[日本語] English
万見
- PDB-4kg0: Crystal structure of the drosophila melanogaster neuralized-nhr1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kg0
タイトルCrystal structure of the drosophila melanogaster neuralized-nhr1 domain
要素Protein neuralized
キーワードENDOCYTOSIS / MAINLY BETA / JELLY-ROLL LIKE TOPOLOGY / DEVELOPMENTAL PROTEIN / DIFFERENTIATION / DNA-BINDING / METAL-BINDING / NEUROGENESIS / NUCLEUS / ZINC-FINGER / METAL BINDING PROTEIN / Neuralized Homology repeat / Notch signalling / Bearded family of proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of photoreceptor cell differentiation / regulation of compound eye photoreceptor development / negative regulation of lamellocyte differentiation / sensory organ precursor cell fate determination / neuroblast fate determination / compound eye development / asymmetric cell division / ventral cord development / imaginal disc-derived wing morphogenesis / phosphatidylinositol phosphate binding ...regulation of photoreceptor cell differentiation / regulation of compound eye photoreceptor development / negative regulation of lamellocyte differentiation / sensory organ precursor cell fate determination / neuroblast fate determination / compound eye development / asymmetric cell division / ventral cord development / imaginal disc-derived wing morphogenesis / phosphatidylinositol phosphate binding / sensory organ development / germ-line stem cell population maintenance / peripheral nervous system development / positive regulation of Notch signaling pathway / mesoderm development / positive regulation of endocytosis / long-term memory / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / intracellular protein localization / nervous system development / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neuralized homology repeat (NHR) domain / Neuralized / Neuralized / Neuralized homology repeat (NHR) domain profile. / NEUZ / SPRY domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / B30.2/SPRY domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. ...Neuralized homology repeat (NHR) domain / Neuralized / Neuralized / Neuralized homology repeat (NHR) domain profile. / NEUZ / SPRY domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / B30.2/SPRY domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein neuralized
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gupta, D. / Ehebauer, M.T. / Chirgadze, D.Y. / Bolanos-Garcia, V.M. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Advances in Enzyme Research / 年: 2013
タイトル: Crystal structure, biochemical and biophysical characterisation of NHR1 domain of E3 Ubiquitin ligase neutralized
著者: Gupta, D. / Beaufils, S. / Vie, V. / Paboeuf, G. / Broadhurst, B. / Schweisguth, F. / Blundell, T.L. / Bolanos-Garcia, V.M.
履歴
登録2013年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein neuralized
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2082
ポリマ－19,1831
非ポリマー241
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.280, 89.280, 36.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 Protein neuralized


分子量: 19183.467 Da / 分子数: 1 / 断片: NHR 1 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: ISOFORM 2 / 遺伝子: CG11988, neu, neur / プラスミド: PRSF-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P29503
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.4M MAGNESIUM NITRATE, 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93, 0.95370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.931
20.95371
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 10026 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YUE

2yue


解像度: 2.1→38.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.104 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 480 4.8 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.166 9516 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 1 110 1334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9371737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9145162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.07523.7761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0215193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.399158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.291
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.10.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4440.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.555807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.46561271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9215537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5667.5464
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 25 -
Rwork0.19 695 -
obs--98.63 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る