PDB-4ihq: Archaellum Assembly ATPase FlaI bound to ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ihq

タイトル

Archaellum Assembly ATPase FlaI bound to ADP

要素

FlaI ATPase

キーワード

HYDROLASE / Hexamer / ATP/ADP / membrane associated

機能・相同性

機能・相同性情報

archaeal-type flagellum / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Reindl, S. / Williams, G.J. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Insights into FlaI Functions in Archaeal Motor Assembly and Motility from Structures, Conformations, and Genetics.
著者: Reindl, S. / Ghosh, A. / Williams, G.J. / Lassak, K. / Neiner, T. / Henche, A.L. / Albers, S.V. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2012年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ihq.cif.gz	656.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ihq.ent.gz	549.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ihq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ihq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ihq_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4ihq_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	4ihq_validation.cif.gz	90.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/4ihq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/4ihq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ii7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ii7-2 4ii7-1 2oaq-1 2oap-1 1xpo-d 20137 20136 1xpu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

C: FlaI ATPase

ヘテロ分子

178 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

C: FlaI ATPase

ヘテロ分子

A: FlaI ATPase

B: FlaI ATPase

C: FlaI ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
356 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.462, 148.083, 123.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	FlaI ATPase / Conserved Archaeal protein 分子量: 58777.391 Da / 分子数: 3 / 断片: FlaI ATPase / 変異: E336A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: 1173, Saci_1173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9L0, EC: 3.6.1.4

#1: タンパク質

FlaI ATPase / Conserved Archaeal protein

分子量: 58777.391 Da / 分子数: 3 / 断片: FlaI ATPase / 変異: E336A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: 1173, Saci_1173 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9L0, EC: 3.6.1.4

-
非ポリマー , 5種, 776分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.6 詳細: 7.5% PEG 335 MME 32.5% ethylene glycol 82 mM imidazole 18 mM malate , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9797,0.9644

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月16日

放射

モノクロメーター: KHOZU DOUBLE FLAT CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9797	1
2	0.9644	1

反射

解像度: 1.584→50 Å / Num. obs: 170270 / % possible obs: 59 % / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度: 1.58→1.67 Å / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	AutoSol	モデル構築
PHENIX		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOL	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→45.99 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	7730	5.05 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.187	152953	99.7 %
all	-	153518	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12379	0	101	766	13246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	17544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.924	4955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1988
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2237

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.2909	268	0.2523	4802	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0227-2.0465	0.2656	274	0.2394	4849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.2696	268	0.2347	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.2726	248	0.2378	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2631	250	0.2236	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2503	245	0.2192	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.2444	279	0.2066	4728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.248	265	0.213	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2302	257	0.2057	4845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2691	265	0.2075	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2233	266	0.1999	4818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3712	0.2266	256	0.1945	4814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4168	0.2552	254	0.2036	4830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4168-2.4662	0.2346	255	0.2036	4854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.5198	0.2265	260	0.2006	4823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.249	244	0.209	4852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6429	0.2374	263	0.202	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.7143	0.2401	240	0.2003	4819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.7942	0.2469	278	0.2021	4843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7942-2.8843	0.2295	257	0.199	4853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-2.9874	0.2366	231	0.1961	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9874-3.107	0.2378	249	0.1976	4894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.2484	0.2179	270	0.2034	4830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2484-3.4196	0.2468	227	0.1974	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4196-3.6338	0.2164	246	0.1868	4867	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6338-3.9142	0.1983	259	0.1719	4800	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9142-4.3078	0.1846	250	0.1605	4885	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3078-4.9305	0.1769	274	0.1465	4866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9305-6.2096	0.203	290	0.1827	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2096-46.0071	0.17	242	0.165	4960	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4082	0.7919	0.2954	2.4145	-0.378	2.0594	0.2547	-0.7374	-0.4454	0.4706	0.0097	0.2623	0.5492	-0.5308	-0.2244	0.5437	-0.1436	-0.0212	0.5116	0.2332	0.4585	-2.971	182.0231	139.85
2	2.9666	0.4739	1.7746	2.2772	0.0277	3.2464	-0.1105	-0.6313	0.352	0.1081	-0.0189	0.2761	-0.4544	-0.7303	0.0739	0.2516	0.1217	0.0533	0.4478	-0.0724	0.2656	-17.3776	210.209	116.3683
3	4.5368	0.3967	-0.152	3.3947	-0.9391	2.9075	0.1681	-0.9743	-1.3188	0.1777	-0.1963	-0.343	0.672	0.4551	-0.007	0.5284	0.1661	-0.1021	0.5748	0.1167	0.7372	37.6922	175.4269	118.9557
4	3.7192	0.3794	0.3789	1.3665	-0.4568	2.3944	-0.0776	-0.3481	0.3294	0.2153	0.0123	-0.0568	-0.3201	0.0283	0.0519	0.3004	0.0179	-0.0477	0.1521	-0.0485	0.246	21.084	208.4081	131.5171
5	2.6204	-1.6144	0.3721	3.0579	-0.1565	1.7552	0.0917	0.2083	-0.1921	-0.1245	-0.0324	-0.5488	0.4922	0.7987	-0.0503	0.4873	0.2847	-0.0601	0.7721	-0.1873	0.5409	43.6897	179.9864	74.2375
6	2.1202	-0.0159	0.4163	1.1981	-0.1481	3.1282	-0.0045	0.4335	0.1188	0.0287	-0.0127	-0.2392	-0.2643	0.7968	0.0056	0.2237	-0.0988	-0.0327	0.48	0.0069	0.2926	39.367	207.4961	100.4838

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 2:228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 229:513
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 2:223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 224:513
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and resid 2:223
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resid 224:512

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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