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- PDB-1pae: nucleoside diphosphate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pae
タイトルnucleoside diphosphate kinase
要素Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic
キーワードTRANSFERASE / selenocysteine selenomethionine
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / negative regulation of pinocytosis / nucleoside triphosphate biosynthetic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / negative regulation of pinocytosis / nucleoside triphosphate biosynthetic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SELENIUM ATOM / Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Strub, M.-P. / Hoh, F. / Sanchez, J.-F. / Strub, J.M. / Bock, A. / Aumelas, A. / Dumas, C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Selenomethionine and Selenocysteine Double Labeling Strategy for Crystallographic Phasing
著者: Strub, M.-P. / Hoh, F. / Sanchez, J.-F. / Strub, J.M. / Bock, A. / Aumelas, A. / Dumas, C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the cathelicidin motif of protegrin-3 precursor: structural insights into the activation mechanism of an antimicrobial protein.
著者: Sanchez, J.-F. / Hoh, F. / Strub, M.-P. / Aumelas, A. / Dumas, C.
履歴
登録2003年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年2月19日Group: Atomic model / Structure summary
改定 1.42014年8月6日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN THE HETATM ENTRY SE 121 CORRESPONDS TO A SELENOCYSTEINE ADDUCT TO SEC 122 (NOT VISIBLE IN ...HETEROGEN THE HETATM ENTRY SE 121 CORRESPONDS TO A SELENOCYSTEINE ADDUCT TO SEC 122 (NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP EXCEPT SELENIUM ATOM) WITH A DISELENIDE BRIDGE BETWEEN SE 121 AND SE SEC X 122

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1273
ポリマ－16,9691
非ポリマー1582
水27015
1
X: Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,76118
ポリマ－101,8136
非ポリマー94812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area14810 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area36410 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.633, 76.633, 106.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic / NDK / NDP kinase


分子量: 16968.912 Da / 分子数: 1 / 変異: H122C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: ndk / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) selB::kan Cys51E / 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / セレン


分子量: 78.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, magnesium chloride,Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1dropp7.5
310 %(w/v)PEG60001reservoir
450 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
510 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9754 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→24.71 Å / Num. all: 5418 / Num. obs: 5418 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 114811
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.74 Å / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→24.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.98 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23216 595 11 %RANDOM
Rwork0.18215 ---
all0.1878 4823 --
obs0.18787 4823 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20.57 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1127 0 2 15 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.9791555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95832530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4455147
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.21141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0650.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0760.25
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.375 39
Rwork0.277 336
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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