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- PDB-5w90: FEZ-1 metallo-beta-lactamase from Legionella gormanii modelled wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w90
タイトルFEZ-1 metallo-beta-lactamase from Legionella gormanii modelled with unknown ligand
要素FEZ-1 protein
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / FEZ-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fluoribacter gormanii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Kahn, R. / Shabalin, I.G. / Raczynska, J.E. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Papamicael, C. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional structure of FEZ-1, a monomeric subclass B3 metallo-beta-lactamase from Fluoribacter gormanii, in native form and in complex with D-captopril.
著者: Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Papamicael, C. / Kahn, R. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Drug Resist. Updat. / 年: 2018
タイトル: A close look onto structural models and primary ligands of metallo-beta-lactamases.
著者: Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年6月20日ID: 1JT1
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FEZ-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9248
ポリマ－29,3161
非ポリマー6077
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.120, 76.775, 44.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-813-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FEZ-1 protein / Metallo-beta-lactamase L1


分子量: 29316.463 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-282 / 変異: Q248S, A282G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fluoribacter gormanii (バクテリア)
遺伝子: blaFEZ-1, Lgor_2502 / プラスミド: PDML1810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(PLYSS) / 参照: UniProt: Q9K578, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 426分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18% PEG MME5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES 7.0, 0.010MM Zn chloride, 0.0108MM D-CAPTOPRIL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.282760, 1.5418
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.282761
21.54181
反射解像度: 1.78→42.26 Å / Num. obs: 45143 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique obs: 2235 / Rsym value: 0.076 / % possible all: 61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1JT1

1jt1
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.78→38.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1626 / WRfactor Rwork: 0.1157 / FOM work R set: 0.9243 / SU B: 3.334 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.1039 / SU Rfree: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1549 2334 10.2 %RANDOM
Rwork0.1116 ---
obs0.1161 20581 91.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.37 Å2 / Biso mean: 16.538 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20.07 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→38.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 28 422 2505
Biso mean--25 27.87 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0142146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.6732908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0141.6484538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.7455.33273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57524.08693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.77415364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.491155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.6352
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 82 -
Rwork0.143 771 -
all-853 -
obs--46.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3255-1.44441.25784.0762-2.03712.9983-0.097-0.26310.00360.3906-0.0701-0.16810.0480.18150.16720.10880.0464-0.01110.12590.03320.081923.177-10.22615.183
20.8239-0.1121-0.55190.85230.21781.2954-0.0357-0.1394-0.0012-0.01280.0274-0.11170.05660.32730.00840.02920.0064-0.00530.0870.01010.021825.25-2.0637.318
319.6344-6.10036.03355.1642-3.344712.2421-0.17840.5170.71270.0688-0.2173-0.4725-0.45170.9490.39570.0625-0.06310.00720.13190.00030.086932.7416.945.744
40.497-0.0655-0.41310.4440.40082.27750.0289-0.06730.104-0.02440.0022-0.0609-0.17020.2241-0.03110.0426-0.0280.00420.0314-0.00550.036116.499.90411.173
58.48654.40874.02589.56264.947812.44650.27690.7706-0.8268-0.54930.0666-0.41680.5240.3097-0.34360.22980.0995-0.04830.1616-0.09670.156510.851-9.585-5.994
60.5163-0.1775-0.13141.0440.60090.9505-0.0012-0.04650.0066-0.0084-0.04950.0669-0.01720.04440.05060.0251-0.00530.0030.0182-0.00230.0116.4080.04713.736
76.5711-8.4485-0.540520.68342.53180.49520.08530.3115-0.4199-0.2557-0.18220.38920.06120.10510.09690.27350.00470.05840.14820.04260.12214.232-20.3453.225
81.2812-1.4388-1.90021.82672.63844.0473-0.08610.0211-0.13020.1268-0.07720.13970.2133-0.14790.16330.0497-0.00910.00560.02470.00020.0434-1.121-3.15517.743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3A104 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4A110 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5A177 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6A188 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7A247 - 255
8X-RAY DIFFRACTION8A256 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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