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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4idm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / pyrroline dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase / pyrroline-5-carboxylate dehydrogeanse / pyrroline-5-carboxylic acid / dehydrogenation | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of the proline-utilization pathway in Mycobacterium tuberculosis through structural and functional studies. 著者: Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Paterson, N.G. / Berney, M. / Cook, G.M. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6||||||||
3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61556.621 Da / 分子数: 1 / 変異: G505D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: Rv1187 / 発現宿主: ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% polyethylene glycol (PEG) 1000, 12% PEG 3350, 12% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate and 0.03 M ammonium ...詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% polyethylene glycol (PEG) 1000, 12% PEG 3350, 12% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate and 0.03 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→39.78 Å / Num. all: 26403 / Num. obs: 26403 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.226 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE CONSISTS IN AN ARRANGEMENT OF ORDERED AND DISORDERED LAYERS RESULTING IN GAPS BETWEEN ORDERED MOLECULES. ALTHOUGH NO MOLECULES ARE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE CONSISTS IN AN ARRANGEMENT OF ORDERED AND DISORDERED LAYERS RESULTING IN GAPS BETWEEN ORDERED MOLECULES. ALTHOUGH NO MOLECULES ARE MODELLED WITHIN THIS EMPTY LAYER, MAD DATA FROM SEMET-PRUA CRYSTALS INDICATES THAT PROTEIN ELECTRON DENSITY EXISTS WITHING THESE GAPS AND SUGGESTS A MOTION OF THE ENTIRE LAYER.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.091 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
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