PDB-4io3: Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4io3

タイトル

Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex with aspartate at 1.66 Angstrom resolution

要素

AvGluR1 ligand binding domain

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Adineta vaga (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Lomash, S. / Chittori, S. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
著者: Lomash, S. / Chittori, S. / Brown, P. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2013年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4io3.cif.gz	294.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4io3.ent.gz	245.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4io3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4io2SC 4io4C 4io5C 4io6C 4io7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4io2-d 4io5-d 4io4-d 4io6-d 1mk2-1 4up2-1 1mki-d 4jrq-2 5cmb-d 4io7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (5) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (3) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AvGluR1 ligand binding domain

B: AvGluR1 ligand binding domain

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.132, 100.364, 56.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AvGluR1 ligand binding domain 分子量: 27492.455 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 457-567; 680-812 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Adineta vaga (無脊椎動物) / プラスミド: pet22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: E9P5T5
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE ...THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (457-567 AND 680-812)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 22.5% PEG 3350, 0.1 M NaCitrate, 0.1 M BisTris Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→40 Å / Num. obs: 65127 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1039)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4IO2

4io2

解像度: 1.66→35.76 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	2076	3.19 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.157	65127	99.5 %
all	-	65142	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→35.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3768	0	22	435	4225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268	5349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.739	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	622
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6588-1.6974	0.2701	140	0.2198	3867	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6974-1.7398	0.2197	145	0.2036	4221	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7398-1.7869	0.2334	118	0.1986	4246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7869-1.8395	0.2007	148	0.1824	4197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8395-1.8988	0.2383	139	0.1684	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8988-1.9667	0.1972	148	0.1697	4200	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-2.0454	0.1987	134	0.1605	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0454-2.1385	0.1974	134	0.1452	4174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1385-2.2512	0.173	128	0.1389	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2512-2.3923	0.1728	129	0.1437	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.5769	0.1547	137	0.1534	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5769-2.8361	0.195	140	0.1603	4219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-3.2463	0.1859	142	0.1582	4226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2463-4.0891	0.1638	140	0.1476	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0891-35.7657	0.1542	154	0.1506	4276	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8406	0.0923	0.604	1.3105	0.7567	0.914	-0.0068	-0.028	0.0886	-0.2822	0.0255	0.147	-0.0858	-0.1365	0.0186	0.2013	-0.0436	-0.0296	0.1788	-0.0017	0.0138	-5.787	39.6503	-17.7757
2	1.4553	0.3893	-0.2738	1.6762	0.1355	0.742	-0.015	0.0437	0.0722	-0.1879	0.1193	-0.0846	-0.0824	0.0419	-0.0607	0.1199	-0.0217	-0.0022	0.0845	-0.0208	0.0707	1.6499	47.647	-9.3047
3	1.3643	-0.3324	-0.3817	1.8581	0.0522	0.6177	0.0463	0.0231	0.3337	-0.138	0.1263	-0.2542	-0.083	0.089	-0.0445	0.1494	-0.0578	0.0727	0.1298	-0.0563	0.2009	10.5944	58.0365	-10.2487
4	0.5247	0.258	-0.1115	1.8319	-0.0142	1.4105	-0.0458	-0.1199	-0.1205	-0.1794	0.1001	-0.0761	0.0651	0.1558	0.0066	0.085	-0.0128	0.0121	0.085	-0.0249	0.0565	2.0406	36.141	-7.6073
5	1.7356	0.8449	-0.0071	1.5719	0.3929	2.0089	0.0508	-0.3388	0.0394	0.4467	0.0243	0.1271	0.0405	-0.0373	-0.041	0.185	0.0625	0.0012	0.1543	-0.0117	0.0408	-1.6506	35.4348	19.5441
6	1.9486	-0.8762	-0.13	0.979	-0.0426	0.5611	0.0949	-0.0616	-0.1157	0.0236	0.0339	-0.3152	0.0382	0.0557	-0.0632	0.1062	0.025	-0.0305	0.1077	-0.0329	0.212	11.4867	29.0879	8.1785
7	2.0035	-0.5193	0.1074	2.8184	0.308	0.7612	-0.1213	-0.1555	-0.1709	0.0514	0.0789	-0.2325	0.0823	0.0743	0.0171	0.1006	0.0461	-0.0271	0.1324	-0.0107	0.181	16.0746	20.6839	10.4473
8	0.5686	-0.1615	0.2039	1.7065	0.0782	1.1747	-0.0241	-0.0404	0.1304	0.2022	0.1122	-0.1076	-0.0803	0.1126	-0.0072	0.085	0.0222	-0.0105	0.1332	-0.0466	0.0797	3.4321	41.9743	11.3873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:35)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 36:130)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 131:202)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 203:248)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:93)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 94:117)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 118:203)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 204:248)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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