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- PDB-4ilw: Complex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ilw
タイトルComplex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd) with tissue inhibitor of metalloproteinases-2 (TIMP-2)
要素
  • Metalloproteinase inhibitor 2
  • Stromelysin-2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Metzincin / OB-fold / Metalloproteinase / Protease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stromelysin 2 / negative regulation of metallopeptidase activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / peptidase inhibitor activity / metalloendopeptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...stromelysin 2 / negative regulation of metallopeptidase activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / peptidase inhibitor activity / metalloendopeptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / response to hormone / response to cytokine / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1 / Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1 / Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Netrin domain ...Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1 / Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1 / Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromelysin-2 / Metalloproteinase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Batra, J. / Soares, A.S. / Radisky, E.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Matrix Metalloproteinase-10/TIMP-2 Structure and Analyses Define Conserved Core Interactions and Diverse Exosite Interactions in MMP/TIMP Complexes.
著者: Batra, J. / Soares, A.S. / Mehner, C. / Radisky, E.S.
履歴
登録2013年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metalloproteinase inhibitor 2
B: Metalloproteinase inhibitor 2
D: Stromelysin-2
F: Stromelysin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,20914
ポリマ－80,7074
非ポリマー50210
水2,882160
1
A: Metalloproteinase inhibitor 2
D: Stromelysin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6057
ポリマ－40,3542
非ポリマー2515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
2
B: Metalloproteinase inhibitor 2
F: Stromelysin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6057
ポリマ－40,3542
非ポリマー2515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.687, 56.934, 82.592
Angle α, β, γ (deg.)76.14, 79.84, 71.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12D
22F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSALAALAAA1 - 1821 - 182
21CYSCYSALAALABB1 - 1821 - 182
12METMETGLYGLYDC105 - 2637 - 165
22METMETGLYGLYFD105 - 2637 - 165

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Metalloproteinase inhibitor 2 / CSC-21K / Tissue inhibitor of metalloproteinases 2 / TIMP-2


分子量: 21783.039 Da / 分子数: 2 / 断片: Tissue inhibitor of metalloproteinases-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMP2 / プラスミド: pTT/TIMP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16035
#2: タンパク質 Stromelysin-2 / SL-2 / Matrix metalloproteinase-10 / MMP-10 / Transin-2


分子量: 18570.561 Da / 分子数: 2 / 断片: Matrix metalloproteinase-10 catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP-10, MMP10, STMY2 / プラスミド: MMP-10cd cDNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09238, stromelysin 2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % (w/v) PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 35606 / Num. obs: 35606 / % possible obs: 97.66 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V96, 1BR9

3v96

1br9


解像度: 2.103→40.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 7.098 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26305 1782 5 %RANDOM
Rwork0.21632 ---
obs0.21873 35606 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20.7 Å2-0.18 Å2
2---1.89 Å2-0.97 Å2
3---2.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→40.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5378 0 10 160 5548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9447544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1453.00411794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6885686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52224.375256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.36415914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2731522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021276
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101670.14
12B101670.14
21D92350.09
22F92350.09
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 133 -
Rwork0.278 2286 -
obs--90.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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