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万見
- PDB-4iia: Low resolution crystal structure of the NTF2-like domain of human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iia
タイトルLow resolution crystal structure of the NTF2-like domain of human G3BP1
要素Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / NTF2-LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / positive regulation of type I interferon production / ribosomal small subunit binding / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / defense response to virus ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / positive regulation of type I interferon production / ribosomal small subunit binding / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / defense response to virus / perikaryon / endonuclease activity / DNA helicase / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / focal adhesion / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散, 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Vognsen, T. / Moeller, I.R. / Kristensen, O.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the Human G3BP1 NTF2-Like Domain Visualize FxFG Nup Repeat Specificity.
著者: Vognsen, T. / Moller, I.R. / Kristensen, O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction of the G3BP1 NTF2-like domain.
著者: Vognsen, T. / Moller, I.R. / Kristensen, O.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the Rasputin NTF2-like domain from Drosophila melanogaster.
著者: Vognsen, T. / Kristensen, O.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_source
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2802
ポリマ－15,1851
非ポリマー951
水00
1
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子

A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5604
ポリマ－30,3702
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area2690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.397, 89.397, 70.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-109-

MET

21A-201-

PO4

31A-201-

PO4

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要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15185.106 Da / 分子数: 1 / 断片: NTF2-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6 M diammonium phosphate, 0.1 M MOPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月27日
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.35 Å / Num. obs: 2719 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 121.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AutoSol位相決定
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散, 分子置換
解像度: 3.3→27.006 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 48 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3595 408 15.01 %
Rwork0.3016 --
obs0.3111 2719 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→27.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1060 0 5 0 1065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5511468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.117392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.77640.56871300.4326748X-RAY DIFFRACTION99
3.7764-4.75370.37471350.3328742X-RAY DIFFRACTION98
4.7537-27.00670.31941430.2665821X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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