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- PDB-4io6: Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4io6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex with methionine at 1.6 Angstrom resolution | ||||||
![]() | AvGluR1 ligand binding domain | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() kainate selective glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lomash, S. / Chittori, S. / Mayer, M.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels. Authors: Lomash, S. / Chittori, S. / Brown, P. / Mayer, M.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 303.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 252.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4io2SC ![]() 4io3C ![]() 4io4C ![]() 4io5C ![]() 4io7C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27492.455 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 457-567; 680-812 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE ...THE PROTEIN CRYSTALLIZ | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 3350, 0.05 M NaCitrate, 0.1 M, BisTris Propane 10 mM Methionine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 8, 2012 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→30 Å / Num. all: 73025 / Num. obs: 73025 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 26.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IO2 Resolution: 1.6→29.508 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→29.508 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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