PDB-4i2t: Crystal structure of the oxidized glutaredoxin from Chlorella sor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i2t

タイトル

Crystal structure of the oxidized glutaredoxin from Chlorella sorokiniana T-89

要素

glutaredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cell redox homeostasis / Thioredoxin fold / Glutathione Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione disulfide oxidoreductase activity / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella sorokiniana (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Nien, C.-Y. / Cheng, C.-Y. / Shaw, J.-F. / Chen, Y.-T. / Liu, J.-H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and functional analysis of glutaredoxin from Chlorella sorokiniana T-89
著者: Nien, C.-Y. / Cheng, C.-Y. / Shaw, J.-F. / Chen, Y.-T. / Liu, J.-H.

履歴

登録	2012年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i2t.cif.gz	78.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i2t.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i2t_validation.pdf.gz	412 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i2t_full_validation.pdf.gz	412 KB	表示
XML形式データ	4i2t_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	4i2t_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i2uC 2e7pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6k04-d 3c0d-7 6j3o-2 1pfp-d 5j3r-d 3p0c-1 1t6w-d 5a15-5 3v53-2 1efq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: glutaredoxin

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.798, 47.186, 38.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	glutaredoxin 分子量: 12493.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella sorokiniana (植物) / 株: T-89 / 遺伝子: grx / プラスミド: pET-20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9GZ94*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M ammonium acetate, 35% PEG 4000, 0.11M Tri-sodium dihydrate citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 23866 / Num. obs: 23696 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.034 / R_sym value: 0.034 / Net I/σ(I): 35.528
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique all: 2369 / R_sym value: 0.24 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E7P

2e7p

解像度: 1.4→23.593 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8785 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: PHENIX DEFAULT / σ(F): 1.38 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2003	2000	8.45 %	RANDOM
R_work	0.1808	-	-	-
all	0.1824	23866	-	-
obs	0.1824	23680	99.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.544 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.13 Å² / B_iso mean: 21.8917 Å² / B_iso min: 8.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3661 Å²	-0 Å²	-0.068 Å²
2-	-	-2.8825 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.2486 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.593 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	818	0	0	247	1065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	840
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.825	1131
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.937	319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	130
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	147

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4005-1.4355	0.2483	141	0.2462	1531	99
1.4355-1.4743	0.2489	143	0.2267	1552	100
1.4743-1.5177	0.1978	142	0.2044	1533	100
1.5177-1.5667	0.2456	144	0.1989	1552	100
1.5667-1.6226	0.2505	144	0.1987	1563	100
1.6226-1.6876	0.2316	141	0.2067	1535	99
1.6876-1.7644	0.2501	142	0.2034	1538	100
1.7644-1.8574	0.2431	143	0.1795	1554	100
1.8574-1.9737	0.2068	143	0.1862	1543	99
1.9737-2.126	0.2371	144	0.1834	1564	100
2.126-2.3398	0.1786	142	0.1719	1546	99
2.3398-2.6779	0.2159	143	0.1727	1551	99
2.6779-3.3723	0.1861	144	0.1742	1565	99
3.3723-23.5963	0.1541	144	0.1662	1553	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1169	0.0508	-0.0658	1.6324	-0.0273	1.4324	0.0711	-0.0122	-0.0156	0.1634	-0.0812	0.0974	0.0524	0.2077	0.0167	0.1151	-0.0067	0.0107	0.1394	-0.0033	0.0521	-0.4439	-1.7841	44.8993
2	1.7829	0.2205	0.6611	4.8961	-0.7002	0.373	-0.1999	0.324	-0.3677	-0.0658	0.0453	0.1001	0.2446	-0.252	0.0984	0.1547	-0.0272	0.0425	0.247	-0.0588	0.2174	-13.3847	0.8166	45.4717
3	2.4345	0.6375	0.269	1.3373	0.7211	2.0089	-0.0221	0.0752	0.0531	0.0207	0.0124	-0.0245	0.1523	0.1298	0.0082	0.1036	0.0063	-0.0037	0.1245	0.0044	0.0613	6.1763	-1.8773	44.133
4	2.1094	-2.0891	0.1488	7.1199	0.4458	7.1565	-0.3466	-0.3614	0.0052	0.5721	0.0654	0.7421	0.179	-0.3947	0.204	0.1315	0.0082	0.0128	0.1875	-0.0473	0.345	1.2497	6.1494	50.0734
5	2.3307	0.1756	0.2912	2.2126	-0.7718	2.3993	-0.0807	-0.1675	-0.0093	0.3797	-0.0514	0.2205	0.1359	0.0273	0.057	0.1881	-0.0047	0.031	0.1188	-0.014	0.084	-10.7157	9.8793	50.9499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:36)	A	2 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 37:44)	A	37 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 45:78)	A	45 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 79:85)	A	79 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 86:109)	A	86 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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