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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ip8 | ||||||
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タイトル | Structure of human serum amyloid A1 | ||||||
![]() | Serum amyloid A-1 protein | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / secondary amyloid / four-helix bundle / main constituent of secondary amyloid / Toll like receptor / human serum | ||||||
機能・相同性 | ![]() Scavenging by Class B Receptors / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 production / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / macrophage chemotaxis / regulation of protein secretion / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling ...Scavenging by Class B Receptors / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 production / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / macrophage chemotaxis / regulation of protein secretion / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / positive regulation of cell adhesion / endocytic vesicle lumen / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of inflammatory response / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / platelet activation / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Amyloid fiber formation / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, J. / Sun, P.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of serum amyloid A-mediated inflammatory amyloidosis. 著者: Lu, J. / Yu, Y. / Zhu, I. / Cheng, Y. / Sun, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11830.892 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-P4C / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M Hepes, 6% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 23335 / Num. obs: 22939 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.3 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1413 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 92.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.6 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.193→46.754 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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