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- PDB-4i5k: PP2A PR70 Holoenzyme model3_diCa_rcsb.pdb bppnat5_extend.mtz -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5k
タイトルPP2A PR70 Holoenzyme model3_diCa_rcsb.pdb bppnat5_extend.mtz
要素Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha
キーワードHYDROLASE / EF Hand / Phosphatase regulatory subunit / PP2A / Cytopasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell migration involved in somitogenic axis elongation / eye photoreceptor cell differentiation / somatic muscle development / protein phosphatase type 2A complex / somite development / protein phosphatase regulator activity / regulation of canonical Wnt signaling pathway / somitogenesis / protein dephosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...regulation of cell migration involved in somitogenic axis elongation / eye photoreceptor cell differentiation / somatic muscle development / protein phosphatase type 2A complex / somite development / protein phosphatase regulator activity / regulation of canonical Wnt signaling pathway / somitogenesis / protein dephosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Recoverin; domain 1 - #220 / PP2A regulatory subunit B'', EF-hand domain / : / EF-hand domain / P2R3B, EF-hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...Recoverin; domain 1 - #220 / PP2A regulatory subunit B'', EF-hand domain / : / EF-hand domain / P2R3B, EF-hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xing, Y. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Ca(2+)-dependent PP2A heterotrimer and insights into Cdc6 dephosphorylation.
著者: Wlodarchak, N. / Guo, F. / Satyshur, K.A. / Jiang, L. / Jeffrey, P.D. / Sun, T. / Stanevich, V. / Mumby, M.C. / Xing, Y.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0876
ポリマ－67,9272
非ポリマー1604
水00
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0443
ポリマ－33,9631
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0443
ポリマ－33,9631
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.812, 109.086, 67.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha / PP2A subunit B isoform PR72/PR130 / PP2A subunit B isoform R3 isoform / PP2A subunit B isoforms B''- ...PP2A subunit B isoform PR72/PR130 / PP2A subunit B isoform R3 isoform / PP2A subunit B isoforms B''-PR72/PR130 / PP2A subunit B isoforms B72/B130 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 72/130 kDa regulatory subunit B


分子量: 33963.355 Da / 分子数: 2 / 断片: PR72 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R3A, PPP2R3 / プラスミド: Pet 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06190
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50:50 (0.1 M NaH2PO4/0.1 M K2HPO4, 0.1 M MES, 2 M NaCl) 8 mg/ml protein , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月18日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 20230 / Num. obs: 20230 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
CNS精密化
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→34.926 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 1036 5.12 %Random
Rwork0.2069 ---
obs0.2095 20215 99.65 %-
all-20215 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4440 0 4 0 4444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.896221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5671674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.05280.3211520.26042695X-RAY DIFFRACTION98
3.0528-3.24390.28461400.23552715X-RAY DIFFRACTION100
3.2439-3.49420.25591440.20652752X-RAY DIFFRACTION100
3.4942-3.84540.23681500.19452715X-RAY DIFFRACTION100
3.8454-4.4010.24611430.18842759X-RAY DIFFRACTION100
4.401-5.54120.25751480.20492759X-RAY DIFFRACTION100
5.5412-34.9290.25691590.20992784X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28690.14450.09080.1999-0.12490.1615-0.081-0.06650.01-0.1740.0652-0.14030.3486-0.13850.00080.32160.0341-0.03770.31230.00950.23356.1846-13.259738.1146
20.0481-0.0721-0.05340.3085-0.16540.4067-0.10610.22380.0478-0.36780.1952-0.1190.057-0.4170.06640.3131-0.0796-0.01770.2351-0.01630.19736.61840.573720.7641
30.06210.0096-0.04130.14210.12910.19180.2114-0.03510.2077-0.38830.2158-0.1855-0.28310.0230.60170.2785-0.36360.32480.03630.00820.824518.579713.240219.6405
40.18380.09960.28130.1127-0.02480.76940.1054-0.4828-0.0424-0.02310.2437-0.83050.27610.54620.24830.27360.0183-0.02720.5772-0.21160.601830.3782-8.629155.2113
50.01720.0237-0.0050.1042-0.05820.01510.0120.0048-0.296-0.08990.1274-0.594-0.2030.5906-0.00180.3565-0.11760.07040.6277-0.19030.491122.99018.728566.0097
60.0818-0.07390.0470.0703-0.0370.0330.22480.0938-0.0086-0.2260.0140.1068-0.59780.05730.00950.689-0.0320.07330.4704-0.13080.44037.398516.699760.9359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 172 through 289 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 290 through 372 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 373 through 443 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 172 through 289 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 290 through 372 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 373 through 443 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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