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- PDB-4id7: ACK1 kinase in complex with the inhibitor cis-3-[8-amino-1-(4-phe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4id7
タイトルACK1 kinase in complex with the inhibitor cis-3-[8-amino-1-(4-phenoxyphenyl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]cyclobutanol
要素Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding / phosphorylation ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding / phosphorylation / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / adherens junction / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / endocytosis / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1G0 / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3 Å
データ登録者Jin, M. / Wang, J. / Kleinberg, A. / Kadalbajoo, M. / Siu, K. / Cooke, A. / Bittner, M. / Yao, Y. / Thelemann, A. / Ji, Q. ...Jin, M. / Wang, J. / Kleinberg, A. / Kadalbajoo, M. / Siu, K. / Cooke, A. / Bittner, M. / Yao, Y. / Thelemann, A. / Ji, Q. / Bhagwat, S. / Crew, A.P. / Pachter, J. / Epstein, D. / Mulvihill, M.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of potent, selective and orally bioavailable imidazo[1,5-a]pyrazine derived ACK1 inhibitors.
著者: Jin, M. / Wang, J. / Kleinberg, A. / Kadalbajoo, M. / Siu, K.W. / Cooke, A. / Bittner, M.A. / Yao, Y. / Thelemann, A. / Ji, Q. / Bhagwat, S. / Mulvihill, K.M. / Rechka, J.A. / Pachter, J.A. / ...著者: Jin, M. / Wang, J. / Kleinberg, A. / Kadalbajoo, M. / Siu, K.W. / Cooke, A. / Bittner, M.A. / Yao, Y. / Thelemann, A. / Ji, Q. / Bhagwat, S. / Mulvihill, K.M. / Rechka, J.A. / Pachter, J.A. / Crew, A.P. / Epstein, D. / Mulvihill, M.J.
履歴
登録2012年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6943
ポリマ－31,2251
非ポリマー4682
水1086
1
A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子

A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3876
ポリマ－62,4502
非ポリマー9374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area2010 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.659, 94.659, 187.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 31225.092 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain, UNP residues 117-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACK1, TNK2
参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1G0 / cis-3-[8-amino-1-(4-phenoxyphenyl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]cyclobutanol


分子量: 372.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N4O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化手法: ligang replacement / 詳細: ligang replacement

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00001 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→93.63 Å / Num. obs: 8897 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3→3.24 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3→46.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 37.987 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 528 6.7 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2133 7925 89.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.31 Å2 / Biso mean: 81.704 Å2 / Biso min: 17.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.39 Å20 Å20 Å2
2--2.39 Å20 Å2
3----4.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 33 6 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.9742920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97133528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4155266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08323.15292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36315330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5211516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.85621334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1172539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61732127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1554811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4766791
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 42 -
Rwork0.329 527 -
all-569 -
obs--90.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77850.63726.18936.8777-1.96639.94580.41760.098-0.8857-0.23710.0788-0.42421.46270.0825-0.49630.7334-0.06380.43540.23250.05820.641732.8017.94236.723
23.73380.0335-1.26052.7503-0.70695.4356-0.03570.1824-0.2412-0.0609-0.03080.16780.4331-0.13240.06660.2085-0.03860.02050.0736-0.03980.13436.76925.27918.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A117 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2A208 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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