PDB-4i2o: The Structure of FixK2 from Bradyrhizobium japonicum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i2o

タイトル

The Structure of FixK2 from Bradyrhizobium japonicum

要素

FixK2 protein
Promoter of fixK2 direct target, fixN, downstream
Promoter of fixK2 direct target, fixN, upstream

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex / CRP/FNR superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Bonnet, M. / Kurz, M. / Mesa, S. / Briand, C. / Hennecke, H. / Gruetter, M.G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The Structure of Bradyrhizobium japonicum Transcription Factor FixK2 Unveils Sites of DNA Binding and Oxidation.
著者: Bonnet, M. / Kurz, M. / Mesa, S. / Briand, C. / Hennecke, H. / Grutter, M.G.

履歴

登録	2012年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4i2o.ent.gz	183.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2o	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: FixK2 protein

B: FixK2 protein

W: Promoter of fixK2 direct target, fixN, upstream

X: Promoter of fixK2 direct target, fixN, downstream

72.3 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.330, 43.880, 70.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FixK2 protein 分子量: 26925.854 Da / 分子数: 2 / 変異: C183S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: fixK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O69245
#2: DNA鎖	Promoter of fixK2 direct target, fixN, upstream 分子量: 9416.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	Promoter of fixK2 direct target, fixN, downstream 分子量: 9028.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M BisTris, 0.1M NH4-acetate, 16-22% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	90	1
2	90	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06SA	1	0.997
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2011年9月13日
PSI PILATUS 6M	2	PIXEL	2011年9月13日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.997	1
2	1	1

反射

解像度: 1.77→43.58 Å / Num. all: 66660 / Num. obs: 66510 / % possible obs: 99.72 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS	package	データ削減
XDS	package	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.77→43.579 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2271	3315	4.99 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.1852	66510	99.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.331 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.847 Å²	-0 Å²	-0.3956 Å²
2-	-	12.1684 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.3214 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→43.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3082	1000	0	496	4578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	4247
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.064	5937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.751	1658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.133	672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7699-1.7952	0.3204	139	0.2763	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7952-1.822	0.3178	138	0.2761	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.8504	0.2625	134	0.2334	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8504-1.8808	0.2512	140	0.2177	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8808-1.9132	0.2708	132	0.2292	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9132-1.948	0.247	135	0.2215	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
1.948-1.9855	0.2464	141	0.1966	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9855-2.026	0.2866	134	0.1966	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.026-2.07	0.2661	140	0.179	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1182	0.249	138	0.1797	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1182-2.1712	0.2275	139	0.1792	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1712-2.2299	0.242	138	0.1645	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2299-2.2955	0.2417	138	0.1771	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2955-2.3695	0.1883	135	0.1706	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3695-2.4542	0.224	141	0.1733	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4542-2.5525	0.1835	137	0.1737	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5525-2.6686	0.2501	140	0.168	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6686-2.8093	0.2246	139	0.1823	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8093-2.9853	0.2364	138	0.1842	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9853-3.2157	0.2158	138	0.1896	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2157-3.5392	0.2434	138	0.1793	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5392-4.051	0.2228	137	0.1669	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
4.051-5.1026	0.1895	143	0.1529	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1026-43.592	0.2142	143	0.2061	2754	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1052	-0.0067	1.2203	2.758	-0.2818	4.2851	-0.2036	-0.5437	0.6546	0.3204	0.0408	-0.3729	-0.3631	-0.1177	0.1377	0.2681	0.0826	0.0384	0.2704	-0.1033	0.3964	-45.8857	10.4845	5.371
2	1.4128	-0.1391	-0.5684	1.0357	0.4383	2.0789	0.0288	-0.2375	0.2666	0.1175	-0.0251	0.0403	-0.127	0.0438	0.0172	0.1857	0.0242	0.0031	0.1714	-0.0118	0.2026	-40.4218	5.6516	-0.1612
3	3.4288	0.2248	4.4255	1.0462	-0.0312	5.9119	0.2606	-0.5522	0.3716	0.541	-0.3222	0.3029	-0.1685	0.6331	0.0649	0.364	-0.1116	0.1143	0.6803	-0.1474	0.1569	-40.524	5.068	17.241
4	2.0565	-0.0765	-0.3379	1.2238	1.0056	7.4475	0.0093	-0.4316	-0.1018	0.2889	0.0215	0.0297	0.3838	-0.4601	-0.0225	0.2038	0.0151	-0.0031	0.1673	0.0221	0.1726	-30.0212	-4.0256	4.2143
5	1.84	0.6892	-0.8038	1.0472	-0.7353	1.9277	-0.1079	0.1715	-0.1711	-0.0759	0.103	0.0739	0.1192	-0.2573	0.0025	0.1799	-0.0212	0.0041	0.1506	-0.0007	0.1836	-41.9919	-7.1603	-13.356
6	5.8126	-4.0935	0.2818	8.1673	-0.0189	4.9156	-0.3217	0.1901	-0.642	-0.4127	0.3964	0.296	0.4861	-0.7323	-0.0705	0.2263	-0.1175	0.0657	0.2506	-0.0415	0.2803	-49.1734	-14.1345	-15.2258
7	8.6327	-0.5816	-2.2265	4.5801	-1.3744	2.2367	-0.2234	-0.5325	0.0144	0.2817	0.011	-0.3862	0.2016	0.5632	0.2019	0.4311	0.0055	0.0478	0.2772	-0.0367	0.424	-34.8766	-18.895	-12.4438
8	4.3657	-0.0924	-1.3225	2.422	0.0812	4.653	-0.1212	-0.5826	-0.8259	0.2336	0.0648	0.3363	0.3356	0.3153	0.1173	0.2682	0.0702	-0.0487	0.2641	0.0905	0.426	-9.2265	-10.6064	4.8646
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16	3.7587	0.5305	-1.8194	4.6048	-0.9803	1.172	-0.8443	0.3631	-1.3477	0.3358	0.6529	-1.7012	-0.2941	1.7981	0.0213	0.1323	-0.14	-0.0205	1.0966	-0.266	0.6659	-3.3917	-2.6724	-25.6739
17	2.9753	2.0129	-1.1729	2.8724	0.9363	2.2894	-0.2166	0.6996	-0.9079	0.0338	0.3176	-0.7361	0.2906	1.3189	0.0114	0.2236	0.0618	0.0245	0.5483	-0.0797	0.384	-5.7624	-1.9727	-26.1982
18	6.7814	-1.4647	-6.3411	0.4685	1.4341	6.2832	-0.655	0.7334	-0.8354	0.1735	-0.2396	0.1735	0.7936	-0.2817	0.7227	0.2468	0.0011	0.04	0.3258	-0.0488	0.2449	-29.1588	-3.3751	-28.9896
19	5.1003	0.3308	1.4964	4.1452	0.6948	0.7553	-0.8277	0.571	1.4536	-0.0493	0.6142	1.5292	0.1061	-1.5173	0.0572	0.075	-0.1988	-0.0983	0.9626	0.2475	0.6033	-50.6006	2.2511	-27.3058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 38:59)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 60:109)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 110:127)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 128:154)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 155:207)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 208:223)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 224:235)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 38:57)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 58:97)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 98:117)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 118:157)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 158:217)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 218:235)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'W' and (resseq 3:12)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'W' and (resseq 13:17)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'W' and (resseq 18:27)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'X' and (resseq 3:12)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'X' and (resseq 13:17)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'X' and (resseq 18:26)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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