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万見
- PDB-4inw: Structure of Pheromone-binding protein 1 in complex with (11Z,13Z... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4inw
タイトルStructure of Pheromone-binding protein 1 in complex with (11Z,13Z)-hexadecadienal
要素Pheromone-binding protein 1
キーワードpheromone-binding protein / Amyelois transitella / pheromone / navel orangeworm moth / AtraPBP1 / pH-dependent binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Odorant/pheromone binding protein, Lepidoptera / Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(11Z,13Z)-hexadeca-11,13-dienal / Pheromone-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Amyelois transitella (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者di Luccio, E. / Wilson, D.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Observation of pH-Induced Conformational Changes in the Amyelois transitella Pheromone-Binding Protein AtraPBP1.
著者: di Luccio, E. / Ishida, Y. / Leal, W.S. / Wilson, D.K.
履歴
登録2013年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pheromone-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1042
ポリマ－15,8671
非ポリマー2361
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.455, 57.455, 93.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Pheromone-binding protein 1


分子量: 15867.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amyelois transitella (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0E9M1
#2: 化合物 ChemComp-1EY / (11Z,13Z)-hexadeca-11,13-dienal / (11Z,13Z)-11,13-ヘキサデカジエナ-ル


分子量: 236.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: Purified AtraPBP1 was crystallized at room temperature by the hanging drop vapor diffusion method. Drops composed of 1ul protein solution (30 mg/ml) and 1ul of the precipitant solution were ...詳細: Purified AtraPBP1 was crystallized at room temperature by the hanging drop vapor diffusion method. Drops composed of 1ul protein solution (30 mg/ml) and 1ul of the precipitant solution were suspended over a reservoir containing the precipitant solution (1.6 M sodium citrate pH 6.5). Crystals used in data collection were transferred into Paratone-N oil and flash-cooled in a stream of liquid nitrogen at 110 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→28.72 Å / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 29.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.7 Å28.73 Å
Translation1.7 Å28.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER1.3.1位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.14→28.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 1.384 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2326 4 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.161 57779 93.9 %-
all-55453 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0.57 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→28.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 17 179 1299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.9771578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0745148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78126.07851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6715225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.136153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2870.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4771.5720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.58121161
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3193453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.4814.5415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.13411173
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.14→1.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 136 -
Rwork0.24 3368 -
obs--84.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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