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万見
- PDB-4i21: Crystal structure of L858R + T790M EGFR kinase domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i21
タイトルCrystal structure of L858R + T790M EGFR kinase domain in complex with MIG6 peptide
要素
  • ERBB receptor feedback inhibitor 1
  • Epidermal growth factor receptor
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / EGFR kinase domain / Phosphotransfer / MIG6 peptide / ATP binding / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / uterine epithelium development / limb joint morphogenesis / lung epithelium development / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of keratinocyte differentiation / chondrocyte proliferation / negative regulation of protein autophosphorylation / lung vasculature development / bile acid biosynthetic process ...response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / uterine epithelium development / limb joint morphogenesis / lung epithelium development / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of keratinocyte differentiation / chondrocyte proliferation / negative regulation of protein autophosphorylation / lung vasculature development / bile acid biosynthetic process / skin morphogenesis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / tissue homeostasis / cartilage development / fat pad development / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / epithelial cell proliferation / embryo implantation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cholesterol metabolic process / GTPase activator activity / liver development / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to progesterone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / response to insulin / aerobic respiration / glucose metabolic process / cell migration / response to estradiol / gene expression / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / response to xenobiotic stimulus / protein kinase binding / apoptotic process / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / ERBB receptor feedback inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Feng, J. / Ferre, R. / Ryan, K. / Brodsky, O. / Stewart, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Insights into the Aberrant Activity of Mutant EGFR Kinase Domain and Drug Recognition.
著者: Gajiwala, K.S. / Feng, J. / Ferre, R. / Ryan, K. / Brodsky, O. / Weinrich, S. / Kath, J.C. / Stewart, A.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: ERBB receptor feedback inhibitor 1
D: ERBB receptor feedback inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2434
ポリマ－88,2434
非ポリマー00
水00
1
A: Epidermal growth factor receptor
C: ERBB receptor feedback inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1222
ポリマ－44,1222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
2
B: Epidermal growth factor receptor
D: ERBB receptor feedback inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1222
ポリマ－44,1222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.666, 66.050, 94.518
Angle α, β, γ (deg.)71.85, 87.38, 74.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37522.387 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 695-1022, EGFR kinase domain / 変異: L858R, T790M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 ERBB receptor feedback inhibitor 1 / Mitogen-inducible gene 6 protein / MIG-6


分子量: 6599.357 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 315-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERRFI1, MIG6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJM3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14.5% PEG 8,000, 0.1M Na Acetate trihydrate pH 4.8-5.5, 0.2-0.38 M K acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
PH範囲: 4.8 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→42.99 Å / Num. all: 12057 / Num. obs: 11744 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.37→3.56 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1723 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
JDirectorデータ収集
CNX精密化
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.37→37.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 590966.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 605 5.2 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.233 11738 --
obs0.233 11738 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.8752 Å2 / ksol: 0.325091 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.54 Å2-9.06 Å211.82 Å2
2---9.66 Å24.83 Å2
3----19.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.81 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.37→37.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5182 0 0 0 5182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
Refine LS restraints NCSWeight Biso : 2 / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 3.37→3.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 120 6.2 %
Rwork0.317 1808 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paraprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paradna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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