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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1pfp | ||||||
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Title | CATHELIN-LIKE MOTIF OF PROTEGRIN-3 | ||||||
![]() | Protegrin 3 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / PG-3 / SeMet / SeCys / diselenide | ||||||
Function / homology | ![]() lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strub, M.-P. / Hoh, F. / Sanchez, J.-F. / Strub, J.M. / Bock, A. / Aumelas, A. / Dumas, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Selenomethionine and Selenocysteine Double Labeling Strategy for Crystallographic Phasing Authors: Strub, M.-P. / Hoh, F. / Sanchez, J.-F. / Strub, J.M. / Bock, A. / Aumelas, A. / Dumas, C. #1: ![]() Title: Structure of the cathelicidin motif of protegrin-3 precursor: structural insights into the activation mechanism of an antimicrobial protein. Authors: Sanchez, J.-F. / Hoh, F. / Strub, M.-P. / Aumelas, A. / Dumas, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 30.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 20.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 401.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 401.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 4.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11970.686 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.86 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.8 Details: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2002 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97992 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→23.5 Å / Num. all: 5162 / Num. obs: 5162 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 98.1 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Lowest resolution: 23 Å / Num. measured all: 48282 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 98.6 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.847 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→23.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Lowest resolution: 23 Å / Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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