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- PDB-5zql: crystal structure of human katanin AAA ATPase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zql
タイトルcrystal structure of human katanin AAA ATPase domain
要素Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
キーワードHYDROLASE / Katanin p60 / AAA ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / microtubule severing / mitotic spindle pole / cytoplasmic microtubule organization / spindle / spindle pole / microtubule cytoskeleton / midbody ...katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / microtubule severing / mitotic spindle pole / cytoplasmic microtubule organization / spindle / spindle pole / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / microtubule / protein heterodimerization activity / cell division / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Vps4 oligomerisation, C-terminal / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...: / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Vps4 oligomerisation, C-terminal / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.007 Å
データ登録者Kim, E.E. / Shin, S.C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
韓国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and Molecular Basis for Katanin-Mediated Severing of Glutamylated Microtubules.
著者: Shin, S.C. / Im, S.K. / Jang, E.H. / Jin, K.S. / Hur, E.M. / Kim, E.E.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
A: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1302
ポリマ－70,1302
非ポリマー00
水00
1
B: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0651
ポリマ－35,0651
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0651
ポリマ－35,0651
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.810, 97.810, 72.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Katanin p60 ATPase-containing subunit A1 / Katanin p60 subunit A1 / p60 katanin


分子量: 35065.215 Da / 分子数: 2 / 断片: katanin AAA ATPase domain / 変異: E309Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KATNA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75449, EC: 3.6.4.3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.3 M Lithium citrate acetate pH6.0 20% (v/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 13831 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 13831 / CC1/2: 0.055 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 0.294 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
MOLREP位相決定
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 3B9P

3b9p


解像度: 3.007→37.481 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 33.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2852 526 4.95 %
Rwork0.2746 --
obs0.2752 10621 76.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.007→37.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 0 0 0 4065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1715549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7371581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0065-3.30890.3205440.3028830X-RAY DIFFRACTION25
3.3089-3.78730.34161450.30682776X-RAY DIFFRACTION85
3.7873-4.77010.28961500.26193206X-RAY DIFFRACTION98
4.7701-37.48440.25791870.26623283X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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