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万見
- PDB-4i6b: Selective & Brain-Permeable Polo-like Kinase-2 (Plk-2) Inhibitors... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i6b
タイトルSelective & Brain-Permeable Polo-like Kinase-2 (Plk-2) Inhibitors that Reduce -Synuclein Phosphorylation in Rat Brain
要素Serine/threonine-protein kinase PLK2
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Polo-like kinase-2 (Plk-2) / Synuclein / Parkinsons disease / Kinase Inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of centriole replication / Rap protein signal transduction / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / polo kinase / ATP-dependent protein binding / long-term synaptic depression / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cellular senescence ...regulation of centriole replication / Rap protein signal transduction / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / polo kinase / ATP-dependent protein binding / long-term synaptic depression / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of autophagy / NPAS4 regulates expression of target genes / centriole / negative regulation of angiogenesis / mitotic spindle organization / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of synaptic plasticity / kinetochore / memory / long-term synaptic potentiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein catabolic process / spindle pole / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / dendrite / negative regulation of apoptotic process / chromatin / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PLK2, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...PLK2, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-11G / Serine/threonine-protein kinase PLK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pan, H.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2013
タイトル: Selective and brain-permeable polo-like kinase-2 (Plk-2) inhibitors that reduce alpha-synuclein phosphorylation in rat brain.
著者: Aubele, D.L. / Hom, R.K. / Adler, M. / Galemmo, R.A. / Bowers, S. / Truong, A.P. / Pan, H. / Beroza, P. / Neitz, R.J. / Yao, N. / Lin, M. / Tonn, G. / Zhang, H. / Bova, M.P. / Ren, Z. / Tam, ...著者: Aubele, D.L. / Hom, R.K. / Adler, M. / Galemmo, R.A. / Bowers, S. / Truong, A.P. / Pan, H. / Beroza, P. / Neitz, R.J. / Yao, N. / Lin, M. / Tonn, G. / Zhang, H. / Bova, M.P. / Ren, Z. / Tam, D. / Ruslim, L. / Baker, J. / Diep, L. / Fitzgerald, K. / Hoffman, J. / Motter, R. / Fauss, D. / Tanaka, P. / Dappen, M. / Jagodzinski, J. / Chan, W. / Konradi, A.W. / Latimer, L. / Zhu, Y.L. / Sham, H.L. / Anderson, J.P. / Bergeron, M. / Artis, D.R.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0932
ポリマ－35,8321
非ポリマー2601
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.844, 60.094, 52.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-713-

HOH

21A-820-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK2 / Polo-like kinase 2 / PLK-2 / hPlk2 / Serine/threonine-protein kinase SNK / hSNK / Serum-inducible kinase


分子量: 35832.188 Da / 分子数: 1 / 断片: PLK2 kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK2, SNK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYY3, polo kinase
#2: 化合物 ChemComp-11G / (7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one


分子量: 260.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.8 M sodium formate, 19% PEG 3350, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.7 Å / Num. all: 27629 / Num. obs: 22518 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / % possible all: 24.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 6.773 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29047 1202 5.1 %RANDOM
Rwork0.23133 ---
all0.23435 27629 --
obs0.23435 22518 81.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 19 345 2697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.9723267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg23.6915286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60822.261115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.61215439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4481523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6031.51475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97722317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54631079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3074.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 18 -
Rwork0.379 504 -
obs--24.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.436-0.2609-0.36070.69350.21263.4270.04070.0320.12180.0496-0.0253-0.0209-0.1269-0.0058-0.0155-0.1219-0.0064-0.0394-0.11220.0103-0.04179.5386.7-3.08
20.6788-0.07330.03650.3914-0.01190.58030.01510.00030.01040.04550.0186-0.04150.0323-0.0304-0.0338-0.10390.0042-0.05-0.12250.0032-0.025315.704-0.92427.133
37.98990.6856-15.51020.0588-1.330930.1089-0.4343-0.42580.46410.44810.67960.1561-0.14051.091-0.2453-0.0666-0.0789-0.0368-0.0836-0.0819-0.017211.5936.50310.653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A71 - 88
2X-RAY DIFFRACTION1A89 - 97
3X-RAY DIFFRACTION1A98 - 116
4X-RAY DIFFRACTION1A117 - 160
5X-RAY DIFFRACTION2A161 - 231
6X-RAY DIFFRACTION2A243 - 333
7X-RAY DIFFRACTION2A334 - 354
8X-RAY DIFFRACTION3A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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