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- PDB-4imy: The AFF4 scaffold binds human P-TEFb adjacent to HIV Tat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4imy
タイトルThe AFF4 scaffold binds human P-TEFb adjacent to HIV Tat
要素
  • AF4/FMR2 family member 4
  • Cyclin-T1
  • Cyclin-dependent kinase 9
キーワードTRANSFERASE / Transcriptional CDK9-CycT1 complex / phosphorylated / intrinsically disordered AFF4 / regulation of transcription elongation / Ser/Thr kinase / phosphorylation of PolII-CTD / DSIF / and NELF / HIV-1 Tat / Host-virus interaction / phosphoprotein / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


super elongation complex / P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity ...super elongation complex / P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription elongation factor activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / host-mediated activation of viral transcription / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cytokine stimulus / spermatid development / replication fork processing / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / regulation of DNA repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / molecular condensate scaffold activity / transcription coactivator binding / euchromatin / PML body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / fibrillar center / kinase activity / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / protein kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / nuclear body / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2670 / AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain / : / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2670 / AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain / : / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Helix non-globular / Special / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Cyclin-T1 / Cyclin-dependent kinase 9 / AF4/FMR2 family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Alber, T. / Schulze-Gahmen, U.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: The AFF4 scaffold binds human P-TEFb adjacent to HIV Tat.
著者: Schulze-Gahmen, U. / Upton, H. / Birnberg, A. / Bao, K. / Chou, S. / Krogan, N.J. / Zhou, Q. / Alber, T.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
C: Cyclin-dependent kinase 9
D: Cyclin-T1
E: Cyclin-dependent kinase 9
F: Cyclin-T1
G: AF4/FMR2 family member 4
H: AF4/FMR2 family member 4
I: AF4/FMR2 family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,94712
ポリマ－232,9059
非ポリマー1,0423
水34219
1
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
G: AF4/FMR2 family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9824
ポリマ－77,6353
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
2
C: Cyclin-dependent kinase 9
D: Cyclin-T1
H: AF4/FMR2 family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9824
ポリマ－77,6353
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28870 Å2
手法PISA
3
E: Cyclin-dependent kinase 9
F: Cyclin-T1
I: AF4/FMR2 family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9824
ポリマ－77,6353
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.691, 126.298, 195.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
33

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 8:23 or resseq 33: 87 or...
211chain 'C' and (resseq 8:23 or resseq 33: 87 or...
311chain 'E' and (resseq 8:23 or resseq 33: 49 or...
112chain 'B' and (resseq 8:215 or resseq 218:252 ) and (not element H)
212chain 'D' and (resseq 7:255 ) and (not element H)
312chain 'F' and (resseq 8:215 or resseq 218:255 ) and (not element H)
113chain 'G' and (resseq 35:65 ) and (not element H)
213chain 'H' and (resseq 39:65 ) and (not element H)
313chain 'I' and (resseq 35:65 ) and (not element H)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 9 / C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / ...C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE / Tat-associated kinase complex catalytic subunit


分子量: 38226.309 Da / 分子数: 3 / 断片: 1-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9, CDC2L4, TAK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-T1 / CycT1 / Cyclin-T


分子量: 30618.959 Da / 分子数: 3 / 断片: 1-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60563
#3: タンパク質 AF4/FMR2 family member 4 / ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor- ...ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor-associated protein


分子量: 8789.776 Da / 分子数: 3 / 断片: 2-73 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFF4, AF5Q31, MCEF, HSPC092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB7
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 16% PEG 3350, 0.1% Gly-Phe, 0.1% Gly-Tyr, 0.1% Leu-Gly-Gly. Microseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月9日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 54164 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.94→2.99 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MI9

3mi9


解像度: 2.94→48.76 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 2000 3.7 %
Rwork0.207 --
obs0.209 54118 99.7 %
all-54118 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14496 0 69 19 14584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66620225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.175540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022562
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2373X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C373X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
13E2291X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
21B956X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1956X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
23F1956X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
31G189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32H189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
33I219X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9309-3.00420.35971360.29943522X-RAY DIFFRACTION96
3.0042-3.08540.3731400.29113690X-RAY DIFFRACTION100
3.0854-3.17610.34571420.28343680X-RAY DIFFRACTION100
3.1761-3.27860.3111410.27373695X-RAY DIFFRACTION100
3.2786-3.39580.28351420.25873693X-RAY DIFFRACTION100
3.3958-3.53170.28481430.23793697X-RAY DIFFRACTION100
3.5317-3.69240.29021420.2253703X-RAY DIFFRACTION100
3.6924-3.8870.27021420.21783723X-RAY DIFFRACTION100
3.887-4.13040.24351430.19523703X-RAY DIFFRACTION100
4.1304-4.44910.20651420.1743736X-RAY DIFFRACTION100
4.4491-4.89650.22211450.16593755X-RAY DIFFRACTION100
4.8965-5.60410.22841440.18293773X-RAY DIFFRACTION100
5.6041-7.05720.25031470.21733807X-RAY DIFFRACTION100
7.0572-48.76350.20531510.19623941X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.56260.2149-2.46130.226-0.96114.54720.2632-0.46610.18520.3786-0.3696-0.2861-0.6160.51470.0590.9809-0.16910.16540.5757-0.01191.015322.91148.062744.118
24.1389-2.36312.78652.0433-1.04492.89060.13040.20510.2084-0.1618-0.3341-0.24160.54520.15030.14580.7414-0.04960.27920.4525-0.03790.86636.00276.38441.904
33.6179-1.01711.51555.3068-0.50375.6475-0.0174-0.47140.62270.56210.09370.29840.1302-0.2576-0.03350.6795-0.13010.27950.6159-0.17840.9425-9.450214.570349.6188
46.62810.6545-2.38534.9951-0.89667.75640.565-1.0654-0.30430.8074-0.7369-0.5096-0.54851.14950.1470.8608-0.4102-0.02171.00240.2070.892929.3816-7.082864.0977
51.55641.9028-0.92556.4605-0.49743.1750.3701-0.6496-0.38180.3799-0.5304-0.2288-0.2140.69020.14250.5906-0.12050.00670.84180.20810.991220.2588-16.463366.5084
66.1764-3.12772.7095.9989-6.84399.07290.4118-0.0309-0.554-0.50120.39230.78380.35830.028-0.61970.76630.04180.07460.4428-0.04330.685410.864542.536963.9887
74.13310.7329-1.43173.3038-1.61135.03360.11860.31970.4219-0.14580.08220.0365-0.5640.2788-0.1970.7414-0.03970.1670.7204-0.04120.650227.200946.609859.1512
84.12440.0766-1.93474.1734-1.27538.1141-0.09250.0362-0.2251-0.0650.3101-0.53550.1790.9009-0.19590.6125-0.08930.15020.9286-0.21210.815842.509937.062853.3899
93.70071.4037-1.71464.20262.95424.3520.32160.19480.9331.52440.6980.5062-1.436-0.7552-1.28061.22640.2550.17071.05570.29011.15726.109548.893890.627
104.59310.82110.83346.3467-1.83956.15590.1785-0.1924-0.96830.42720.46090.45091.0941-0.498-0.47470.8915-0.01010.01720.49010.20430.863510.556528.511385.33
115.13661.32460.04825.2072-1.30417.36210.1749-0.8130.43140.9852-0.2846-0.5462-1.61981.15580.03421.0897-0.19220.02870.7915-0.02460.637726.250144.418198.9456
125.44564.8134-3.6524.8149-4.95017.6325-0.9367-0.5990.6629-0.73720.36520.08730.0913-0.99650.48070.94270.22650.08151.2734-0.09591.1009-2.55420.1696105.0887
137.2762-2.0079-0.33612.64041.09840.5007-0.06430.20550.39630.11140.00940.73570.0277-1.13920.21281.1640.19810.02671.23010.13630.80910.60870.4653103.5292
145.11523.12343.59824.84291.38855.2553-0.3131-0.13210.0513-0.16410.1423-0.0023-0.2979-0.67550.19620.56360.04320.11980.5857-0.01760.489716.2015-0.172111.4071
154.6074-0.21280.07644.34641.31315.0979-0.06970.6998-0.2588-0.65850.1795-1.5297-0.35060.5737-0.11570.9227-0.15360.3750.7435-0.09141.29534.83461.0426105.8201
163.8756-0.7408-1.89864.3301-1.03273.7955-0.003-0.0672-0.3281-0.19370.12010.12030.3553-1.0947-0.11660.7374-0.3467-0.11081.21790.06090.5405-3.7026-25.8892101.2172
173.7452-2.08251.92465.1281-2.27173.10470.4272-0.4973-0.406-0.1223-0.0415-0.29040.8524-0.4698-0.34820.8745-0.3639-0.22591.18330.13450.63288.057-36.8617119.3716
184.08062.8975-0.99314.12222.85578.7156-1.0757-0.6136-1.83330.77021.02461.2505-1.18251.37130.51160.8337-0.06730.3540.61650.32121.29627.144-34.835573.5282
194.3746-4.3046-0.54649.6002-3.5373.1625-0.1244-1.1344-3.4703-0.11930.05723.86812.56560.47990.12541.7457-0.0567-0.311.33530.76572.454423.96-33.263375.2731
202.72432.6906-0.92233.0249-1.70852.23720.1625-1.9182.15971.1696-1.0175-0.70110.69671.54511.12061.3468-0.4532-0.24451.56970.21591.19617.764-24.579383.3039
211.33060.78240.05791.6350.93610.6844-2.6991-0.76621.3031-0.31990.76390.1661.0460.6621.3331.75070.0126-0.52191.70890.56321.403438.290545.7008110.7471
223.5983-2.9271-0.00785.7096-3.82984.4988-1.512-4.11952.58813.32382.5017-2.81390.63041.24-1.18761.62210.3077-0.27031.3377-0.38571.552222.568641.1258113.4154
232.92821.99815.00782.67452.64312.0004-0.9618-0.16080.51722.41290.6698-0.62493.51663.8980.40041.20770.23160.2091.57860.18080.852629.238730.3778109.5443
242.80862.9368-1.3634.1581-0.78129.4457-1.0487-2.5074-2.14-2.0855-0.1177-0.75330.05710.67621.09421.1747-0.09480.03451.16390.21681.254217.0117-49.1775126.1919
253.51390.62462.20173.08081.06012.67440.55240.3113-1.67521.18560.0392-0.09081.64730.10250.04871.506-0.5731-0.69670.6006-0.1250.95456.4625-51.1819115.1379
264.69571.19431.54715.2496-2.73926.1190.2532-1.33841.75031.4180.5387-0.3179-0.08020.4382-0.92041.3233-0.41560.2031.3509-0.63511.583944.31259.957264.5045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 8:72)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 73:180)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 181:330)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 8:112)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 113:257)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 8:72)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 73:180)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 181:330)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resseq 7:30)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 31:143)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 144:257)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resseq 8:32)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resseq 33:60)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resseq 61:180)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resseq 181:330)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resseq 8:143)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resseq 144:256)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resseq 34:46)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resseq 47:55)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resseq 56:66)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resseq 34:46)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resseq 47:56)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resseq 57:67)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resseq 34:46)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resseq 47:66)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resseq 3:21)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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