PDB-4in2: Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4in2

タイトル

Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition in Norwalk Virus

要素

C-like protease

キーワード

HYDROLASE / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Prasad, B.V.V. / Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate specificity and protease inhibition in norwalk virus.
著者: Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2013年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4in2.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4in2.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4in2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4in2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4in2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imqC 4imzC 4in1C 4inhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qus-d 6lbu-d 4esj-1 2g36-d 5jka-d 5zql-2 3gm1-d 3coi-d 6ed6-2 1qut-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: C-like protease

B: C-like protease

39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: C-like protease

B: C-like protease

ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.582, 97.582, 270.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	C-like protease / Genome polyprotein 分子量: 19576.535 Da / 分子数: 2 / 断片: norwalk virus protease (unp residues 1100-1281) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6-1.8 M lithium sulfate and 0.1 M sodium cacodylate, 30% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月30日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 30866 / Num. obs: 30866 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.401→48.791 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1490	4.99 %
R_work	0.1879	-	-
obs	0.1892	29836	97.11 %
all	-	30866	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.423 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.8227 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.8227 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-13.6454 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.401→48.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2562	0	0	130	2692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	3558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.851	927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4015-2.479	0.2617	112	0.2247	2427	X-RAY DIFFRACTION	93
2.479-2.5676	0.2838	120	0.2292	2407	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5676-2.6704	0.2739	125	0.2178	2424	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6704-2.7919	0.2576	136	0.2122	2513	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7919-2.9391	0.2574	144	0.1989	2519	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9391-3.1232	0.2313	146	0.1982	2559	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1232-3.3642	0.2396	139	0.1877	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3642-3.7027	0.1957	133	0.1629	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7027-4.2382	0.1701	152	0.1524	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2382-5.3387	0.1531	141	0.1433	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3387-48.801	0.246	142	0.2438	2915	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9503	0.1941	0.7692	0.7138	-0.0373	0.6837	-0.1313	0.2926	-0.0443	-0.3082	-0.1452	-0.0494	0.013	0.2378	0.0075	0.3284	0.1387	0.1094	0.3122	-0.0103	0.3129	10.4341	35.0852	21.2071
2	0.1221	-0.004	-0.2261	0.4454	-0.0984	0.4232	0.1157	0.1117	0.0712	-0.2217	-0.0352	-0.1725	-0.0785	0.2117	-0.0074	0.322	0.0711	0.0448	0.2756	0.0381	0.2839	8.2965	49.12	21.2316
3	0.3768	-0.0164	0.4155	0.4221	-0.3744	0.7847	0.3161	0.1425	0.0748	-0.176	0.0466	0.3194	-0.0755	-0.2568	-0.1264	0.2915	0.0965	0.0255	0.1869	0.0306	0.2461	0.5058	51.7114	21.8089
4	1.8054	-0.545	0.9707	0.4154	-0.2376	0.5374	-0.2159	0.4643	-0.1362	-0.3327	-0.3067	0.0394	-0.0262	-0.0875	0.0226	0.5571	0.1923	0.0907	0.4698	-0.043	0.257	6.0486	43.1194	10.5642
5	0.3967	-0.0732	-0.0227	0.4711	0.0523	0.9242	-0.0291	0.2096	-0.1775	-0.215	0.0277	-0.0423	0.1802	0.016	-0.0496	0.4855	0.0485	0.0584	0.481	-0.0217	0.423	-4.8128	35.3938	27.0965
6	0.8096	0.0482	-0.2071	0.6807	-0.6229	0.685	-0.1542	-0.075	0.077	0.0564	-0.0951	-0.4461	0.1798	0.3031	-0.1791	0.4699	0.2628	0.1548	0.2306	0.0203	0.3806	12.8727	34.7077	29.6754
7	0.2988	-0.0974	-0.1207	0.2884	0.022	0.5744	-0.3222	-0.2055	-0.1376	0.4529	0.1696	0.0196	0.1825	-0.0005	0.0427	0.3638	0.1325	0.0773	0.3312	0.0623	0.3315	3.9209	39.7427	37.3498
8	1.3056	-0.4774	-0.197	0.4206	-0.3187	0.922	-0.0712	-0.3232	-0.4566	0.3629	0.0295	0.1296	0.9386	-0.1355	-0.0629	0.4421	0.066	0.0757	0.2493	0.0617	0.3217	2.3647	35.3741	31.6772
9	0.3281	-0.2771	-0.1241	0.6102	0.5105	0.4873	0.1302	0.4449	-0.0111	-0.0505	-0.0026	0.2277	-0.0883	0.0639	-0.0253	0.1892	0.0474	0.0043	0.4535	0.0346	0.4044	-9.9691	46.272	33.7234
10	0.1313	-0.0205	0.0735	0.0734	0.0828	0.1375	-0.0787	-0.1333	0.0109	0.1462	0.0122	0.1088	-0.2584	-0.0991	-0.0366	0.5876	0.3864	0.1446	0.1118	-0.0312	0.3479	21.9786	31.1276	19.6002
11	0.8733	-0.0538	-0.7665	0.9144	-0.2638	0.8144	0.1096	-0.1824	0.2146	0.0805	0.2373	-0.171	-1.1654	0.3185	0.1504	0.792	-0.0258	0.0614	0.1567	-0.0842	0.3265	33.6336	37.4351	20.8073
12	0.6721	-0.0612	-0.31	1.3955	0.557	0.3871	0.0178	-0.2193	-0.0114	0.3726	-0.0229	-0.4229	0.0218	0.5565	-0.0655	0.5484	-0.0678	0.0234	0.3828	-0.0716	0.3283	40.1803	33.2725	21.3527
13	0.197	-0.2164	-0.3514	0.223	0.3849	0.6322	-0.052	-0.3156	0.1264	0.2797	0.0462	0.1354	-0.4058	0.1196	-0.472	0.666	0.214	0.1857	0.3593	-0.0902	0.2243	28.6204	30.1157	30.6575
14	0.2472	-0.0667	0.0987	0.6923	0.0313	2.0892	-0.0022	-0.0321	-0.2681	0.1193	-0.0158	0.2746	0.1751	-0.4838	0.0906	0.3347	0.0144	0.0498	0.1818	-0.0718	0.2819	31.7555	19.4499	12.1163
15	2.003	0.3138	0.0747	0.0688	-0.1051	1.2024	0.1374	0.2781	0.6764	0.007	-0.0044	0.117	-0.6863	-0.2394	-0.1181	0.5002	0.1416	0.1502	0.3599	0.0147	0.375	19.9351	33.0485	10.5745
16	1.4844	-0.1248	-0.3284	0.3546	0.095	0.445	0.1682	0.537	0.1745	-0.106	-0.0966	-0.0848	-0.4818	-0.0271	-0.1278	0.4344	0.0737	0.0883	0.3307	-0.0452	0.3531	32.2506	28.8516	3.3929
17	1.744	1.1949	-0.3692	1.7329	0.2174	1.7859	0.0075	0.4955	-0.5349	-0.3497	0.2123	-0.3542	-0.5303	-0.2729	-0.0708	0.427	0.0639	0.0697	0.3727	-0.0194	0.3254	34.0676	26.8022	1.7548
18	1.1266	1.3243	-0.2455	1.7893	-0.5222	0.3737	0.0317	0.0172	-0.3024	0.4873	-0.0797	-0.3149	-0.4573	-0.1875	-0.1435	0.4317	0.1637	0.0556	0.2389	-0.0161	0.2399	24.9085	27.0861	9.9867
19	0.2892	0.1444	0.1596	0.6468	0.1119	0.4413	0.0339	0.0163	0.022	-0.2628	0.0347	0.1384	-0.1172	0.1534	-0.0132	0.4344	0.067	0.038	0.2065	-0.009	0.2402	33.5201	25.3684	4.9806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 0:12 )	A	0 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 13:43 )	A	13 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 44:59 )	A	44 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 60:69 )	A	60 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 70:81 )	A	70 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 82:93 )	A	82 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 94:141 )	A	94 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 142:170 )	A	142 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 171:179 )	A	171 - 179
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 1:12 )	B	1 - 12
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 13:43 )	B	13 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 44:60 )	B	44 - 60
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 61:70 )	B	61 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 71:81 )	B	71 - 81
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 82:93 )	B	82 - 93
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 94:112 )	B	94 - 112
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 113:121 )	B	113 - 121
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 122:149 )	B	122 - 149
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 150:181 )	B	150 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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