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Yorodumi- PDB-3blr: Crystal Structure of Human CDK9/cyclinT1 in complex with Flavopiridol -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3blr | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Human CDK9/cyclinT1 in complex with Flavopiridol | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / transcriptional CDK-cyclin complex / phosphorylated / Flavopiridol / Alternative splicing / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase / Transcription regulation / Transferase / Acetylation / Cell cycle / Cell division / Coiled coil / Host-virus interaction | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationP-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / regulation of muscle cell differentiation / transcription elongation factor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / regulation of muscle cell differentiation / transcription elongation factor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / host-mediated activation of viral transcription / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / RNA polymerase binding / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cytokine stimulus / replication fork processing / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / regulation of DNA repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription elongation factor complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / molecular condensate scaffold activity / PML body / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / protein phosphorylation / protein kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Baumli, S. / Lolli, G. / Lowe, E.D. / Johnson, L.N. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2008Title: The structure of P-TEFb (CDK9/cyclin T1), its complex with flavopiridol and regulation by phosphorylation Authors: Baumli, S. / Lolli, G. / Lowe, E.D. / Troiani, S. / Rusconi, L. / Bullock, A.N. / Debreczeni, J.E. / Knapp, S. / Johnson, L.N. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3blr.cif.gz | 242.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3blr.ent.gz | 197.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3blr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3blr_validation.pdf.gz | 816.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3blr_full_validation.pdf.gz | 823.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3blr_validation.xml.gz | 22 KB | Display | |
| Data in CIF | 3blr_validation.cif.gz | 29.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blr | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2ivxC ![]() 3blhSC ![]() 3blqC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38054.082 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 2-330 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CDK9 / Plasmid: pVL1392 / Production host: ![]() References: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #2: Protein | Mass: 30119.426 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 2-259 / Mutation: Q77R, E96G, F241L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CCNT1 / Plasmid: pVL1392 / Production host: ![]() | ||||||
| #3: Chemical | | #4: Chemical | ChemComp-CPB / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.15 Å3/Da / Density % sol: 70.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.1M NaK phosphate, 20% PEG 1000, 0.2M NaCl, 4mM TCEP, 0.1mM Flavopiridol , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.9765 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9765 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.8→38.378 Å / Num. all: 26960 / Num. obs: 26960 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3BLH Resolution: 2.8→36.96 Å / FOM work R set: 0.84 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ml
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| Solvent computation | Bsol: 50.12 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 223.93 Å2 / Biso mean: 89.79 Å2 / Biso min: 39.02 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→36.96 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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