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- PDB-4ik8: High resolution structure of GCaMP3 dimer form 1 at pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ik8
タイトルHigh resolution structure of GCaMP3 dimer form 1 at pH 7.5
要素RCaMP, Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / calcium indicator / mutants / fluorescent intensity / dimerization / beta-barrel / Calmodulin
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II complex / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / : / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / : / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RCaMP / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Chen, Y. / Song, X. / Miao, L. / Zhu, Y. / Ji, G.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structural insight into enhanced calcium indicator GCaMP3 and GCaMPJ to promote further improvement.
著者: Chen, Y. / Song, X. / Ye, S. / Miao, L. / Zhu, Y. / Zhang, R.G. / Ji, G.
履歴
登録2012年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / entity ...database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.align_id ..._entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RCaMP, Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7055
ポリマ－50,5441
非ポリマー1604
水9,782543
1
A: RCaMP, Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: RCaMP, Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,40910
ポリマ－101,0892
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8050 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area35280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.340, 47.352, 66.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RCaMP, Green fluorescent protein


分子量: 50544.391 Da / 分子数: 1
変異: M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T
由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERA OF 10 EXPRESSION TAGS, RESIDUES 1-48 OF RCaMP, LINKER LE, RESIDUES 149-238 OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN, LINKER GGTGGSMV, RESIDUES 2-144 OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN, RESIDUES 284-432 OF RCaMP
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4DIE3, UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細(1) THIS CHIMERA COMPRISES OF 10 EXPRESSION TAGS, RESIDUES 1-48 OF RCaMP, LINKER LE, RESIDUES 149- ...(1) THIS CHIMERA COMPRISES OF 10 EXPRESSION TAGS, RESIDUES 1-48 OF RCaMP, LINKER LE, RESIDUES 149-238 OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN, LINKER GGTGGSMV, RESIDUES 2-144 OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN, RESIDUES 284-432 OF RCaMP (2) RESIDUE SER 222 HAS BEEN MUTATED TO GLY. RESIDUES GLY 222, TYR 223 AND GLY 224 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CRO 222

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES pH 7.5, (NH4)2SO4, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→25.603 Å / Num. all: 64979 / Num. obs: 64070 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→25.603 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 2842 5.11 %
Rwork0.179 --
all0.1891 56618 -
obs0.1806 55662 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.008 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3423 Å20 Å20.0123 Å2
2--0.2554 Å20 Å2
3---0.604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3156 0 4 543 3703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5144398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9671213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.174470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008572
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.55-1.57670.31911500.27392714100
1.5767-1.60540.32481250.26932665100
1.6054-1.63630.27431320.2392669100
1.6363-1.66970.27581510.23232637100
1.6697-1.7060.26451290.22142667100
1.706-1.74560.25931420.21672669100
1.7456-1.78930.24511210.20612659100
1.7893-1.83760.271480.19272669100
1.8376-1.89170.22431190.1834269099
1.8917-1.95270.22391390.1769264099
1.9527-2.02250.23391440.1802264299
2.0225-2.10340.21811410.1847265999
2.1034-2.19910.20891500.1729262799
2.1991-2.3150.22051580.1674265299
2.315-2.45990.20251410.1726264098
2.4599-2.64970.23071460.1769263898
2.6497-2.9160.18341700.1835262798
2.916-3.33720.18971510.1717261397
3.3372-4.20150.18511500.1533258496
4.2015-25.60690.18871350.1752245988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5297-0.9288-1.93911.63450.5383.25370.0665-0.47230.23730.13450.1743-0.0302-0.5420.1113-0.1920.2320.06010.0020.3251-0.04420.248840.769737.617144.58
21.3164-0.55230.37091.5689-1.06891.5850.12490.086-0.0906-0.15-0.040.11960.13840.0366-0.06870.1363-0.0077-0.01640.1045-0.01560.1244.47926.52410.592
31.47341.2808-1.20951.4353-0.67871.53380.1008-0.18690.15730.0072-0.04320.0835-0.22430.2288-0.03440.1865-0.03250.00450.26690.01580.173175.561534.317723.9317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 37:57)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 58:306)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 307:447)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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