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万見
- PDB-4io7: Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4io7
タイトルCrystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex with phenylalanine at 1.9 Angstrom resolution
要素AvGluR1 ligand binding domain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / GPCR, family 3 / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / GPCR, family 3 / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Glutamate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Adineta vaga (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Lomash, S. / Chittori, S. / Mayer, M.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
著者: Lomash, S. / Chittori, S. / Brown, P. / Mayer, M.L.
履歴
登録2013年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvGluR1 ligand binding domain
B: AvGluR1 ligand binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4578
ポリマ－54,9852
非ポリマー4726
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.499, 100.235, 56.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AvGluR1 ligand binding domain


分子量: 27492.455 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 457-567; 680-812 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Adineta vaga (無脊椎動物) / プラスミド: pet22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: E9P5T5
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE ...THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (457-567 AND 680-812)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15.5% PEG 3350, 0.05 M NaCitrate, 0.1 M, BisTris Propane 0.05 M Phenylalanine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→30 Å / Num. all: 42897 / Num. obs: 42897 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.92-1.953.80.72.61100
1.95-1.993.80.542.91100
1.99-2.033.80.433.61100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4IO2

4io2


解像度: 1.92→29.535 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1868 1337 3.15 %Random
Rwork0.1552 ---
obs0.1563 42385 99.99 %-
all-42385 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 28 291 4131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2845477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4141513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.98860.21251360.19074079X-RAY DIFFRACTION100
1.9886-2.06820.22511280.17214083X-RAY DIFFRACTION100
2.0682-2.16230.20251260.15714105X-RAY DIFFRACTION100
2.1623-2.27630.22641310.154103X-RAY DIFFRACTION100
2.2763-2.41880.16691300.14974090X-RAY DIFFRACTION100
2.4188-2.60550.18571230.15454108X-RAY DIFFRACTION100
2.6055-2.86750.17951350.15674103X-RAY DIFFRACTION100
2.8675-3.2820.1721440.15744119X-RAY DIFFRACTION100
3.282-4.13310.17421320.14334101X-RAY DIFFRACTION100
4.1331-29.5390.19031520.15774157X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4193-0.15820.70521.76491.42431.26590.0610.0259-0.0648-0.21530.01120.18150.0406-0.1336-0.11940.2001-0.0498-0.05350.21790.00360.0772-5.982239.1825-16.2405
22.2994-1.43892.26973.2737-3.39133.87060.121.42460.5011-0.9479-0.05160.0958-0.8812-0.01330.17871.0717-0.2123-0.15390.91820.04040.3884-3.09544.7686-33.7249
31.81840.6206-0.39921.984-0.1280.8188-0.00870.06070.072-0.17140.075-0.0308-0.01450.0509-0.05680.1234-0.0033-0.00610.1036-0.01250.07980.609346.2958-9.1905
42.4033-0.1153-0.70672.93050.21260.99890.11050.13420.2987-0.18070.0846-0.2604-0.20370.0521-0.16480.1842-0.0280.06710.1788-0.02280.230610.402158.5221-9.9781
51.7397-0.1307-0.54413.53380.13242.3224-0.0154-0.0075-0.116-0.00730.04250.15860.1961-0.0557-0.03260.127-0.0218-0.02570.12150.00390.0702-2.438434.3197-4.5265
63.79435.0814-1.30746.9779-1.2532.02180.0724-0.3111-0.35070.1943-0.1018-1.10380.28420.52070.33590.212-0.03330.08910.3164-0.07820.320615.842539.1664-16.956
72.89320.5087-0.45961.75730.14781.53650.2093-0.41020.03160.396-0.12040.06220.0653-0.0535-0.0140.2692-0.0029-0.02290.2625-0.05560.1243-0.54236.817525.302
86.9826-0.72780.32192.34640.81711.09980.0851-0.56950.96360.37780.0737-0.1055-0.56650.0180.01820.26120.03220.03360.1859-0.06650.17110.535445.521720.0977
91.5673-0.3771-0.13932.2301-0.01310.8419-0.0534-0.089-0.07710.12570.0767-0.15590.1090.1019-0.01920.16150.0005-0.02660.1255-0.01450.09475.399827.949611.2356
104.2755-0.40840.53643.2815-0.1762.3563-0.2119-0.4967-0.62820.07590.0166-0.26610.03870.23330.15810.23140.05650.02540.21860.07510.301713.715616.930611.4329
112.5269-0.8328-0.69022.66020.22791.1424-0.1019-0.25920.29250.17570.1502-0.49530.11380.1678-0.02520.14750.0159-0.03590.1739-0.05950.13839.843232.162410.801
122.6161-0.68782.43351.98-0.79562.7575-0.01490.31190.14930.2120.0363-0.4693-0.13610.45220.02250.1596-0.0252-0.01320.2093-0.07870.21638.534545.391112.8746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:26)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 27:36)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 37:126)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 127:203)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 204:237)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 238:248)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:37)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 38:53)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 54:127)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 128:176)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 177:219)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 220:248)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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