PDB-4ii7: Archaellum Assembly ATPase FlaI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ii7

タイトル

Archaellum Assembly ATPase FlaI

要素

FlaI ATPase

キーワード

HYDROLASE / Hexamer / ATP/ADP / cytoplasmic / membrane associated

機能・相同性

機能・相同性情報

archaeal-type flagellum / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

Reindl, S. / Williams, G.J. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Insights into FlaI Functions in Archaeal Motor Assembly and Motility from Structures, Conformations, and Genetics.
著者: Reindl, S. / Ghosh, A. / Williams, G.J. / Lassak, K. / Neiner, T. / Henche, A.L. / Albers, S.V. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2012年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ii7.cif.gz	395.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ii7.ent.gz	329.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ii7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ii7_validation.pdf.gz	464 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ii7_full_validation.pdf.gz	516.9 KB	表示
XML形式データ	4ii7_validation.xml.gz	73.2 KB	表示
CIF形式データ	4ii7_validation.cif.gz	97.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4ii7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4ii7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ihqSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oaq-1 2oap-1 4ihq-1 1xpu-d 1xpo-d 6uji-2 6wa8-d 20137 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

C: FlaI ATPase

D: FlaI ATPase

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
353 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FlaI ATPase

D: FlaI ATPase

C: FlaI ATPase

D: FlaI ATPase

C: FlaI ATPase

D: FlaI ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
353 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.018, 130.018, 311.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	FlaI ATPase / Conserved Archaeal protein 分子量: 58835.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: 1173, Saci_1173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9L0, EC: 3.6.1.4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 22% Polyvinylpyrrolidone K 15, 10 mM CoCl2, 15% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.07
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.59→49.923 Å / Num. obs: 34740 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.59→3.76 Å / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IHQ

4ihq

解像度: 3.59→49.92 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	1987	5.73 %
R_work	0.243	-	-
obs	0.246	34698	99.8 %
all	-	34731	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.59→49.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16239	0	0	0	16239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	16562
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.628	22434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.645	6276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	2561
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2860

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.59-3.6783	0.3819	141	0.3159	2304	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6783-3.7777	0.4159	146	0.3137	2323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7777-3.8888	0.3742	139	0.3159	2330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8888-4.0143	0.387	142	0.3081	2341	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0143-4.1577	0.3748	142	0.2955	2323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1577-4.3241	0.3519	138	0.2894	2369	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3241-4.5208	0.3168	141	0.262	2313	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5208-4.7589	0.294	137	0.2446	2331	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7589-5.0568	0.2989	147	0.2402	2357	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0568-5.4468	0.3098	140	0.2319	2340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4468-5.9941	0.2964	145	0.2303	2323	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9941-6.8596	0.3293	144	0.2364	2365	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8596-8.6351	0.2636	146	0.2207	2347	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6351-49.9283	0.2554	139	0.2013	2345	X-RAY DIFFRACTION	99

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