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- PDB-4iap: Crystal structure of PH domain of Osh3 from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iap
タイトルCrystal structure of PH domain of Osh3 from Saccharomyces cerevisiae
要素Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-binding protein homolog 3
キーワードLIPID BINDING PROTEIN/ HYDRORASE / PH domain / beta sandwitch / targeting / phosphoinositides / LIPID BINDING PROTEIN- HYDRORASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / pseudohyphal growth / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / ER to Golgi ceramide transport / invasive growth in response to glucose limitation / sterol transport / sterol binding / perinuclear endoplasmic reticulum / cortical endoplasmic reticulum ...Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / pseudohyphal growth / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / ER to Golgi ceramide transport / invasive growth in response to glucose limitation / sterol transport / sterol binding / perinuclear endoplasmic reticulum / cortical endoplasmic reticulum / maintenance of cell polarity / piecemeal microautophagy of the nucleus / reticulophagy / exocytosis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / endocytosis / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin homology domain 8 / Pleckstrin homology domain / GOLD domain superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / Lysozyme - #40 ...Pleckstrin homology domain 8 / Pleckstrin homology domain / GOLD domain superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / Lysozyme - #40 / PH-domain like / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Oxysterol-binding protein homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tong, J. / Im, Y.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins
著者: Tong, J. / Yang, H. / Yang, H. / Eom, S.H. / Im, Y.J.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-binding protein homolog 3
B: Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-binding protein homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,26110
ポリマ－59,4922
非ポリマー7698
水1,856103
1
A: Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-binding protein homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2266
ポリマ－29,7461
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-binding protein homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0344
ポリマ－29,7461
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.033, 91.307, 84.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 81.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-binding protein homolog 3 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 29746.031 Da / 分子数: 2
断片: PH domain (UNP residues 221-317), T4 Lysozyme (UNP residues 2-161),PH domain (UNP residues 237-315)
変異: D1020N, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OSH3, YHR073W / プラスミド: modifed pHIS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38713, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE SEQUENCE CONFLICTS IN THE UNP SEQUENCE REFERENCE P00720.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 15% PEG8000, 0.2 M Li2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 33493 / Num. obs: 32983 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1666 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T4 Lysozyme 212L

212l


解像度: 2.3→40.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1788889.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1629 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 32446 99.4 %-
all-34075 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.8257 Å2 / ksol: 0.328213 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.33 Å20 Å23.93 Å2
2--2.48 Å20 Å2
3---0.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 40 103 4283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 261 4.9 %
Rwork0.288 5061 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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