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- PDB-4is6: Crystal structure of HLA-DR4 bound to GP100 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4is6
タイトルCrystal structure of HLA-DR4 bound to GP100 peptide
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain
  • Melanocyte protein PMEL
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class II / HLA-DR4 / Gp100
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / melanin biosynthetic process ...cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / melanin biosynthetic process / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / melanosome membrane / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / multivesicular body, internal vesicle / melanosome organization / multivesicular body membrane / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of kinase activity / intermediate filament / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / T-helper 1 type immune response / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / epidermis development / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / melanosome / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / cell surface / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Melanocyte protein PMEL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, Y.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structure-Based Design of Altered MHC Class II-Restricted Peptide Ligands with Heterogeneous Immunogenicity.
著者: Chen, S. / Li, Y. / Depontieu, F.R. / McMiller, T.L. / English, A.M. / Shabanowitz, J. / Kos, F. / Sidney, J. / Sette, A. / Rosenberg, S.A. / Hunt, D.F. / Mariuzza, R.A. / Topalian, S.L.
履歴
登録2013年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain
C: Melanocyte protein PMEL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7833
ポリマ－45,7833
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.290, 117.590, 41.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA-DR4A / MHC class II antigen DRA


分子量: 21155.904 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain / HLA-DR4B / MHC class II antigen DRB1*4 / DR-4 / DR4


分子量: 22520.021 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13760, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Melanocyte protein PMEL / ME20-M / ME20M / Melanocyte protein Pmel 17 / Melanocytes lineage-specific antigen GP100 / Melanoma- ...ME20-M / ME20M / Melanocyte protein Pmel 17 / Melanocytes lineage-specific antigen GP100 / Melanoma-associated ME20 antigen / P1 / P100 / Premelanosome protein / Silver locus protein homolog


分子量: 2107.284 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-59 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40967
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG8000, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.502 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 14968 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5410.60.3375510.945171.2
2.54-2.5910.30.2865700.969172.9
2.59-2.6410.40.2896040.999176.6
2.64-2.6910.30.2796510.937181.2
2.69-2.7510.10.2356570.971183.8
2.75-2.829.80.1956950.972187.5
2.82-2.899.60.1757390.991195.4
2.89-2.969.40.1657871.039198.3
2.96-3.059.70.1537611.04198.4
3.05-3.159.60.1388141.1199.5
3.15-3.269.60.1097871.067199.7
3.26-3.399.60.0937891.08199.9
3.39-3.559.70.0768111.012199.8
3.55-3.739.60.0688021.018199.9
3.73-3.979.60.0677991.062199.8
3.97-4.279.50.068131.098199.8
4.27-4.79.40.0558191.023199.8
4.7-5.389.40.058150.869199
5.38-6.7690.0518260.948198.2
6.76-309.20.0398781.007196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.727 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 1470 9.1 %
Rwork0.265 --
obs-14952 93 %
溶媒の処理Bsol: 14.0886 Å2
原子変位パラメータBiso max: 109.3 Å2 / Biso mean: 64.7056 Å2 / Biso min: 31.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.931 Å20 Å20 Å2
2---30.529 Å20 Å2
3---59.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 0 11 3149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.530.5279300.3985336366
2.53-2.560.3618350.3776373408
2.56-2.590.429400.3859350390
2.59-2.630.4635370.4258394431
2.63-2.660.4611380.4347382420
2.66-2.70.4455560.4382385441
2.7-2.740.4211460.4271412458
2.74-2.780.4156540.395414468
2.78-2.830.3654460.3879447493
2.83-2.880.4911400.4341463503
2.88-2.930.3872520.4446501553
2.93-2.990.3431420.4296497539
2.99-3.050.3924430.37487530
3.05-3.110.3522500.3642495545
3.11-3.190.3742580.3458498556
3.19-3.270.354550.3271490545
3.27-3.350.4053590.2764492551
3.35-3.450.2799480.276504552
3.45-3.560.2585480.2718507555
3.56-3.690.3349440.263502546
3.69-3.840.3386570.2461505562
3.84-4.010.3155590.2357482541
4.01-4.220.2128670.2087503570
4.22-4.490.2248590.172496555
4.49-4.830.2057600.1477494554
4.83-5.320.2163610.1904523584
5.32-6.080.2612610.247500561
6.08-7.640.3844560.2389511567
7.64-300.216690.18539608
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION3gol.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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