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- PDB-4ip8: Structure of human serum amyloid A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ip8
タイトルStructure of human serum amyloid A1
要素Serum amyloid A-1 protein
キーワードPROTEIN BINDING / secondary amyloid / four-helix bundle / main constituent of secondary amyloid / Toll like receptor / human serum
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging by Class B Receptors / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 production / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / macrophage chemotaxis / regulation of protein secretion / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling ...Scavenging by Class B Receptors / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 production / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / macrophage chemotaxis / regulation of protein secretion / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / positive regulation of cell adhesion / endocytic vesicle lumen / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of inflammatory response / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / platelet activation / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Amyloid fiber formation / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / Serum amyloid A-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.193 Å
データ登録者Lu, J. / Sun, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural mechanism of serum amyloid A-mediated inflammatory amyloidosis.
著者: Lu, J. / Yu, Y. / Zhu, I. / Cheng, Y. / Sun, P.D.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum amyloid A-1 protein
B: Serum amyloid A-1 protein
C: Serum amyloid A-1 protein
D: Serum amyloid A-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,27619
ポリマ－47,3244
非ポリマー3,95215
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.591, 128.419, 50.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

21B-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Serum amyloid A-1 protein / SAA / Amyloid protein A / Amyloid fibril protein AA / Serum amyloid protein A(2-104) / Serum ...SAA / Amyloid protein A / Amyloid fibril protein AA / Serum amyloid protein A(2-104) / Serum amyloid protein A(3-104) / Serum amyloid protein A(2-103) / Serum amyloid protein A(2-102) / Serum amyloid protein A(4-101)


分子量: 11830.892 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DJI8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M Hepes, 6% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 23335 / Num. obs: 22939 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.19→2.3 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1413 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.193→46.754 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 1183 5.17 %Random
Rwork0.2038 ---
obs0.2065 22904 97.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.6 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4086 Å2-0 Å20 Å2
2---11.7118 Å2-0 Å2
3---14.1204 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.193→46.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3348 0 110 101 3559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6654728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4421297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1934-2.29320.33531280.26152597X-RAY DIFFRACTION94
2.2932-2.41410.31921280.23272658X-RAY DIFFRACTION98
2.4141-2.56540.31221590.20882670X-RAY DIFFRACTION98
2.5654-2.76340.33671330.22352709X-RAY DIFFRACTION98
2.7634-3.04150.27921570.21842692X-RAY DIFFRACTION98
3.0415-3.48140.27281570.21482735X-RAY DIFFRACTION99
3.4814-4.38570.23181570.17322766X-RAY DIFFRACTION99
4.3857-46.76450.19491640.19362894X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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