condensation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / S13-like H2TH domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Integration host factor
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Guarne, A. / Nanji, T. / Gloyd, M. / Swiercz, J.P. / Elliot, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: A novel nucleoid-associated protein specific to the actinobacteria.
著者: Swiercz, J.P. / Nanji, T. / Gloyd, M. / Guarne, A. / Elliot, M.A.
履歴
登録2013年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein SCO1480
B: 5'-D(P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5743
ポリマ－16,5743
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.420, 71.782, 102.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein SCO1480 / sIHF


分子量: 11717.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: protein is MSE-labeled
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: SCO1480 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) pRare / 参照: UniProt: Q9KXR9
#2: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2388.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*G)-3'


分子量: 2468.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE ORIGINAL SEQUENCE OF THE DNA DUPLEX INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION DROPS IS: 5' ...THE ORIGINAL SEQUENCE OF THE DNA DUPLEX INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION DROPS IS: 5' GAGGGAGTGCGTGGGTCTGA 3'/5' CTCAGACCCACGCACTCCCT 3'. THE DUPLEX WAS PARTLY DISORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE (PROBABLY BECAUSE THE PROTEIN BINDS DNA UNSPECIFICALLY AND COULD BIND ALL ALONG THE DUPLEX). AS A RESULT ONLY 8 BP ARE VISIBLE IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE DENSITY COULD NOT BE ASSIGNED TO ANY PARTICULAR SEQUENCE OF THE 19 BP DUPLEX AND HENCE THE ELECTRON DENSITY WAS MODELED BASED ON THE RELATIVE SIZE OF THE NUCLEOTIDE MOIETY (USING GUANOSINE FOR "PURINE-LIKE" DENSITIES AND CYTOSINE FOR "PYRIMIDINE-LIKE" DENSITIES).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 19% PEG 3350, 210 mM KSCN, 5% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 5202 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.6-2.644.60.5391.4462194.7
7.05-506.50.02666.44801100
5.6-7.056.50.04847.54911100
4.89-5.66.80.0448.14751100
4.45-4.896.30.04642.14831100
4.13-4.456.80.04444.94711100
3.88-4.136.10.04541.74881100
3.69-3.886.60.06128.64691100
3.53-3.696.60.05728.54771100
3.39-3.536.60.04134.74761100
3.28-3.395.80.04925475199.8
3.17-3.286.20.04322.94751100
3.08-3.176.40.05614.94801100
3-3.086.20.1886.14731100
2.93-35.70.2664.64971100
2.86-2.935.90.3543.44721100
2.8-2.8660.33.44621100
2.74-2.86.10.4662.54921100
2.69-2.745.80.4632.3478199
2.64-2.695.10.5561.7449198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.439 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 447 9.69 %random
Rwork0.2617 ---
obs0.2672 4613 98.91 %-
all-4664 --
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.37 Å2 / ksol: 0.265 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.9819 Å2-0 Å2-0 Å2
2---13.1865 Å2-0 Å2
3----18.3995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 328 0 6 992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7891464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.447421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7001-3.09040.41791410.36791349134998
3.0904-3.89220.32761490.24281362136299
3.8922-29.44040.29031570.250114551455100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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